20527 6PZ8 F v2-0
20527_6pz8_F_v2-0
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RCSB PDB: 6PZ8
EMDB: 20527
Structure title MERS S0 trimer in complex with variable domain of antibody G2
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 4.19 Å
Source organism Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
3D View
Download PDB file DAQ[AA]
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Converting to mmCIF
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.40 .. 0.32
-0.40
0.32
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
18
TYR
0.14
2
19
VAL
0.10
3
20
ASP
0.11
4
21
VAL
0.10
5
22
GLY
0.10
6
23
PRO
0.01
7
24
ASP
0.02
8
25
SER
0.01
9
26
VAL
0.01
10
27
LYS
0.02
11
28
SER
0.04
12
29
ALA
0.06
13
30
CYS
0.04
14
31
ILE
0.04
15
32
GLU
0.04
16
33
VAL
0.00
17
34
ASP
-0.02
18
35
ILE
-0.10
19
36
GLN
-0.07
20
37
GLN
-0.10
21
38
THR
-0.05
22
39
PHE
-0.09
23
40
PHE
-0.09
24
41
ASP
-0.08
25
42
LYS
0.01
26
43
THR
0.03
27
44
TRP
0.06
28
45
PRO
0.08
29
46
ARG
0.12
30
47
PRO
0.13
31
48
ILE
0.11
32
49
ASP
0.17
3D View
Download PDB file DAQ[Cα]
Render Map
Sequence of
18   ​Y​​V​​D​​V​​G​​P​​D​​S​​V​​K​28   ​S​​A​​C​​I​​E​​V​​D​​I​​Q​​Q​38   ​T​​F​​F​​D​​K​​T​​W​​P​​R​​P​48   ​I​​D​​V​​S​​K​​A​​D​​G​​I​​I​58   ​Y​​P​​Q​​G​​R​​T​​Y​​S​​N​​I​68   ​T​​I​​T​​Y​​Q​​G​​L​​F​​P​​Y​78   ​Q​​G​​D​​H​​G​​D​​M​​Y​​V​​Y​88   ​S​​A​​G​​H​​A​​T​​G​​T​​T​​P​98   ​Q​​K​​L​​F​​V​​A​​N​​Y​​S​​Q​108  ​D​​V​​K​​Q​​F​​A​​N​​G​​F​​V​118  ​V​​R​​I​​G​​A​​A​​A​​N​​S​​T​128  ​G​​T​​V​​I​​I​​S​​P​​S​​T​​S​138  ​A​​T​​I​​R​​K​​I​​Y​​P​​A​​F​148  ​M​​L​​G​​S​​S​​V​​G​​N​​F​​S​158  ​D​​G​​K​​M​​G​​R​​F​​F​​N​​H​168  ​T​​L​​V​​L​​L​​P​​D​​G​​C​​G​178  ​T​​L​​L​​R​​A​​F​​Y​​C​​I​​L​188  ​E​​P​​R​​S​​G​​N​​H​​C​​P​​A​198  ​G​​N​​S​​Y​​T​​S​​F​​A​​T​​Y​208  ​H​​T​​P​​A​​T​​D​​C​​S​​D​​G​218  ​N​​Y​​N​​R​​N​​A​​S​​L​​N​​S​228  ​F​​K​​E​​Y​​F​​N​​L​​R​​N​​C​238  ​T​​F​​M​​Y​​T​​Y​​N​​I​​T​​E​248  ​D​​E​​I​​L​​E​​W​​F​​G​​I​​T​258  ​Q​​T​​A​​Q​​G​​V​​H​​L​​F​​S​268  ​S​​R​​Y​​V​​D​​L​​Y​​G​​G​​N​278  ​M​​F​​Q​​F​​A​​T​​L​​P​​V​​Y​288  ​D​​T​​I​​K​​Y​​Y​​S​​I​​I​​P​298  ​H​​S​​I​​R​​S​​I​​Q​​S​​D​​R​308  ​K​​A​​W​​A​​A​​F​​Y​​V​​Y​​K​318  ​L​​Q​​P​​L​​T​​F​​L​​L​​D​​F​328  ​S​​V​​D​​G​​Y​​I​​R​​R​​A​​I​338  ​D​​C​​G​​F​​N​​D​​L​​S​​Q​​L​348  ​H​​C​​S​​Y​​E​​S​​F​​D​​V​​E​358  ​S​​G​​V​​Y​​S​​V​​S​​S​​F​​E​368  ​A​​K​​P​​S​​G​​S​​V​​V​​E​​Q​378  ​A​​E​​D​​T​​K​​I​​A​​S​​Q​​L​601  ​G​​N​​C​​V​​E​​Y​​S​​L​​Y​​G​611  ​V​​S​​G​​R​​G​​V​​F​​Q​​N​​C​621  ​T​​A​​V​​G​​V​​R​​Q​​Q​​R​​F​631  ​V​​Y​​D​​A​​Y​​Q​​N​​L​​V​​G​641  ​Y​​Y​​S​​D​​D​​G​​N​​Y​​Y​​C​651  ​L​​R​​A​​C​​V​​S​​V​​P​​V​​S​661  ​V​​I​​Y​​D​​K​​E​​T​​K​​T​​H​671  ​A​​T​​L​​F​​G​​S​​V​​A​​C​​E​681  ​H​​I​​S​​S​​T​​M​​S​​Q​​Y​​S​691  ​R​​S​​T​​R​​S​​M​​L​​K​​R​​R​701  ​D​​S​​T​​Y​​G​​P​​L​​Q​​T​​P​711  ​V​​G​​C​​V​​L​​G​​L​​V​​N​​S​721  ​S​​L​​F​​V​​E​​D​​C​​K​​L​​P​731  ​L​​G​​Q​​S​​L​​C​​A​​L​​P​​D​741  ​T​​P​​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.73 .. 0.33
-0.73
0.33
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
18
TYR
0.18
2
19
VAL
0.23
3
20
ASP
0.24
4
21
VAL
0.22
5
22
GLY
0.18
6
23
PRO
0.21
7
24
ASP
0.11
8
25
SER
0.10
9
26
VAL
0.07
10
27
LYS
0.08
11
28
SER
0.10
12
29
ALA
0.15
13
30
CYS
0.11
14
31
ILE
0.19
15
32
GLU
0.08
16
33
VAL
0.06
17
34
ASP
0.06
18
35
ILE
0.07
19
36
GLN
0.05
20
37
GLN
0.06
21
38
THR
0.04
22
39
PHE
0.04
23
40
PHE
0.04
24
41
ASP
0.07
25
42
LYS
0.05
26
43
THR
0.14
27
44
TRP
0.13
28
45
PRO
0.16
29
46
ARG
0.13
30
47
PRO
-0.12
31
48
ILE
-0.20
32
49
ASP
-0.28
3D View
Download PDB file DAQ[SS]
Download Secondary Structure Prediction file
Render Map
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.77 .. 0.29
-0.77
0.29
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
18
TYR
0.09
2
19
VAL
0.07
3
20
ASP
0.07
4
21
VAL
0.06
5
22
GLY
0.09
6
23
PRO
0.14
7
24
ASP
0.16
8
25
SER
0.16
9
26
VAL
0.16
10
27
LYS
0.15
11
28
SER
0.13
12
29
ALA
0.14
13
30
CYS
0.14
14
31
ILE
0.14
15
32
GLU
0.12
16
33
VAL
0.11
17
34
ASP
0.11
18
35
ILE
0.11
19
36
GLN
0.12
20
37
GLN
0.13
21
38
THR
0.14
22
39
PHE
0.16
23
40
PHE
0.17
24
41
ASP
0.14
25
42
LYS
0.09
26
43
THR
0.06
27
44
TRP
0.05
28
45
PRO
0.05
29
46
ARG
0.05
30
47
PRO
-0.05
31
48
ILE
-0.06
32
49
ASP
-0.13
3D View
Download PDB file DAQ[Total]
Render Map
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.29 .. 0.64
-1.29
0.64
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
18
TYR
0.41
2
19
VAL
0.40
3
20
ASP
0.42
4
21
VAL
0.38
5
22
GLY
0.37
6
23
PRO
0.36
7
24
ASP
0.29
8
25
SER
0.27
9
26
VAL
0.24
10
27
LYS
0.24
11
28
SER
0.26
12
29
ALA
0.35
13
30
CYS
0.29
14
31
ILE
0.37
15
32
GLU
0.24
16
33
VAL
0.17
17
34
ASP
0.14
18
35
ILE
0.09
19
36
GLN
0.11
20
37
GLN
0.08
21
38
THR
0.14
22
39
PHE
0.10
23
40
PHE
0.13
24
41
ASP
0.13
25
42
LYS
0.16
26
43
THR
0.24
27
44
TRP
0.24
28
45
PRO
0.29
29
46
ARG
0.30
30
47
PRO
-0.03
31
48
ILE
-0.16
32
49
ASP
-0.24