24126 7N1X B v1-1
24126_7n1x_B_v1-1
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RCSB PDB: 7N1X
EMDB: 24126
Structure title Structural basis for enhanced infectivity and immune evasion of SARS-CoV-2 variants
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 4.0 Å
Source organism Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
3D View
Download PDB file DAQ[AA]
Render Map
Sequence of
14   ​Q​​C​​V​​N​​L​​T​​T​​R​​T​​Q​24   ​L​​P​​P​​A​​Y​​T​​N​​S​​F​​T​34   ​R​​G​​V​​Y​​Y​​P​​D​​K​​V​​F​44   ​R​​S​​S​​V​​L​​H​​S​​T​​Q​​D​54   ​L​​F​​L​​P​​F​​F​​S​​N​​V​​T​64   ​W​​F​​H​​A​​I​​K​​R​​F​​D​​N​82   ​P​​V​​L​​P​​F​​N​​D​​G​​V​​Y​92   ​F​​A​​S​​T​​E​​K​​S​​N​​I​​I​102  ​R​​G​​W​​I​​F​​G​​T​​T​​L​​D​112  ​S​​K​​T​​Q​​S​​L​​L​​I​​V​​N​122  ​N​​A​​T​​N​​V​​V​​I​​K​​V​​C​132  ​E​​F​​Q​​F​​C​​N​​D​​P​​F​​L​142  ​G​​V​​Y​​H​​K​​N​​N​​K​​S​​W​153  ​M​​E​​S​​E​​F​​R​​V​​Y​​S​​S​163  ​A​​N​​N​​C​​T​​F​​E​​Y​​V​​S​173  ​Q​​P​​F​​L​​M​​D​​L​​E​​G​​K​183  ​Q​​G​​N​​F​​K​​N​​L​​R​​E​​F​193  ​V​​F​​K​​N​​I​​D​​G​​Y​​F​​K​203  ​I​​Y​​S​​K​​H​​T​​P​​I​​N​​L​213  ​V​​R​​D​​L​​P​​Q​​G​​F​​S​​A​223  ​L​​E​​P​​L​​V​​D​​L​​P​​I​​G​233  ​I​​N​​I​​T​​R​​F​​Q​​T​​L​​L​243  ​A​​L​​S​​S​​S​​G​​W​​T​​A​​G​262  ​A​​A​​A​​Y​​Y​​V​​G​​Y​​L​​Q​272  ​P​​R​​T​​F​​L​​L​​K​​Y​​N​​E​282  ​N​​G​​T​​I​​T​​D​​A​​V​​D​​C​292  ​A​​L​​D​​P​​L​​S​​E​​T​​K​​C​302  ​T​​L​​K​​S​​F​​T​​V​​E​​K​​G​312  ​I​​Y​​Q​​T​​S​​N​​F​​R​​V​​Q​322  ​P​​T​​E​​S​​I​​V​​R​​F​​P​​N​332  ​I​​T​​N​​L​​C​​P​​F​​G​​E​​V​342  ​F​​N​​A​​T​​R​​F​​A​​S​​V​​Y​352  ​A​​W​​N​​R​​K​​R​​I​​S​​N​​C​362  ​V​​A​​D​​Y​​S​​V​​L​​Y​​N​​S​372  ​A​​S​​F​​S​​T​​F​​K​​C​​Y​​G​382  ​V​​S​​P​​T​​K​​L​​N​​D​​L​​C​392  ​F​​T​​N​​V​​Y​​A​​D​​S​​F​​V​402  ​I​​R​​G​​D​​E​​V​​R​​Q​​I​​A​412  ​P​​G​​Q​​T​​G​​K​​I​​A​​D​​Y​422  ​N​​Y​​K​​L​​P​​D​​D​​F​​T​​G​432  ​C​​V​​I​​A​​W​​N​​S​​N​​N​​L​442  ​D​​S​​K​​V​​G​​G​​N​​Y​​N​​Y​452  ​L​​Y​​R​​L​​F​​R​​K​​S​​N​​L​462  ​K​​P​​F​​E​​R​​D​​I​​S​​T​​E​472  ​I​​Y​​Q​​A​​G​​S​​T​​P​​C​​N​482  ​G​​V​​E​​G​​F​​N​​C​​Y​​F​​P​492  ​L​​Q​​S​​Y​​G​​F​​Q​​P​​T​​Y​502  ​G​​V​​G​​Y​​Q​​P​​Y​​R​​V​​V​512  ​V​​L​​S​​F​​E​​L​​L​​H​​A​​P​522  ​A​​T​​V​​C​​G​​P​​K​​K​​S​​T​532  ​N​​L​​V​​K​​N​​K​​C​​V​​N​​F​542  ​N​​F​​N​​G​​L​​T​​G​​T​​G​​V​552  ​L​​T​​E​​S​​N​​K​​K​​F​​L​​P​562  ​F​​Q​​Q​​F​​G​​R​​D​​I​​D​​D​572  ​T​​T​​D​​A​​V​​R​​D​​P​​Q​​T​582  ​L​​E​​I​​L​​D​​I​​T​​P​​C​​S​592  ​F​​G​​G​​V​​S​​V​​I​​T​​P​​G​602  ​T​​N​​T​​S​​N​​Q​​V​​A​​V​​L​612  ​Y​​Q​​G​​V​​N​​C​​T​​E​​V​​P​622  ​V​​A​​I​​T​​W​​R​​V​​Y​​S​​T​639  ​G​​S​​N​​V​​F​​Q​​T​​R​​A​​G​649  ​C​​L​​I​​G​​A​​E​​H​​V​​N​​N​659  ​S​​Y​​E​​C​​D​​I​​P​​I​​G​​A​669  ​G​​I​​C​​A​​S​​Y​​Q​​T​​S​​Q​691  ​S​​I​​I​​A​​Y​​T​​M​​S​​L​​G​701  ​A​​E​​N​​S​​V​​A​​Y​​S​​N​​N​711  ​S​​I​​A​​I​​P​​I​​N​​F​​T​​I​721  ​S​​V​​T​​T​​E​​I​​L​​P​​V​​S​731  ​M​​T​​K​​T​​S​​V​​D​​C​​T​​M​741  ​Y​​I​​C​​G​​D​​S​​T​​E​​C​​S​751  ​N​​L​​L​​L​​Q​​Y​​G​​S​​F​​C​761  ​T​​Q​​L​​N​​R​​A​​L​​T​​G​​I​771  ​A​​V​​E​​Q​​D​​K​​N​​T​​Q​​E​781  ​V​​F​​A​​Q​​V​​K​​Q​​I​​Y​​K​791  ​T​​P​​P​​I​​K​​D​​F​​G​​G​​F​801  ​N​​F​​S​​Q​​I​​L​​P​​D​​P​​S​811  ​K​​P​​S​​K​​R​​S​​F​​I​​E​​D​821  ​L​​L​​F​​N​​K​​V​​T​​L​​Q​​K​855  ​F​​N​​G​​L​​T​​V​​L​​P​​P​​L​865  ​L​​T​​D​​E​​M​​I​​A​​Q​​Y​​T​875  ​S​​A​​L​​L​​A​​G​​T​​I​​T​​S​885  ​G​​W​​T​​F​​G​​A​​G​​A​​A​​L​895  ​Q​​I​​P​​F​​A​​M​​Q​​M​​A​​Y​905  ​R​​F​​N​​G​​I​​G​​V​​T​​Q​​N​915  ​V​​L​​Y​​E​​N​​Q​​K​​L​​I​​A​925  ​N​​Q​​F​​N​​S​​A​​I​​G​​K​​I​935  ​Q​​D​​S​​L​​S​​S​​T​​A​​S​​A​945  ​L​​G​​K​​L​​Q​​D​​V​​V​​N​​Q​955  ​N​​A​​Q​​A​​L​​N​​T​​L​​V​​K​965  ​Q​​L​​S​​S​​N​​F​​G​​A​​I​​S​975  ​S​​V​​L​​N​​D​​I​​L​​A​​R​​L​985  ​D​​K​​V​​E​​A​​E​​V​​Q​​I​​D​995  ​R​​L​​I​​T​​G​​R​​L​​Q​​S​​L​1005 ​Q​​T​​Y​​V​​T​​Q​​Q​​L​​I​​R​1015 ​A​​A​​E​​I​​R​​A​​S​​A​​N​​L​1025 ​A​​A​​T​​K​​M​​S​​E​​C​​V​​L​1035 ​G​​Q​​S​​K​​R​​V​​D​​F​​C​​G​1045 ​K​​G​​Y​​H​​L​​M​​S​​F​​P​​Q​1055 ​S​​A​​P​​H​​G​​V​​V​​F​​L​​H​1065 ​V​​T​​Y​​V​​P​​A​​Q​​E​​K​​N​1075 ​F​​T​​T​​A​​P​​A​​I​​C​​H​​D​1085 ​G​​K​​A​​H​​F​​P​​R​​E​​G​​V​1095 ​F​​V​​S​​N​​G​​T​​H​​W​​F​​V​1105 ​T​​Q​​R​​N​​F​​Y​​E​​P​​Q​​I​1115 ​I​​T​​T​​H​​N​​T​​F​​V​​S​​G​1125 ​N​​C​​D​​V​​V​​I​​G​​I​​V​​N​1135 ​N​​T​​V​​Y​​D​​P​​L​​Q​​P​​E​1145 ​L​​D​​S​​F​​K​​E​​E​​L​​D​​K​1155 ​Y​​F​​K​​N​​H​​T​​S​​P​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.73 .. 1.13
-0.73
1.13
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
14
GLN
0.15
2
15
CYS
0.14
3
16
VAL
0.13
4
17
ASN
0.11
5
18
LEU
0.09
6
19
THR
0.11
7
20
THR
0.13
8
21
ARG
0.10
9
22
THR
0.10
10
23
GLN
0.12
11
24
LEU
0.16
12
25
PRO
0.03
13
26
PRO
0.03
14
27
ALA
-0.07
15
28
TYR
-0.06
16
29
THR
0.02
17
30
ASN
0.09
18
31
SER
0.06
19
32
PHE
-0.07
20
33
THR
-0.04
21
34
ARG
-0.02
22
35
GLY
-0.07
23
36
VAL
-0.02
24
37
TYR
0.02
25
38
TYR
-0.05
26
39
PRO
-0.12
27
40
ASP
-0.05
28
41
LYS
-0.04
29
42
VAL
-0.09
30
43
PHE
-0.14
31
44
ARG
-0.05
32
45
SER
-0.07
3D View
Download PDB file DAQ[Cα]
Render Map
Sequence of
14   ​Q​​C​​V​​N​​L​​T​​T​​R​​T​​Q​24   ​L​​P​​P​​A​​Y​​T​​N​​S​​F​​T​34   ​R​​G​​V​​Y​​Y​​P​​D​​K​​V​​F​44   ​R​​S​​S​​V​​L​​H​​S​​T​​Q​​D​54   ​L​​F​​L​​P​​F​​F​​S​​N​​V​​T​64   ​W​​F​​H​​A​​I​​K​​R​​F​​D​​N​82   ​P​​V​​L​​P​​F​​N​​D​​G​​V​​Y​92   ​F​​A​​S​​T​​E​​K​​S​​N​​I​​I​102  ​R​​G​​W​​I​​F​​G​​T​​T​​L​​D​112  ​S​​K​​T​​Q​​S​​L​​L​​I​​V​​N​122  ​N​​A​​T​​N​​V​​V​​I​​K​​V​​C​132  ​E​​F​​Q​​F​​C​​N​​D​​P​​F​​L​142  ​G​​V​​Y​​H​​K​​N​​N​​K​​S​​W​153  ​M​​E​​S​​E​​F​​R​​V​​Y​​S​​S​163  ​A​​N​​N​​C​​T​​F​​E​​Y​​V​​S​173  ​Q​​P​​F​​L​​M​​D​​L​​E​​G​​K​183  ​Q​​G​​N​​F​​K​​N​​L​​R​​E​​F​193  ​V​​F​​K​​N​​I​​D​​G​​Y​​F​​K​203  ​I​​Y​​S​​K​​H​​T​​P​​I​​N​​L​213  ​V​​R​​D​​L​​P​​Q​​G​​F​​S​​A​223  ​L​​E​​P​​L​​V​​D​​L​​P​​I​​G​233  ​I​​N​​I​​T​​R​​F​​Q​​T​​L​​L​243  ​A​​L​​S​​S​​S​​G​​W​​T​​A​​G​262  ​A​​A​​A​​Y​​Y​​V​​G​​Y​​L​​Q​272  ​P​​R​​T​​F​​L​​L​​K​​Y​​N​​E​282  ​N​​G​​T​​I​​T​​D​​A​​V​​D​​C​292  ​A​​L​​D​​P​​L​​S​​E​​T​​K​​C​302  ​T​​L​​K​​S​​F​​T​​V​​E​​K​​G​312  ​I​​Y​​Q​​T​​S​​N​​F​​R​​V​​Q​322  ​P​​T​​E​​S​​I​​V​​R​​F​​P​​N​332  ​I​​T​​N​​L​​C​​P​​F​​G​​E​​V​342  ​F​​N​​A​​T​​R​​F​​A​​S​​V​​Y​352  ​A​​W​​N​​R​​K​​R​​I​​S​​N​​C​362  ​V​​A​​D​​Y​​S​​V​​L​​Y​​N​​S​372  ​A​​S​​F​​S​​T​​F​​K​​C​​Y​​G​382  ​V​​S​​P​​T​​K​​L​​N​​D​​L​​C​392  ​F​​T​​N​​V​​Y​​A​​D​​S​​F​​V​402  ​I​​R​​G​​D​​E​​V​​R​​Q​​I​​A​412  ​P​​G​​Q​​T​​G​​K​​I​​A​​D​​Y​422  ​N​​Y​​K​​L​​P​​D​​D​​F​​T​​G​432  ​C​​V​​I​​A​​W​​N​​S​​N​​N​​L​442  ​D​​S​​K​​V​​G​​G​​N​​Y​​N​​Y​452  ​L​​Y​​R​​L​​F​​R​​K​​S​​N​​L​462  ​K​​P​​F​​E​​R​​D​​I​​S​​T​​E​472  ​I​​Y​​Q​​A​​G​​S​​T​​P​​C​​N​482  ​G​​V​​E​​G​​F​​N​​C​​Y​​F​​P​492  ​L​​Q​​S​​Y​​G​​F​​Q​​P​​T​​Y​502  ​G​​V​​G​​Y​​Q​​P​​Y​​R​​V​​V​512  ​V​​L​​S​​F​​E​​L​​L​​H​​A​​P​522  ​A​​T​​V​​C​​G​​P​​K​​K​​S​​T​532  ​N​​L​​V​​K​​N​​K​​C​​V​​N​​F​542  ​N​​F​​N​​G​​L​​T​​G​​T​​G​​V​552  ​L​​T​​E​​S​​N​​K​​K​​F​​L​​P​562  ​F​​Q​​Q​​F​​G​​R​​D​​I​​D​​D​572  ​T​​T​​D​​A​​V​​R​​D​​P​​Q​​T​582  ​L​​E​​I​​L​​D​​I​​T​​P​​C​​S​592  ​F​​G​​G​​V​​S​​V​​I​​T​​P​​G​602  ​T​​N​​T​​S​​N​​Q​​V​​A​​V​​L​612  ​Y​​Q​​G​​V​​N​​C​​T​​E​​V​​P​622  ​V​​A​​I​​T​​W​​R​​V​​Y​​S​​T​639  ​G​​S​​N​​V​​F​​Q​​T​​R​​A​​G​649  ​C​​L​​I​​G​​A​​E​​H​​V​​N​​N​659  ​S​​Y​​E​​C​​D​​I​​P​​I​​G​​A​669  ​G​​I​​C​​A​​S​​Y​​Q​​T​​S​​Q​691  ​S​​I​​I​​A​​Y​​T​​M​​S​​L​​G​701  ​A​​E​​N​​S​​V​​A​​Y​​S​​N​​N​711  ​S​​I​​A​​I​​P​​I​​N​​F​​T​​I​721  ​S​​V​​T​​T​​E​​I​​L​​P​​V​​S​731  ​M​​T​​K​​T​​S​​V​​D​​C​​T​​M​741  ​Y​​I​​C​​G​​D​​S​​T​​E​​C​​S​751  ​N​​L​​L​​L​​Q​​Y​​G​​S​​F​​C​761  ​T​​Q​​L​​N​​R​​A​​L​​T​​G​​I​771  ​A​​V​​E​​Q​​D​​K​​N​​T​​Q​​E​781  ​V​​F​​A​​Q​​V​​K​​Q​​I​​Y​​K​791  ​T​​P​​P​​I​​K​​D​​F​​G​​G​​F​801  ​N​​F​​S​​Q​​I​​L​​P​​D​​P​​S​811  ​K​​P​​S​​K​​R​​S​​F​​I​​E​​D​821  ​L​​L​​F​​N​​K​​V​​T​​L​​Q​​K​855  ​F​​N​​G​​L​​T​​V​​L​​P​​P​​L​865  ​L​​T​​D​​E​​M​​I​​A​​Q​​Y​​T​875  ​S​​A​​L​​L​​A​​G​​T​​I​​T​​S​885  ​G​​W​​T​​F​​G​​A​​G​​A​​A​​L​895  ​Q​​I​​P​​F​​A​​M​​Q​​M​​A​​Y​905  ​R​​F​​N​​G​​I​​G​​V​​T​​Q​​N​915  ​V​​L​​Y​​E​​N​​Q​​K​​L​​I​​A​925  ​N​​Q​​F​​N​​S​​A​​I​​G​​K​​I​935  ​Q​​D​​S​​L​​S​​S​​T​​A​​S​​A​945  ​L​​G​​K​​L​​Q​​D​​V​​V​​N​​Q​955  ​N​​A​​Q​​A​​L​​N​​T​​L​​V​​K​965  ​Q​​L​​S​​S​​N​​F​​G​​A​​I​​S​975  ​S​​V​​L​​N​​D​​I​​L​​A​​R​​L​985  ​D​​K​​V​​E​​A​​E​​V​​Q​​I​​D​995  ​R​​L​​I​​T​​G​​R​​L​​Q​​S​​L​1005 ​Q​​T​​Y​​V​​T​​Q​​Q​​L​​I​​R​1015 ​A​​A​​E​​I​​R​​A​​S​​A​​N​​L​1025 ​A​​A​​T​​K​​M​​S​​E​​C​​V​​L​1035 ​G​​Q​​S​​K​​R​​V​​D​​F​​C​​G​1045 ​K​​G​​Y​​H​​L​​M​​S​​F​​P​​Q​1055 ​S​​A​​P​​H​​G​​V​​V​​F​​L​​H​1065 ​V​​T​​Y​​V​​P​​A​​Q​​E​​K​​N​1075 ​F​​T​​T​​A​​P​​A​​I​​C​​H​​D​1085 ​G​​K​​A​​H​​F​​P​​R​​E​​G​​V​1095 ​F​​V​​S​​N​​G​​T​​H​​W​​F​​V​1105 ​T​​Q​​R​​N​​F​​Y​​E​​P​​Q​​I​1115 ​I​​T​​T​​H​​N​​T​​F​​V​​S​​G​1125 ​N​​C​​D​​V​​V​​I​​G​​I​​V​​N​1135 ​N​​T​​V​​Y​​D​​P​​L​​Q​​P​​E​1145 ​L​​D​​S​​F​​K​​E​​E​​L​​D​​K​1155 ​Y​​F​​K​​N​​H​​T​​S​​P​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.19 .. 1.27
-1.19
1.27
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
14
GLN
0.19
2
15
CYS
0.24
3
16
VAL
0.19
4
17
ASN
0.14
5
18
LEU
0.19
6
19
THR
0.14
7
20
THR
0.08
8
21
ARG
0.08
9
22
THR
0.07
10
23
GLN
0.05
11
24
LEU
0.08
12
25
PRO
0.09
13
26
PRO
0.04
14
27
ALA
-0.02
15
28
TYR
-0.08
16
29
THR
-0.06
17
30
ASN
-0.05
18
31
SER
-0.07
19
32
PHE
-0.07
20
33
THR
0.03
21
34
ARG
0.06
22
35
GLY
0.08
23
36
VAL
0.15
24
37
TYR
0.04
25
38
TYR
0.10
26
39
PRO
0.15
27
40
ASP
0.19
28
41
LYS
0.18
29
42
VAL
0.20
30
43
PHE
0.17
31
44
ARG
0.21
32
45
SER
0.35
3D View
Download PDB file DAQ[SS]
Download Secondary Structure Prediction file
Render Map
Converting to mmCIF
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.29 .. 1.05
-1.29
1.05
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
14
GLN
0.00
2
15
CYS
0.03
3
16
VAL
0.07
4
17
ASN
0.08
5
18
LEU
0.09
6
19
THR
0.07
7
20
THR
0.07
8
21
ARG
0.06
9
22
THR
0.06
10
23
GLN
0.05
11
24
LEU
0.06
12
25
PRO
0.08
13
26
PRO
0.04
14
27
ALA
-0.02
15
28
TYR
-0.04
16
29
THR
-0.04
17
30
ASN
-0.06
18
31
SER
-0.06
19
32
PHE
-0.06
20
33
THR
-0.07
21
34
ARG
-0.08
22
35
GLY
-0.13
23
36
VAL
-0.17
24
37
TYR
-0.19
25
38
TYR
-0.22
26
39
PRO
-0.23
27
40
ASP
-0.20
28
41
LYS
-0.20
29
42
VAL
-0.19
30
43
PHE
-0.18
31
44
ARG
-0.21
32
45
SER
-0.19
3D View
Download PDB file DAQ[Total]
Render Map
Converting to mmCIF
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -2.92 .. 3.27
-2.92
3.27
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
14
GLN
0.33
2
15
CYS
0.40
3
16
VAL
0.39
4
17
ASN
0.33
5
18
LEU
0.37
6
19
THR
0.32
7
20
THR
0.28
8
21
ARG
0.24
9
22
THR
0.23
10
23
GLN
0.23
11
24
LEU
0.30
12
25
PRO
0.20
13
26
PRO
0.11
14
27
ALA
-0.11
15
28
TYR
-0.19
16
29
THR
-0.07
17
30
ASN
-0.01
18
31
SER
-0.07
19
32
PHE
-0.21
20
33
THR
-0.08
21
34
ARG
-0.04
22
35
GLY
-0.11
23
36
VAL
-0.04
24
37
TYR
-0.14
25
38
TYR
-0.18
26
39
PRO
-0.20
27
40
ASP
-0.07
28
41
LYS
-0.06
29
42
VAL
-0.08
30
43
PHE
-0.15
31
44
ARG
-0.05
32
45
SER
0.10