17449 8P5E E v1-1
17449_8p5e_E_v1-1
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RCSB PDB: 8P5E
EMDB: 17449
Structure title S. cerevisiae nexus-sCMGE after DNA replication initiation
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.9 Å
Source organism Saccharomyces cerevisiae
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1    ​M​​Y​​Y​​G​​I​​S​​Q​​F​​S​​E​11   ​A​​Y​​N​​K​​I​​L​​R​​N​​S​​S​21   ​S​​H​​S​​S​​C​​Q​​L​​V​​I​​F​31   ​V​​S​​C​​L​​N​​I​​D​​A​​L​​C​41   ​A​​T​​K​​M​​L​​S​​L​​L​​F​​K​51   ​K​​Q​​L​​V​​Q​​S​​Q​​I​​V​​P​61   ​I​​F​​G​​Y​​S​​E​​L​​R​​R​​H​71   ​Y​​S​​Q​​L​​D​​D​​N​​I​​N​​S​81   ​L​​L​​L​​V​​G​​F​​G​​G​​V​​I​91   ​D​​L​​E​​A​​F​​L​​E​​I​​D​​P​101  ​Q​​E​​Y​​V​​I​​S​​F​​R​​R​​D​120  ​I​​Y​​V​​L​​D​​A​​H​​R​​P​​W​130  ​N​​L​​D​​N​​I​​F​​G​​S​​Q​​I​140  ​I​​Q​​C​​F​​D​​D​​G​​T​​V​​D​150  ​D​​T​​L​​G​​E​​Q​​K​​E​​A​​Y​160  ​Y​​K​​L​​L​​R​​K​​Q​​R​​K​​K​229  ​Q​​I​​H​​E​​Y​​E​​G​​V​​L​​E​239  ​E​​Y​​Y​​S​​Q​​G​​T​​T​​V​​V​249  ​N​​S​​I​​S​​A​​Q​​I​​Y​​S​​L​259  ​L​​S​​A​​I​​G​​E​​T​​N​​L​​S​269  ​N​​L​​W​​L​​N​​I​​L​​G​​T​​T​279  ​S​​L​​D​​I​​A​​Y​​A​​Q​​V​​Y​289  ​N​​R​​L​​Y​​P​​L​​L​​Q​​D​​E​299  ​V​​K​​R​​L​​V​​K​​T​​P​​D​​T​316  ​L​​T​​L​​N​​I​​Q​​P​​D​​Y​​Y​326  ​L​​F​​L​​L​​R​​H​​S​​S​​L​​Y​336  ​D​​S​​F​​Y​​Y​​S​​N​​Y​​V​​N​346  ​A​​K​​L​​S​​L​​W​​N​​E​​N​​G​356  ​K​​K​​R​​L​​H​​K​​M​​F​​A​​R​366  ​M​​G​​I​​P​​L​​S​​T​​A​​Q​​E​376  ​T​​W​​L​​Y​​M​​D​​H​​S​​I​​K​386  ​R​​E​​L​​G​​I​​I​​F​​D​​K​​N​396  ​L​​D​​R​​Y​​G​​L​​Q​​D​​I​​I​406  ​R​​D​​G​​F​​V​​R​​T​​L​​G​​Y​416  ​R​​G​​S​​I​​S​​A​​S​​E​​F​​V​426  ​E​​A​​L​​T​​A​​L​​L​​E​​V​​G​436  ​N​​S​​A​​Q​​K​​L​​T​​N​​L​​R​471  ​K​​R​​W​​V​​S​​N​​F​​W​​L​​S​481  ​W​​D​​A​​L​​D​​D​​R​​K​​V​​E​491  ​L​​L​​N​​R​​G​​I​​Q​​L​​A​​Q​501  ​D​​L​​Q​​R​​A​​I​​F​​N​​T​​G​511  ​V​​A​​I​​L​​E​​K​​K​​L​​I​​K​521  ​H​​L​​R​​I​​Y​​R​​L​​C​​V​​L​531  ​Q​​D​​G​​P​​D​​L​​D​​L​​Y​​R​541  ​N​​P​​L​​T​​L​​L​​R​​L​​G​​N​551  ​W​​L​​I​​E​​C​​C​​A​​E​​S​​E​561  ​D​​K​​Q​​L​​L​​P​​M​​V​​L​​A​571  ​S​​I​​D​​E​​N​​T​​D​​T​​Y​​L​581  ​V​​A​​G​​L​​T​​P​​R​​Y​​P​​R​591  ​G​​L​​D​​T​​I​​H​​T​​K​​K​​P​601  ​I​​L​​N​​N​​F​​S​​M​​A​​F​​Q​611  ​Q​​I​​T​​A​​E​​T​​D​​A​​K​​V​621  ​R​​I​​D​​N​​F​​E​​S​​S​​I​​I​631  ​E​​I​​R​​R​​E​​D​​L​​S​​P​​F​641  ​L​​E​​K​​L​​T​​L​​S​​G​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.02 .. 1.02
-0.02
1.02
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
1
MET
0.06
2
2
TYR
0.05
3
3
TYR
0.08
4
4
GLY
0.14
5
5
ILE
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6
6
SER
0.31
7
7
GLN
0.35
8
8
PHE
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9
9
SER
0.42
10
10
GLU
0.39
11
11
ALA
0.48
12
12
TYR
0.57
13
13
ASN
0.57
14
14
LYS
0.51
15
15
ILE
0.54
16
16
LEU
0.57
17
17
ARG
0.56
18
18
ASN
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19
19
SER
0.74
20
20
SER
0.77
21
21
SER
0.86
22
22
HIS
0.89
23
23
SER
0.89
24
24
SER
0.88
25
25
CYS
0.77
26
26
GLN
0.73
27
27
LEU
0.72
28
28
VAL
0.72
29
29
ILE
0.84
30
30
PHE
0.81
31
31
VAL
0.84
32
32
SER
0.94
3D View
Download PDB file DAQ[Cα]
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Sequence of
1    ​M​​Y​​Y​​G​​I​​S​​Q​​F​​S​​E​11   ​A​​Y​​N​​K​​I​​L​​R​​N​​S​​S​21   ​S​​H​​S​​S​​C​​Q​​L​​V​​I​​F​31   ​V​​S​​C​​L​​N​​I​​D​​A​​L​​C​41   ​A​​T​​K​​M​​L​​S​​L​​L​​F​​K​51   ​K​​Q​​L​​V​​Q​​S​​Q​​I​​V​​P​61   ​I​​F​​G​​Y​​S​​E​​L​​R​​R​​H​71   ​Y​​S​​Q​​L​​D​​D​​N​​I​​N​​S​81   ​L​​L​​L​​V​​G​​F​​G​​G​​V​​I​91   ​D​​L​​E​​A​​F​​L​​E​​I​​D​​P​101  ​Q​​E​​Y​​V​​I​​S​​F​​R​​R​​D​120  ​I​​Y​​V​​L​​D​​A​​H​​R​​P​​W​130  ​N​​L​​D​​N​​I​​F​​G​​S​​Q​​I​140  ​I​​Q​​C​​F​​D​​D​​G​​T​​V​​D​150  ​D​​T​​L​​G​​E​​Q​​K​​E​​A​​Y​160  ​Y​​K​​L​​L​​R​​K​​Q​​R​​K​​K​229  ​Q​​I​​H​​E​​Y​​E​​G​​V​​L​​E​239  ​E​​Y​​Y​​S​​Q​​G​​T​​T​​V​​V​249  ​N​​S​​I​​S​​A​​Q​​I​​Y​​S​​L​259  ​L​​S​​A​​I​​G​​E​​T​​N​​L​​S​269  ​N​​L​​W​​L​​N​​I​​L​​G​​T​​T​279  ​S​​L​​D​​I​​A​​Y​​A​​Q​​V​​Y​289  ​N​​R​​L​​Y​​P​​L​​L​​Q​​D​​E​299  ​V​​K​​R​​L​​V​​K​​T​​P​​D​​T​316  ​L​​T​​L​​N​​I​​Q​​P​​D​​Y​​Y​326  ​L​​F​​L​​L​​R​​H​​S​​S​​L​​Y​336  ​D​​S​​F​​Y​​Y​​S​​N​​Y​​V​​N​346  ​A​​K​​L​​S​​L​​W​​N​​E​​N​​G​356  ​K​​K​​R​​L​​H​​K​​M​​F​​A​​R​366  ​M​​G​​I​​P​​L​​S​​T​​A​​Q​​E​376  ​T​​W​​L​​Y​​M​​D​​H​​S​​I​​K​386  ​R​​E​​L​​G​​I​​I​​F​​D​​K​​N​396  ​L​​D​​R​​Y​​G​​L​​Q​​D​​I​​I​406  ​R​​D​​G​​F​​V​​R​​T​​L​​G​​Y​416  ​R​​G​​S​​I​​S​​A​​S​​E​​F​​V​426  ​E​​A​​L​​T​​A​​L​​L​​E​​V​​G​436  ​N​​S​​A​​Q​​K​​L​​T​​N​​L​​R​471  ​K​​R​​W​​V​​S​​N​​F​​W​​L​​S​481  ​W​​D​​A​​L​​D​​D​​R​​K​​V​​E​491  ​L​​L​​N​​R​​G​​I​​Q​​L​​A​​Q​501  ​D​​L​​Q​​R​​A​​I​​F​​N​​T​​G​511  ​V​​A​​I​​L​​E​​K​​K​​L​​I​​K​521  ​H​​L​​R​​I​​Y​​R​​L​​C​​V​​L​531  ​Q​​D​​G​​P​​D​​L​​D​​L​​Y​​R​541  ​N​​P​​L​​T​​L​​L​​R​​L​​G​​N​551  ​W​​L​​I​​E​​C​​C​​A​​E​​S​​E​561  ​D​​K​​Q​​L​​L​​P​​M​​V​​L​​A​571  ​S​​I​​D​​E​​N​​T​​D​​T​​Y​​L​581  ​V​​A​​G​​L​​T​​P​​R​​Y​​P​​R​591  ​G​​L​​D​​T​​I​​H​​T​​K​​K​​P​601  ​I​​L​​N​​N​​F​​S​​M​​A​​F​​Q​611  ​Q​​I​​T​​A​​E​​T​​D​​A​​K​​V​621  ​R​​I​​D​​N​​F​​E​​S​​S​​I​​I​631  ​E​​I​​R​​R​​E​​D​​L​​S​​P​​F​641  ​L​​E​​K​​L​​T​​L​​S​​G​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.05 .. 1.07
-0.05
1.07
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
1
MET
0.01
2
2
TYR
0.02
3
3
TYR
-0.05
4
4
GLY
-0.01
5
5
ILE
0.10
6
6
SER
0.17
7
7
GLN
0.23
8
8
PHE
0.29
9
9
SER
0.29
10
10
GLU
0.28
11
11
ALA
0.33
12
12
TYR
0.31
13
13
ASN
0.32
14
14
LYS
0.34
15
15
ILE
0.33
16
16
LEU
0.29
17
17
ARG
0.31
18
18
ASN
0.36
19
19
SER
0.47
20
20
SER
0.60
21
21
SER
0.63
22
22
HIS
0.70
23
23
SER
0.71
24
24
SER
0.63
25
25
CYS
0.61
26
26
GLN
0.60
27
27
LEU
0.57
28
28
VAL
0.51
29
29
ILE
0.59
30
30
PHE
0.66
31
31
VAL
0.67
32
32
SER
0.67
3D View
Download PDB file DAQ[SS]
Download Secondary Structure Prediction file
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Sequence of
1    ​M​​Y​​Y​​G​​I​​S​​Q​​F​​S​​E​11   ​A​​Y​​N​​K​​I​​L​​R​​N​​S​​S​21   ​S​​H​​S​​S​​C​​Q​​L​​V​​I​​F​31   ​V​​S​​C​​L​​N​​I​​D​​A​​L​​C​41   ​A​​T​​K​​M​​L​​S​​L​​L​​F​​K​51   ​K​​Q​​L​​V​​Q​​S​​Q​​I​​V​​P​61   ​I​​F​​G​​Y​​S​​E​​L​​R​​R​​H​71   ​Y​​S​​Q​​L​​D​​D​​N​​I​​N​​S​81   ​L​​L​​L​​V​​G​​F​​G​​G​​V​​I​91   ​D​​L​​E​​A​​F​​L​​E​​I​​D​​P​101  ​Q​​E​​Y​​V​​I​​S​​F​​R​​R​​D​120  ​I​​Y​​V​​L​​D​​A​​H​​R​​P​​W​130  ​N​​L​​D​​N​​I​​F​​G​​S​​Q​​I​140  ​I​​Q​​C​​F​​D​​D​​G​​T​​V​​D​150  ​D​​T​​L​​G​​E​​Q​​K​​E​​A​​Y​160  ​Y​​K​​L​​L​​R​​K​​Q​​R​​K​​K​229  ​Q​​I​​H​​E​​Y​​E​​G​​V​​L​​E​239  ​E​​Y​​Y​​S​​Q​​G​​T​​T​​V​​V​249  ​N​​S​​I​​S​​A​​Q​​I​​Y​​S​​L​259  ​L​​S​​A​​I​​G​​E​​T​​N​​L​​S​269  ​N​​L​​W​​L​​N​​I​​L​​G​​T​​T​279  ​S​​L​​D​​I​​A​​Y​​A​​Q​​V​​Y​289  ​N​​R​​L​​Y​​P​​L​​L​​Q​​D​​E​299  ​V​​K​​R​​L​​V​​K​​T​​P​​D​​T​316  ​L​​T​​L​​N​​I​​Q​​P​​D​​Y​​Y​326  ​L​​F​​L​​L​​R​​H​​S​​S​​L​​Y​336  ​D​​S​​F​​Y​​Y​​S​​N​​Y​​V​​N​346  ​A​​K​​L​​S​​L​​W​​N​​E​​N​​G​356  ​K​​K​​R​​L​​H​​K​​M​​F​​A​​R​366  ​M​​G​​I​​P​​L​​S​​T​​A​​Q​​E​376  ​T​​W​​L​​Y​​M​​D​​H​​S​​I​​K​386  ​R​​E​​L​​G​​I​​I​​F​​D​​K​​N​396  ​L​​D​​R​​Y​​G​​L​​Q​​D​​I​​I​406  ​R​​D​​G​​F​​V​​R​​T​​L​​G​​Y​416  ​R​​G​​S​​I​​S​​A​​S​​E​​F​​V​426  ​E​​A​​L​​T​​A​​L​​L​​E​​V​​G​436  ​N​​S​​A​​Q​​K​​L​​T​​N​​L​​R​471  ​K​​R​​W​​V​​S​​N​​F​​W​​L​​S​481  ​W​​D​​A​​L​​D​​D​​R​​K​​V​​E​491  ​L​​L​​N​​R​​G​​I​​Q​​L​​A​​Q​501  ​D​​L​​Q​​R​​A​​I​​F​​N​​T​​G​511  ​V​​A​​I​​L​​E​​K​​K​​L​​I​​K​521  ​H​​L​​R​​I​​Y​​R​​L​​C​​V​​L​531  ​Q​​D​​G​​P​​D​​L​​D​​L​​Y​​R​541  ​N​​P​​L​​T​​L​​L​​R​​L​​G​​N​551  ​W​​L​​I​​E​​C​​C​​A​​E​​S​​E​561  ​D​​K​​Q​​L​​L​​P​​M​​V​​L​​A​571  ​S​​I​​D​​E​​N​​T​​D​​T​​Y​​L​581  ​V​​A​​G​​L​​T​​P​​R​​Y​​P​​R​591  ​G​​L​​D​​T​​I​​H​​T​​K​​K​​P​601  ​I​​L​​N​​N​​F​​S​​M​​A​​F​​Q​611  ​Q​​I​​T​​A​​E​​T​​D​​A​​K​​V​621  ​R​​I​​D​​N​​F​​E​​S​​S​​I​​I​631  ​E​​I​​R​​R​​E​​D​​L​​S​​P​​F​641  ​L​​E​​K​​L​​T​​L​​S​​G​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.74 .. 1.19
-0.74
1.19
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
1
MET
0.05
2
2
TYR
0.12
3
3
TYR
0.18
4
4
GLY
0.23
5
5
ILE
0.27
6
6
SER
0.31
7
7
GLN
0.34
8
8
PHE
0.35
9
9
SER
0.34
10
10
GLU
0.32
11
11
ALA
0.31
12
12
TYR
0.33
13
13
ASN
0.33
14
14
LYS
0.34
15
15
ILE
0.35
16
16
LEU
0.44
17
17
ARG
0.53
18
18
ASN
0.54
19
19
SER
0.58
20
20
SER
0.63
21
21
SER
0.68
22
22
HIS
0.71
23
23
SER
0.69
24
24
SER
0.67
25
25
CYS
0.67
26
26
GLN
0.66
27
27
LEU
0.57
28
28
VAL
0.59
29
29
ILE
0.62
30
30
PHE
0.65
31
31
VAL
0.63
32
32
SER
0.54
3D View
Download PDB file DAQ[Total]
Render Map
Converting to mmCIF
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.12 .. 3.03
0.12
3.03
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
1
MET
0.12
2
2
TYR
0.19
3
3
TYR
0.20
4
4
GLY
0.36
5
5
ILE
0.62
6
6
SER
0.79
7
7
GLN
0.93
8
8
PHE
1.06
9
9
SER
1.05
10
10
GLU
1.00
11
11
ALA
1.11
12
12
TYR
1.21
13
13
ASN
1.22
14
14
LYS
1.18
15
15
ILE
1.22
16
16
LEU
1.30
17
17
ARG
1.40
18
18
ASN
1.56
19
19
SER
1.80
20
20
SER
2.01
21
21
SER
2.17
22
22
HIS
2.29
23
23
SER
2.28
24
24
SER
2.18
25
25
CYS
2.05
26
26
GLN
2.00
27
27
LEU
1.86
28
28
VAL
1.81
29
29
ILE
2.06
30
30
PHE
2.13
31
31
VAL
2.14
32
32
SER
2.14