24432 7RE3 K v1-4
Structure title SARS-CoV-2 replication-transcription complex bound to nsp13 helicase - nsp13(2)-RTC dimer
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.33 Å
Source organism Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

Sequence of
1    ​A​​V​​G​​A​​C​​V​​L​​C​​N​​S​11   ​Q​​T​​S​​L​​R​​C​​G​​A​​C​​I​21   ​R​​R​​P​​F​​L​​C​​C​​K​​C​​C​31   ​Y​​D​​H​​V​​I​​S​​T​​S​​H​​K​41   ​L​​V​​L​​S​​V​​N​​P​​Y​​V​​C​51   ​N​​A​​P​​G​​C​​D​​V​​T​​D​​V​61   ​T​​Q​​L​​Y​​L​​G​​G​​M​​S​​Y​71   ​Y​​C​​K​​S​​H​​K​​P​​P​​I​​S​81   ​F​​P​​L​​C​​A​​N​​G​​Q​​V​​F​91   ​G​​L​​Y​​K​​N​​T​​C​​V​​G​​S​101  ​D​​N​​V​​T​​D​​F​​N​​A​​I​​A​111  ​T​​C​​D​​W​​T​​N​​A​​G​​D​​Y​121  ​I​​L​​A​​N​​T​​C​​T​​E​​R​​L​131  ​K​​L​​F​​A​​A​​E​​T​​L​​K​​A​141  ​T​​E​​E​​T​​F​​K​​L​​S​​Y​​G​151  ​I​​A​​T​​V​​R​​E​​V​​L​​S​​D​161  ​R​​E​​L​​H​​L​​S​​W​​E​​V​​G​171  ​K​​P​​R​​P​​P​​L​​N​​R​​N​​Y​181  ​V​​F​​T​​G​​Y​​R​​V​​T​​K​​N​191  ​S​​K​​V​​Q​​I​​G​​E​​Y​​T​​F​201  ​E​​K​​G​​D​​Y​​G​​D​​A​​V​​V​211  ​Y​​R​​G​​T​​T​​T​​Y​​K​​L​​N​221  ​V​​G​​D​​Y​​F​​V​​L​​T​​S​​H​231  ​T​​V​​M​​P​​L​​S​​A​​P​​T​​L​241  ​V​​P​​Q​​E​​H​​Y​​V​​R​​I​​T​251  ​G​​L​​Y​​P​​T​​L​​N​​I​​S​​D​261  ​E​​F​​S​​S​​N​​V​​A​​N​​Y​​Q​271  ​K​​V​​G​​M​​Q​​K​​Y​​S​​T​​L​281  ​Q​​G​​P​​P​​G​​T​​G​​K​​S​​H​291  ​F​​A​​I​​G​​L​​A​​L​​Y​​Y​​P​301  ​S​​A​​R​​I​​V​​Y​​T​​A​​C​​S​311  ​H​​A​​A​​V​​D​​A​​L​​C​​E​​K​321  ​A​​L​​K​​Y​​L​​P​​I​​D​​K​​C​331  ​S​​R​​I​​I​​P​​A​​R​​A​​R​​V​341  ​E​​C​​F​​D​​K​​F​​K​​V​​N​​S​351  ​T​​L​​E​​Q​​Y​​V​​F​​C​​T​​V​361  ​N​​A​​L​​P​​E​​T​​T​​A​​D​​I​371  ​V​​V​​F​​D​​E​​I​​S​​M​​A​​T​381  ​N​​Y​​D​​L​​S​​V​​V​​N​​A​​R​391  ​L​​R​​A​​K​​H​​Y​​V​​Y​​I​​G​401  ​D​​P​​A​​Q​​L​​P​​A​​P​​R​​T​411  ​L​​L​​T​​K​​G​​T​​L​​E​​P​​E​421  ​Y​​F​​N​​S​​V​​C​​R​​L​​M​​K​431  ​T​​I​​G​​P​​D​​M​​F​​L​​G​​T​441  ​C​​R​​R​​C​​P​​A​​E​​I​​V​​D​451  ​T​​V​​S​​A​​L​​V​​Y​​D​​N​​K​461  ​L​​K​​A​​H​​K​​D​​K​​S​​A​​Q​471  ​C​​F​​K​​M​​F​​Y​​K​​G​​V​​I​481  ​T​​H​​D​​V​​S​​S​​A​​I​​N​​R​491  ​P​​Q​​I​​G​​V​​V​​R​​E​​F​​L​501  ​T​​R​​N​​P​​A​​W​​R​​K​​A​​V​511  ​F​​I​​S​​P​​Y​​N​​S​​Q​​N​​A​521  ​V​​A​​S​​K​​I​​L​​G​​L​​P​​T​531  ​Q​​T​​V​​D​​S​​S​​Q​​G​​S​​E​541  ​Y​​D​​Y​​V​​I​​F​​T​​Q​​T​​T​551  ​E​​T​​A​​H​​S​​C​​N​​V​​N​​R​561  ​F​​N​​V​​A​​I​​T​​R​​A​​K​​V​571  ​G​​I​​L​​C​​I​​M​​S​​D​​R​​D​581  ​L​​Y​​D​​K​​L​​Q​​F​​T​​S​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.23 .. 0.34
-0.23
0.34
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
1
ALA
0.12
2
2
VAL
0.11
3
3
GLY
0.12
4
4
ALA
0.12
5
5
CYS
0.09
6
6
VAL
0.07
7
7
LEU
0.09
8
8
CYS
0.07
9
9
ASN
0.07
10
10
SER
0.10
11
11
GLN
0.08
12
12
THR
0.06
13
13
SER
0.03
14
14
LEU
-0.02
15
15
ARG
-0.03
16
16
CYS
-0.02
17
17
GLY
0.00
18
18
ALA
0.02
19
19
CYS
-0.01
20
20
ILE
-0.01
21
21
ARG
-0.01
22
22
ARG
-0.05
23
23
PRO
-0.03
24
24
PHE
-0.03
25
25
LEU
-0.02
26
26
CYS
-0.05
27
27
CYS
-0.03
28
28
LYS
-0.02
29
29
CYS
-0.07
30
30
CYS
-0.07
31
31
TYR
-0.05
32
32
ASP
-0.08
Sequence of
1    ​A​​V​​G​​A​​C​​V​​L​​C​​N​​S​11   ​Q​​T​​S​​L​​R​​C​​G​​A​​C​​I​21   ​R​​R​​P​​F​​L​​C​​C​​K​​C​​C​31   ​Y​​D​​H​​V​​I​​S​​T​​S​​H​​K​41   ​L​​V​​L​​S​​V​​N​​P​​Y​​V​​C​51   ​N​​A​​P​​G​​C​​D​​V​​T​​D​​V​61   ​T​​Q​​L​​Y​​L​​G​​G​​M​​S​​Y​71   ​Y​​C​​K​​S​​H​​K​​P​​P​​I​​S​81   ​F​​P​​L​​C​​A​​N​​G​​Q​​V​​F​91   ​G​​L​​Y​​K​​N​​T​​C​​V​​G​​S​101  ​D​​N​​V​​T​​D​​F​​N​​A​​I​​A​111  ​T​​C​​D​​W​​T​​N​​A​​G​​D​​Y​121  ​I​​L​​A​​N​​T​​C​​T​​E​​R​​L​131  ​K​​L​​F​​A​​A​​E​​T​​L​​K​​A​141  ​T​​E​​E​​T​​F​​K​​L​​S​​Y​​G​151  ​I​​A​​T​​V​​R​​E​​V​​L​​S​​D​161  ​R​​E​​L​​H​​L​​S​​W​​E​​V​​G​171  ​K​​P​​R​​P​​P​​L​​N​​R​​N​​Y​181  ​V​​F​​T​​G​​Y​​R​​V​​T​​K​​N​191  ​S​​K​​V​​Q​​I​​G​​E​​Y​​T​​F​201  ​E​​K​​G​​D​​Y​​G​​D​​A​​V​​V​211  ​Y​​R​​G​​T​​T​​T​​Y​​K​​L​​N​221  ​V​​G​​D​​Y​​F​​V​​L​​T​​S​​H​231  ​T​​V​​M​​P​​L​​S​​A​​P​​T​​L​241  ​V​​P​​Q​​E​​H​​Y​​V​​R​​I​​T​251  ​G​​L​​Y​​P​​T​​L​​N​​I​​S​​D​261  ​E​​F​​S​​S​​N​​V​​A​​N​​Y​​Q​271  ​K​​V​​G​​M​​Q​​K​​Y​​S​​T​​L​281  ​Q​​G​​P​​P​​G​​T​​G​​K​​S​​H​291  ​F​​A​​I​​G​​L​​A​​L​​Y​​Y​​P​301  ​S​​A​​R​​I​​V​​Y​​T​​A​​C​​S​311  ​H​​A​​A​​V​​D​​A​​L​​C​​E​​K​321  ​A​​L​​K​​Y​​L​​P​​I​​D​​K​​C​331  ​S​​R​​I​​I​​P​​A​​R​​A​​R​​V​341  ​E​​C​​F​​D​​K​​F​​K​​V​​N​​S​351  ​T​​L​​E​​Q​​Y​​V​​F​​C​​T​​V​361  ​N​​A​​L​​P​​E​​T​​T​​A​​D​​I​371  ​V​​V​​F​​D​​E​​I​​S​​M​​A​​T​381  ​N​​Y​​D​​L​​S​​V​​V​​N​​A​​R​391  ​L​​R​​A​​K​​H​​Y​​V​​Y​​I​​G​401  ​D​​P​​A​​Q​​L​​P​​A​​P​​R​​T​411  ​L​​L​​T​​K​​G​​T​​L​​E​​P​​E​421  ​Y​​F​​N​​S​​V​​C​​R​​L​​M​​K​431  ​T​​I​​G​​P​​D​​M​​F​​L​​G​​T​441  ​C​​R​​R​​C​​P​​A​​E​​I​​V​​D​451  ​T​​V​​S​​A​​L​​V​​Y​​D​​N​​K​461  ​L​​K​​A​​H​​K​​D​​K​​S​​A​​Q​471  ​C​​F​​K​​M​​F​​Y​​K​​G​​V​​I​481  ​T​​H​​D​​V​​S​​S​​A​​I​​N​​R​491  ​P​​Q​​I​​G​​V​​V​​R​​E​​F​​L​501  ​T​​R​​N​​P​​A​​W​​R​​K​​A​​V​511  ​F​​I​​S​​P​​Y​​N​​S​​Q​​N​​A​521  ​V​​A​​S​​K​​I​​L​​G​​L​​P​​T​531  ​Q​​T​​V​​D​​S​​S​​Q​​G​​S​​E​541  ​Y​​D​​Y​​V​​I​​F​​T​​Q​​T​​T​551  ​E​​T​​A​​H​​S​​C​​N​​V​​N​​R​561  ​F​​N​​V​​A​​I​​T​​R​​A​​K​​V​571  ​G​​I​​L​​C​​I​​M​​S​​D​​R​​D​581  ​L​​Y​​D​​K​​L​​Q​​F​​T​​S​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.40 .. 0.39
-0.40
0.39
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
1
ALA
0.35
2
2
VAL
0.34
3
3
GLY
0.35
4
4
ALA
0.34
5
5
CYS
0.34
6
6
VAL
0.33
7
7
LEU
0.30
8
8
CYS
0.27
9
9
ASN
0.28
10
10
SER
0.25
11
11
GLN
0.24
12
12
THR
0.22
13
13
SER
0.19
14
14
LEU
0.13
15
15
ARG
0.13
16
16
CYS
0.12
17
17
GLY
0.15
18
18
ALA
0.15
19
19
CYS
0.16
20
20
ILE
0.12
21
21
ARG
0.10
22
22
ARG
0.09
23
23
PRO
0.11
24
24
PHE
0.12
25
25
LEU
0.13
26
26
CYS
0.15
27
27
CYS
0.16
28
28
LYS
0.14
29
29
CYS
0.08
30
30
CYS
0.09
31
31
TYR
0.09
32
32
ASP
0.10
Sequence of
1    ​A​​V​​G​​A​​C​​V​​L​​C​​N​​S​11   ​Q​​T​​S​​L​​R​​C​​G​​A​​C​​I​21   ​R​​R​​P​​F​​L​​C​​C​​K​​C​​C​31   ​Y​​D​​H​​V​​I​​S​​T​​S​​H​​K​41   ​L​​V​​L​​S​​V​​N​​P​​Y​​V​​C​51   ​N​​A​​P​​G​​C​​D​​V​​T​​D​​V​61   ​T​​Q​​L​​Y​​L​​G​​G​​M​​S​​Y​71   ​Y​​C​​K​​S​​H​​K​​P​​P​​I​​S​81   ​F​​P​​L​​C​​A​​N​​G​​Q​​V​​F​91   ​G​​L​​Y​​K​​N​​T​​C​​V​​G​​S​101  ​D​​N​​V​​T​​D​​F​​N​​A​​I​​A​111  ​T​​C​​D​​W​​T​​N​​A​​G​​D​​Y​121  ​I​​L​​A​​N​​T​​C​​T​​E​​R​​L​131  ​K​​L​​F​​A​​A​​E​​T​​L​​K​​A​141  ​T​​E​​E​​T​​F​​K​​L​​S​​Y​​G​151  ​I​​A​​T​​V​​R​​E​​V​​L​​S​​D​161  ​R​​E​​L​​H​​L​​S​​W​​E​​V​​G​171  ​K​​P​​R​​P​​P​​L​​N​​R​​N​​Y​181  ​V​​F​​T​​G​​Y​​R​​V​​T​​K​​N​191  ​S​​K​​V​​Q​​I​​G​​E​​Y​​T​​F​201  ​E​​K​​G​​D​​Y​​G​​D​​A​​V​​V​211  ​Y​​R​​G​​T​​T​​T​​Y​​K​​L​​N​221  ​V​​G​​D​​Y​​F​​V​​L​​T​​S​​H​231  ​T​​V​​M​​P​​L​​S​​A​​P​​T​​L​241  ​V​​P​​Q​​E​​H​​Y​​V​​R​​I​​T​251  ​G​​L​​Y​​P​​T​​L​​N​​I​​S​​D​261  ​E​​F​​S​​S​​N​​V​​A​​N​​Y​​Q​271  ​K​​V​​G​​M​​Q​​K​​Y​​S​​T​​L​281  ​Q​​G​​P​​P​​G​​T​​G​​K​​S​​H​291  ​F​​A​​I​​G​​L​​A​​L​​Y​​Y​​P​301  ​S​​A​​R​​I​​V​​Y​​T​​A​​C​​S​311  ​H​​A​​A​​V​​D​​A​​L​​C​​E​​K​321  ​A​​L​​K​​Y​​L​​P​​I​​D​​K​​C​331  ​S​​R​​I​​I​​P​​A​​R​​A​​R​​V​341  ​E​​C​​F​​D​​K​​F​​K​​V​​N​​S​351  ​T​​L​​E​​Q​​Y​​V​​F​​C​​T​​V​361  ​N​​A​​L​​P​​E​​T​​T​​A​​D​​I​371  ​V​​V​​F​​D​​E​​I​​S​​M​​A​​T​381  ​N​​Y​​D​​L​​S​​V​​V​​N​​A​​R​391  ​L​​R​​A​​K​​H​​Y​​V​​Y​​I​​G​401  ​D​​P​​A​​Q​​L​​P​​A​​P​​R​​T​411  ​L​​L​​T​​K​​G​​T​​L​​E​​P​​E​421  ​Y​​F​​N​​S​​V​​C​​R​​L​​M​​K​431  ​T​​I​​G​​P​​D​​M​​F​​L​​G​​T​441  ​C​​R​​R​​C​​P​​A​​E​​I​​V​​D​451  ​T​​V​​S​​A​​L​​V​​Y​​D​​N​​K​461  ​L​​K​​A​​H​​K​​D​​K​​S​​A​​Q​471  ​C​​F​​K​​M​​F​​Y​​K​​G​​V​​I​481  ​T​​H​​D​​V​​S​​S​​A​​I​​N​​R​491  ​P​​Q​​I​​G​​V​​V​​R​​E​​F​​L​501  ​T​​R​​N​​P​​A​​W​​R​​K​​A​​V​511  ​F​​I​​S​​P​​Y​​N​​S​​Q​​N​​A​521  ​V​​A​​S​​K​​I​​L​​G​​L​​P​​T​531  ​Q​​T​​V​​D​​S​​S​​Q​​G​​S​​E​541  ​Y​​D​​Y​​V​​I​​F​​T​​Q​​T​​T​551  ​E​​T​​A​​H​​S​​C​​N​​V​​N​​R​561  ​F​​N​​V​​A​​I​​T​​R​​A​​K​​V​571  ​G​​I​​L​​C​​I​​M​​S​​D​​R​​D​581  ​L​​Y​​D​​K​​L​​Q​​F​​T​​S​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.30 .. 0.41
-0.30
0.41
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
1
ALA
-0.20
2
2
VAL
-0.16
3
3
GLY
-0.14
4
4
ALA
-0.12
5
5
CYS
-0.12
6
6
VAL
-0.14
7
7
LEU
-0.16
8
8
CYS
-0.18
9
9
ASN
-0.20
10
10
SER
-0.25
11
11
GLN
-0.27
12
12
THR
-0.27
13
13
SER
-0.28
14
14
LEU
-0.29
15
15
ARG
-0.28
16
16
CYS
-0.24
17
17
GLY
-0.20
18
18
ALA
-0.21
19
19
CYS
-0.21
20
20
ILE
-0.23
21
21
ARG
-0.25
22
22
ARG
-0.27
23
23
PRO
-0.30
24
24
PHE
-0.29
25
25
LEU
-0.27
26
26
CYS
-0.26
27
27
CYS
-0.24
28
28
LYS
-0.21
29
29
CYS
-0.14
30
30
CYS
-0.12
31
31
TYR
-0.13
32
32
ASP
-0.15
Converting to mmCIF
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.48 .. 0.82
-0.48
0.82
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
1
ALA
0.27
2
2
VAL
0.29
3
3
GLY
0.33
4
4
ALA
0.35
5
5
CYS
0.31
6
6
VAL
0.26
7
7
LEU
0.22
8
8
CYS
0.16
9
9
ASN
0.15
10
10
SER
0.10
11
11
GLN
0.06
12
12
THR
0.00
13
13
SER
-0.07
14
14
LEU
-0.17
15
15
ARG
-0.18
16
16
CYS
-0.14
17
17
GLY
-0.05
18
18
ALA
-0.04
19
19
CYS
-0.05
20
20
ILE
-0.12
21
21
ARG
-0.16
22
22
ARG
-0.22
23
23
PRO
-0.22
24
24
PHE
-0.19
25
25
LEU
-0.17
26
26
CYS
-0.16
27
27
CYS
-0.10
28
28
LYS
-0.09
29
29
CYS
-0.13
30
30
CYS
-0.10
31
31
TYR
-0.09
32
32
ASP
-0.13