11550 6ZY5 A v1-2
11550_6zy5_A_v1-2
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RCSB PDB: 6ZY5
EMDB: 11550
Structure title Cryo-EM structure of the Human topoisomerase II alpha DNA-binding/cleavage domain in State 1
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.6 Å
Source organism Homo sapiens
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Download PDB file DAQ[AA]
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Sequence of
433  ​N​​R​​I​​K​​G​​I​​P​​K​​L​​D​443  ​D​​A​​N​​D​​A​​G​​G​​R​​N​​S​453  ​T​​E​​C​​T​​L​​I​​L​​T​​E​​G​463  ​D​​S​​A​​K​​T​​L​​A​​V​​S​​G​473  ​L​​G​​V​​V​​G​​R​​D​​K​​Y​​G​483  ​V​​F​​P​​L​​R​​G​​K​​I​​L​​N​493  ​V​​R​​E​​A​​S​​H​​K​​Q​​I​​M​503  ​E​​N​​A​​E​​I​​N​​N​​I​​I​​K​513  ​I​​V​​G​​L​​Q​​Y​​K​​K​​N​​Y​523  ​E​​D​​E​​D​​S​​L​​K​​T​​L​​R​533  ​Y​​G​​K​​I​​M​​I​​M​​T​​D​​Q​543  ​D​​Q​​D​​G​​S​​H​​I​​K​​G​​L​553  ​L​​I​​N​​F​​I​​H​​H​​N​​W​​P​563  ​S​​L​​L​​R​​H​​R​​F​​L​​E​​E​573  ​F​​I​​T​​P​​I​​V​​K​​V​​S​​K​583  ​N​​K​​Q​​E​​M​​A​​F​​Y​​S​​L​593  ​P​​E​​F​​E​​E​​W​​K​​S​​S​​T​603  ​P​​N​​H​​K​​K​​W​​K​​V​​K​​Y​613  ​Y​​K​​G​​L​​G​​T​​S​​T​​S​​K​623  ​E​​A​​K​​E​​Y​​F​​A​​D​​M​​K​633  ​R​​H​​R​​I​​Q​​F​​K​​Y​​S​​G​643  ​P​​E​​D​​D​​A​​A​​I​​S​​L​​A​653  ​F​​S​​K​​K​​Q​​I​​D​​D​​R​​K​663  ​E​​W​​L​​T​​N​​F​​M​​E​​D​​R​673  ​R​​Q​​R​​K​​L​​L​​G​​L​​P​​E​683  ​D​​Y​​L​​Y​​G​​Q​​T​​T​​T​​Y​693  ​L​​T​​Y​​N​​D​​F​​I​​N​​K​​E​703  ​L​​I​​L​​F​​S​​N​​S​​D​​N​​E​713  ​R​​S​​I​​P​​S​​M​​V​​D​​G​​L​723  ​K​​P​​G​​Q​​R​​K​​V​​L​​F​​T​733  ​C​​F​​K​​R​​N​​D​​K​​R​​E​​V​743  ​K​​V​​A​​Q​​L​​A​​G​​S​​V​​A​753  ​E​​M​​S​​S​​Y​​H​​H​​G​​E​​M​763  ​S​​L​​M​​M​​T​​I​​I​​N​​L​​A​773  ​Q​​N​​F​​V​​G​​S​​N​​N​​L​​N​783  ​L​​L​​Q​​P​​I​​G​​Q​​F​​G​​T​793  ​R​​L​​H​​G​​G​​K​​D​​S​​A​​S​803  ​P​​R​​Y​​I​​F​​T​​M​​L​​S​​S​813  ​L​​A​​R​​L​​L​​F​​P​​P​​K​​D​823  ​D​​H​​T​​L​​K​​F​​L​​Y​​D​​D​833  ​N​​Q​​R​​V​​E​​P​​E​​W​​Y​​I​843  ​P​​I​​I​​P​​M​​V​​L​​I​​N​​G​853  ​A​​E​​G​​I​​G​​T​​G​​W​​S​​C​863  ​K​​I​​P​​N​​F​​D​​V​​R​​E​​I​873  ​V​​N​​N​​I​​R​​R​​L​​M​​D​​G​883  ​E​​E​​P​​L​​P​​M​​L​​P​​S​​Y​893  ​K​​N​​F​​K​​G​​T​​I​​E​​E​​L​903  ​A​​P​​N​​Q​​Y​​V​​I​​S​​G​​E​913  ​V​​A​​I​​L​​N​​S​​T​​T​​I​​E​923  ​I​​S​​E​​L​​P​​V​​R​​T​​W​​T​933  ​Q​​T​​Y​​K​​E​​Q​​V​​L​​E​​P​943  ​M​​L​​N​​G​​T​​E​​K​​T​​P​​P​953  ​L​​I​​T​​D​​Y​​R​​E​​Y​​H​​T​963  ​D​​T​​T​​V​​K​​F​​V​​V​​K​​M​973  ​T​​E​​E​​K​​L​​A​​E​​A​​E​​R​983  ​V​​G​​L​​H​​K​​V​​F​​K​​L​​Q​993  ​T​​S​​L​​T​​C​​N​​S​​M​​V​​L​1003 ​F​​D​​H​​V​​G​​C​​L​​K​​K​​Y​1013 ​D​​T​​V​​L​​D​​I​​L​​R​​D​​F​1023 ​F​​E​​L​​R​​L​​K​​Y​​Y​​G​​L​1033 ​R​​K​​E​​W​​L​​L​​G​​M​​L​​G​1043 ​A​​E​​S​​A​​K​​L​​N​​N​​Q​​A​1053 ​R​​F​​I​​L​​E​​K​​I​​D​​G​​K​1063 ​I​​I​​I​​E​​N​​K​​P​​K​​K​​E​1073 ​L​​I​​K​​V​​L​​I​​Q​​R​​G​​Y​1083 ​D​​S​​D​​P​​V​​K​​A​​W​​K​​E​1093 ​A​​Q​​Q​​K​​V​​S​​G​​P​​T​​F​1126 ​N​​Y​​L​​L​​D​​M​​P​​L​​W​​Y​1136 ​L​​T​​K​​E​​K​​K​​D​​E​​L​​C​1146 ​R​​L​​R​​N​​E​​K​​E​​Q​​E​​L​1156 ​D​​T​​L​​K​​R​​K​​S​​P​​S​​D​1166 ​L​​W​​K​​E​​D​​L​​A​​T​​F​​I​1176 ​E​​E​​L​​E​​A​​V​​E​​A​​K​​E​1186 ​K​​Q​​D​​E​​Q​​V​​G​​L​​P​​G​1196 ​K​​G​​G​​K​​A​​K​​G​​K​​K​​T​1206 ​Q​​M​​A​​E​​V​​L​​P​​S​​P​​R​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.36 .. 1.35
-0.36
1.35
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
433
ASN
0.37
2
434
ARG
0.38
3
435
ILE
0.24
4
436
LYS
0.31
5
437
GLY
0.27
6
438
ILE
0.39
7
439
PRO
0.53
8
440
LYS
0.57
9
441
LEU
0.58
10
442
ASP
0.58
11
443
ASP
0.67
12
444
ALA
0.70
13
445
ASN
0.67
14
446
ASP
0.81
15
447
ALA
0.78
16
448
GLY
0.85
17
449
GLY
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18
450
ARG
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19
451
ASN
1.00
20
452
SER
0.94
21
453
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22
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GLU
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23
455
CYS
1.12
24
456
THR
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25
457
LEU
1.11
26
458
ILE
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27
459
LEU
1.04
28
460
THR
1.16
29
461
GLU
1.10
30
462
GLY
1.08
31
463
ASP
1.14
32
464
SER
1.11
3D View
Download PDB file DAQ[Cα]
Render Map
Sequence of
433  ​N​​R​​I​​K​​G​​I​​P​​K​​L​​D​443  ​D​​A​​N​​D​​A​​G​​G​​R​​N​​S​453  ​T​​E​​C​​T​​L​​I​​L​​T​​E​​G​463  ​D​​S​​A​​K​​T​​L​​A​​V​​S​​G​473  ​L​​G​​V​​V​​G​​R​​D​​K​​Y​​G​483  ​V​​F​​P​​L​​R​​G​​K​​I​​L​​N​493  ​V​​R​​E​​A​​S​​H​​K​​Q​​I​​M​503  ​E​​N​​A​​E​​I​​N​​N​​I​​I​​K​513  ​I​​V​​G​​L​​Q​​Y​​K​​K​​N​​Y​523  ​E​​D​​E​​D​​S​​L​​K​​T​​L​​R​533  ​Y​​G​​K​​I​​M​​I​​M​​T​​D​​Q​543  ​D​​Q​​D​​G​​S​​H​​I​​K​​G​​L​553  ​L​​I​​N​​F​​I​​H​​H​​N​​W​​P​563  ​S​​L​​L​​R​​H​​R​​F​​L​​E​​E​573  ​F​​I​​T​​P​​I​​V​​K​​V​​S​​K​583  ​N​​K​​Q​​E​​M​​A​​F​​Y​​S​​L​593  ​P​​E​​F​​E​​E​​W​​K​​S​​S​​T​603  ​P​​N​​H​​K​​K​​W​​K​​V​​K​​Y​613  ​Y​​K​​G​​L​​G​​T​​S​​T​​S​​K​623  ​E​​A​​K​​E​​Y​​F​​A​​D​​M​​K​633  ​R​​H​​R​​I​​Q​​F​​K​​Y​​S​​G​643  ​P​​E​​D​​D​​A​​A​​I​​S​​L​​A​653  ​F​​S​​K​​K​​Q​​I​​D​​D​​R​​K​663  ​E​​W​​L​​T​​N​​F​​M​​E​​D​​R​673  ​R​​Q​​R​​K​​L​​L​​G​​L​​P​​E​683  ​D​​Y​​L​​Y​​G​​Q​​T​​T​​T​​Y​693  ​L​​T​​Y​​N​​D​​F​​I​​N​​K​​E​703  ​L​​I​​L​​F​​S​​N​​S​​D​​N​​E​713  ​R​​S​​I​​P​​S​​M​​V​​D​​G​​L​723  ​K​​P​​G​​Q​​R​​K​​V​​L​​F​​T​733  ​C​​F​​K​​R​​N​​D​​K​​R​​E​​V​743  ​K​​V​​A​​Q​​L​​A​​G​​S​​V​​A​753  ​E​​M​​S​​S​​Y​​H​​H​​G​​E​​M​763  ​S​​L​​M​​M​​T​​I​​I​​N​​L​​A​773  ​Q​​N​​F​​V​​G​​S​​N​​N​​L​​N​783  ​L​​L​​Q​​P​​I​​G​​Q​​F​​G​​T​793  ​R​​L​​H​​G​​G​​K​​D​​S​​A​​S​803  ​P​​R​​Y​​I​​F​​T​​M​​L​​S​​S​813  ​L​​A​​R​​L​​L​​F​​P​​P​​K​​D​823  ​D​​H​​T​​L​​K​​F​​L​​Y​​D​​D​833  ​N​​Q​​R​​V​​E​​P​​E​​W​​Y​​I​843  ​P​​I​​I​​P​​M​​V​​L​​I​​N​​G​853  ​A​​E​​G​​I​​G​​T​​G​​W​​S​​C​863  ​K​​I​​P​​N​​F​​D​​V​​R​​E​​I​873  ​V​​N​​N​​I​​R​​R​​L​​M​​D​​G​883  ​E​​E​​P​​L​​P​​M​​L​​P​​S​​Y​893  ​K​​N​​F​​K​​G​​T​​I​​E​​E​​L​903  ​A​​P​​N​​Q​​Y​​V​​I​​S​​G​​E​913  ​V​​A​​I​​L​​N​​S​​T​​T​​I​​E​923  ​I​​S​​E​​L​​P​​V​​R​​T​​W​​T​933  ​Q​​T​​Y​​K​​E​​Q​​V​​L​​E​​P​943  ​M​​L​​N​​G​​T​​E​​K​​T​​P​​P​953  ​L​​I​​T​​D​​Y​​R​​E​​Y​​H​​T​963  ​D​​T​​T​​V​​K​​F​​V​​V​​K​​M​973  ​T​​E​​E​​K​​L​​A​​E​​A​​E​​R​983  ​V​​G​​L​​H​​K​​V​​F​​K​​L​​Q​993  ​T​​S​​L​​T​​C​​N​​S​​M​​V​​L​1003 ​F​​D​​H​​V​​G​​C​​L​​K​​K​​Y​1013 ​D​​T​​V​​L​​D​​I​​L​​R​​D​​F​1023 ​F​​E​​L​​R​​L​​K​​Y​​Y​​G​​L​1033 ​R​​K​​E​​W​​L​​L​​G​​M​​L​​G​1043 ​A​​E​​S​​A​​K​​L​​N​​N​​Q​​A​1053 ​R​​F​​I​​L​​E​​K​​I​​D​​G​​K​1063 ​I​​I​​I​​E​​N​​K​​P​​K​​K​​E​1073 ​L​​I​​K​​V​​L​​I​​Q​​R​​G​​Y​1083 ​D​​S​​D​​P​​V​​K​​A​​W​​K​​E​1093 ​A​​Q​​Q​​K​​V​​S​​G​​P​​T​​F​1126 ​N​​Y​​L​​L​​D​​M​​P​​L​​W​​Y​1136 ​L​​T​​K​​E​​K​​K​​D​​E​​L​​C​1146 ​R​​L​​R​​N​​E​​K​​E​​Q​​E​​L​1156 ​D​​T​​L​​K​​R​​K​​S​​P​​S​​D​1166 ​L​​W​​K​​E​​D​​L​​A​​T​​F​​I​1176 ​E​​E​​L​​E​​A​​V​​E​​A​​K​​E​1186 ​K​​Q​​D​​E​​Q​​V​​G​​L​​P​​G​1196 ​K​​G​​G​​K​​A​​K​​G​​K​​K​​T​1206 ​Q​​M​​A​​E​​V​​L​​P​​S​​P​​R​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.18 .. 1.30
-0.18
1.30
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
433
ASN
-0.12
2
434
ARG
-0.04
3
435
ILE
0.05
4
436
LYS
0.13
5
437
GLY
0.19
6
438
ILE
0.24
7
439
PRO
0.24
8
440
LYS
0.13
9
441
LEU
0.18
10
442
ASP
0.23
11
443
ASP
0.42
12
444
ALA
0.44
13
445
ASN
0.51
14
446
ASP
0.56
15
447
ALA
0.49
16
448
GLY
0.57
17
449
GLY
0.65
18
450
ARG
0.68
19
451
ASN
0.73
20
452
SER
0.68
21
453
THR
0.67
22
454
GLU
0.60
23
455
CYS
0.59
24
456
THR
0.57
25
457
LEU
0.51
26
458
ILE
0.59
27
459
LEU
0.77
28
460
THR
0.79
29
461
GLU
0.83
30
462
GLY
0.79
31
463
ASP
0.79
32
464
SER
0.74
3D View
Download PDB file DAQ[SS]
Download Secondary Structure Prediction file
Render Map
Converting to mmCIF
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.65 .. 1.12
-0.65
1.12
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
433
ASN
0.01
2
434
ARG
-0.06
3
435
ILE
-0.05
4
436
LYS
-0.08
5
437
GLY
-0.10
6
438
ILE
-0.08
7
439
PRO
-0.06
8
440
LYS
-0.04
9
441
LEU
-0.02
10
442
ASP
0.00
11
443
ASP
-0.09
12
444
ALA
-0.11
13
445
ASN
-0.14
14
446
ASP
-0.12
15
447
ALA
-0.07
16
448
GLY
0.01
17
449
GLY
0.10
18
450
ARG
0.19
19
451
ASN
0.29
20
452
SER
0.35
21
453
THR
0.39
22
454
GLU
0.39
23
455
CYS
0.41
24
456
THR
0.43
25
457
LEU
0.40
26
458
ILE
0.36
27
459
LEU
0.31
28
460
THR
0.24
29
461
GLU
0.14
30
462
GLY
0.18
31
463
ASP
0.19
32
464
SER
0.20
3D View
Download PDB file DAQ[Total]
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Sequence of
433  ​N​​R​​I​​K​​G​​I​​P​​K​​L​​D​443  ​D​​A​​N​​D​​A​​G​​G​​R​​N​​S​453  ​T​​E​​C​​T​​L​​I​​L​​T​​E​​G​463  ​D​​S​​A​​K​​T​​L​​A​​V​​S​​G​473  ​L​​G​​V​​V​​G​​R​​D​​K​​Y​​G​483  ​V​​F​​P​​L​​R​​G​​K​​I​​L​​N​493  ​V​​R​​E​​A​​S​​H​​K​​Q​​I​​M​503  ​E​​N​​A​​E​​I​​N​​N​​I​​I​​K​513  ​I​​V​​G​​L​​Q​​Y​​K​​K​​N​​Y​523  ​E​​D​​E​​D​​S​​L​​K​​T​​L​​R​533  ​Y​​G​​K​​I​​M​​I​​M​​T​​D​​Q​543  ​D​​Q​​D​​G​​S​​H​​I​​K​​G​​L​553  ​L​​I​​N​​F​​I​​H​​H​​N​​W​​P​563  ​S​​L​​L​​R​​H​​R​​F​​L​​E​​E​573  ​F​​I​​T​​P​​I​​V​​K​​V​​S​​K​583  ​N​​K​​Q​​E​​M​​A​​F​​Y​​S​​L​593  ​P​​E​​F​​E​​E​​W​​K​​S​​S​​T​603  ​P​​N​​H​​K​​K​​W​​K​​V​​K​​Y​613  ​Y​​K​​G​​L​​G​​T​​S​​T​​S​​K​623  ​E​​A​​K​​E​​Y​​F​​A​​D​​M​​K​633  ​R​​H​​R​​I​​Q​​F​​K​​Y​​S​​G​643  ​P​​E​​D​​D​​A​​A​​I​​S​​L​​A​653  ​F​​S​​K​​K​​Q​​I​​D​​D​​R​​K​663  ​E​​W​​L​​T​​N​​F​​M​​E​​D​​R​673  ​R​​Q​​R​​K​​L​​L​​G​​L​​P​​E​683  ​D​​Y​​L​​Y​​G​​Q​​T​​T​​T​​Y​693  ​L​​T​​Y​​N​​D​​F​​I​​N​​K​​E​703  ​L​​I​​L​​F​​S​​N​​S​​D​​N​​E​713  ​R​​S​​I​​P​​S​​M​​V​​D​​G​​L​723  ​K​​P​​G​​Q​​R​​K​​V​​L​​F​​T​733  ​C​​F​​K​​R​​N​​D​​K​​R​​E​​V​743  ​K​​V​​A​​Q​​L​​A​​G​​S​​V​​A​753  ​E​​M​​S​​S​​Y​​H​​H​​G​​E​​M​763  ​S​​L​​M​​M​​T​​I​​I​​N​​L​​A​773  ​Q​​N​​F​​V​​G​​S​​N​​N​​L​​N​783  ​L​​L​​Q​​P​​I​​G​​Q​​F​​G​​T​793  ​R​​L​​H​​G​​G​​K​​D​​S​​A​​S​803  ​P​​R​​Y​​I​​F​​T​​M​​L​​S​​S​813  ​L​​A​​R​​L​​L​​F​​P​​P​​K​​D​823  ​D​​H​​T​​L​​K​​F​​L​​Y​​D​​D​833  ​N​​Q​​R​​V​​E​​P​​E​​W​​Y​​I​843  ​P​​I​​I​​P​​M​​V​​L​​I​​N​​G​853  ​A​​E​​G​​I​​G​​T​​G​​W​​S​​C​863  ​K​​I​​P​​N​​F​​D​​V​​R​​E​​I​873  ​V​​N​​N​​I​​R​​R​​L​​M​​D​​G​883  ​E​​E​​P​​L​​P​​M​​L​​P​​S​​Y​893  ​K​​N​​F​​K​​G​​T​​I​​E​​E​​L​903  ​A​​P​​N​​Q​​Y​​V​​I​​S​​G​​E​913  ​V​​A​​I​​L​​N​​S​​T​​T​​I​​E​923  ​I​​S​​E​​L​​P​​V​​R​​T​​W​​T​933  ​Q​​T​​Y​​K​​E​​Q​​V​​L​​E​​P​943  ​M​​L​​N​​G​​T​​E​​K​​T​​P​​P​953  ​L​​I​​T​​D​​Y​​R​​E​​Y​​H​​T​963  ​D​​T​​T​​V​​K​​F​​V​​V​​K​​M​973  ​T​​E​​E​​K​​L​​A​​E​​A​​E​​R​983  ​V​​G​​L​​H​​K​​V​​F​​K​​L​​Q​993  ​T​​S​​L​​T​​C​​N​​S​​M​​V​​L​1003 ​F​​D​​H​​V​​G​​C​​L​​K​​K​​Y​1013 ​D​​T​​V​​L​​D​​I​​L​​R​​D​​F​1023 ​F​​E​​L​​R​​L​​K​​Y​​Y​​G​​L​1033 ​R​​K​​E​​W​​L​​L​​G​​M​​L​​G​1043 ​A​​E​​S​​A​​K​​L​​N​​N​​Q​​A​1053 ​R​​F​​I​​L​​E​​K​​I​​D​​G​​K​1063 ​I​​I​​I​​E​​N​​K​​P​​K​​K​​E​1073 ​L​​I​​K​​V​​L​​I​​Q​​R​​G​​Y​1083 ​D​​S​​D​​P​​V​​K​​A​​W​​K​​E​1093 ​A​​Q​​Q​​K​​V​​S​​G​​P​​T​​F​1126 ​N​​Y​​L​​L​​D​​M​​P​​L​​W​​Y​1136 ​L​​T​​K​​E​​K​​K​​D​​E​​L​​C​1146 ​R​​L​​R​​N​​E​​K​​E​​Q​​E​​L​1156 ​D​​T​​L​​K​​R​​K​​S​​P​​S​​D​1166 ​L​​W​​K​​E​​D​​L​​A​​T​​F​​I​1176 ​E​​E​​L​​E​​A​​V​​E​​A​​K​​E​1186 ​K​​Q​​D​​E​​Q​​V​​G​​L​​P​​G​1196 ​K​​G​​G​​K​​A​​K​​G​​K​​K​​T​1206 ​Q​​M​​A​​E​​V​​L​​P​​S​​P​​R​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.53 .. 3.17
-0.53
3.17
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
433
ASN
0.25
2
434
ARG
0.27
3
435
ILE
0.24
4
436
LYS
0.36
5
437
GLY
0.36
6
438
ILE
0.56
7
439
PRO
0.72
8
440
LYS
0.66
9
441
LEU
0.74
10
442
ASP
0.81
11
443
ASP
1.00
12
444
ALA
1.03
13
445
ASN
1.05
14
446
ASP
1.24
15
447
ALA
1.21
16
448
GLY
1.43
17
449
GLY
1.70
18
450
ARG
1.84
19
451
ASN
2.01
20
452
SER
1.96
21
453
THR
2.11
22
454
GLU
2.12
23
455
CYS
2.12
24
456
THR
2.27
25
457
LEU
2.01
26
458
ILE
1.94
27
459
LEU
2.12
28
460
THR
2.18
29
461
GLU
2.07
30
462
GLY
2.06
31
463
ASP
2.12
32
464
SER
2.06