27556 8DN8 D v1-1
27556_8dn8_D_v1-1
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RCSB PDB: 8DN8
EMDB: 27556
Structure title CryoEM structure of the A. aeolicus WzmWzt transporter bound to 3-O-methyl-D-mannose
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.7 Å
Source organism Aquifex aeolicus VF5
3D View
Download PDB file DAQ[AA]
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Sequence of
2    ​N​​L​​S​​L​​I​​L​​E​​L​​V​​R​12   ​Q​​E​​I​​K​​N​​R​​Y​​A​​D​​T​22   ​V​​L​​G​​I​​W​​W​​A​​F​​L​​W​32   ​P​​I​​L​​L​​V​​L​​I​​Y​​T​​L​42   ​I​​F​​S​​H​​L​​I​​G​​A​​K​​L​52   ​G​​H​​E​​N​​T​​V​​Y​​A​​Y​​S​62   ​I​​Y​​L​​S​​S​​G​​I​​F​​P​​W​72   ​F​​F​​F​​S​​N​​S​​L​​S​​R​​I​82   ​T​​G​​I​​F​​T​​E​​K​​K​​F​​L​92   ​F​​T​​K​​I​​P​​I​​R​​L​​E​​V​102  ​F​​P​​V​​V​​V​​I​​I​​S​​E​​L​112  ​I​​N​​Y​​L​​I​​G​​I​​S​​L​​V​122  ​T​​L​​I​​S​​F​​I​​T​​L​​G​​F​132  ​E​​G​​I​​K​​Y​​F​​Y​​L​​F​​P​142  ​V​​A​​L​​Y​​L​​M​​I​​V​​Y​​S​152  ​F​​S​​I​​G​​M​​V​​L​​G​​T​​L​162  ​N​​V​​F​​F​​R​​D​​I​​K​​E​​I​172  ​I​​G​​V​​F​​L​​Q​​I​​F​​F​​W​182  ​F​​T​​P​​I​​V​​Y​​T​​L​​D​​I​192  ​L​​P​​P​​F​​V​​K​​K​​L​​I​​Y​202  ​Y​​N​​P​​M​​Y​​P​​V​​V​​S​​I​212  ​H​​H​​L​​V​​F​​V​​N​​Y​​L​​D​222  ​L​​H​​L​​Y​​S​​L​​L​​G​​F​​L​232  ​L​​A​​S​​P​​L​​V​​F​​F​​V​​S​242  ​Y​​Y​​F​​F​​K​​K​​L​​E​​K​​D​252  ​I​​K​​D​​F​​A​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.26 .. 1.15
0.26
1.15
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
2
ASN
0.91
2
3
LEU
0.89
3
4
SER
0.94
4
5
LEU
0.97
5
6
ILE
1.03
6
7
LEU
0.98
7
8
GLU
0.93
8
9
LEU
0.91
9
10
VAL
0.85
10
11
ARG
0.87
11
12
GLN
0.86
12
13
GLU
0.83
13
14
ILE
0.74
14
15
LYS
0.81
15
16
ASN
0.79
16
17
ARG
0.82
17
18
TYR
0.78
18
19
ALA
0.60
19
20
ASP
0.55
20
21
THR
0.43
21
22
VAL
0.52
22
23
LEU
0.43
23
24
GLY
0.35
24
25
ILE
0.26
25
26
TRP
0.33
26
27
TRP
0.40
27
28
ALA
0.39
28
29
PHE
0.47
29
30
LEU
0.47
30
31
TRP
0.53
31
32
PRO
0.58
32
33
ILE
0.67
3D View
Download PDB file DAQ[Cα]
Render Map
Sequence of
2    ​N​​L​​S​​L​​I​​L​​E​​L​​V​​R​12   ​Q​​E​​I​​K​​N​​R​​Y​​A​​D​​T​22   ​V​​L​​G​​I​​W​​W​​A​​F​​L​​W​32   ​P​​I​​L​​L​​V​​L​​I​​Y​​T​​L​42   ​I​​F​​S​​H​​L​​I​​G​​A​​K​​L​52   ​G​​H​​E​​N​​T​​V​​Y​​A​​Y​​S​62   ​I​​Y​​L​​S​​S​​G​​I​​F​​P​​W​72   ​F​​F​​F​​S​​N​​S​​L​​S​​R​​I​82   ​T​​G​​I​​F​​T​​E​​K​​K​​F​​L​92   ​F​​T​​K​​I​​P​​I​​R​​L​​E​​V​102  ​F​​P​​V​​V​​V​​I​​I​​S​​E​​L​112  ​I​​N​​Y​​L​​I​​G​​I​​S​​L​​V​122  ​T​​L​​I​​S​​F​​I​​T​​L​​G​​F​132  ​E​​G​​I​​K​​Y​​F​​Y​​L​​F​​P​142  ​V​​A​​L​​Y​​L​​M​​I​​V​​Y​​S​152  ​F​​S​​I​​G​​M​​V​​L​​G​​T​​L​162  ​N​​V​​F​​F​​R​​D​​I​​K​​E​​I​172  ​I​​G​​V​​F​​L​​Q​​I​​F​​F​​W​182  ​F​​T​​P​​I​​V​​Y​​T​​L​​D​​I​192  ​L​​P​​P​​F​​V​​K​​K​​L​​I​​Y​202  ​Y​​N​​P​​M​​Y​​P​​V​​V​​S​​I​212  ​H​​H​​L​​V​​F​​V​​N​​Y​​L​​D​222  ​L​​H​​L​​Y​​S​​L​​L​​G​​F​​L​232  ​L​​A​​S​​P​​L​​V​​F​​F​​V​​S​242  ​Y​​Y​​F​​F​​K​​K​​L​​E​​K​​D​252  ​I​​K​​D​​F​​A​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.17 .. 1.33
0.17
1.33
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
2
ASN
0.99
2
3
LEU
0.86
3
4
SER
0.92
4
5
LEU
0.99
5
6
ILE
1.02
6
7
LEU
0.95
7
8
GLU
0.95
8
9
LEU
0.96
9
10
VAL
0.90
10
11
ARG
0.88
11
12
GLN
0.89
12
13
GLU
0.92
13
14
ILE
0.89
14
15
LYS
0.94
15
16
ASN
0.95
16
17
ARG
0.89
17
18
TYR
0.91
18
19
ALA
0.84
19
20
ASP
0.78
20
21
THR
0.77
21
22
VAL
0.83
22
23
LEU
0.77
23
24
GLY
0.70
24
25
ILE
0.64
25
26
TRP
0.72
26
27
TRP
0.76
27
28
ALA
0.77
28
29
PHE
0.80
29
30
LEU
0.85
30
31
TRP
0.84
31
32
PRO
0.84
32
33
ILE
0.91
3D View
Download PDB file DAQ[SS]
Download Secondary Structure Prediction file
Render Map
Converting to mmCIF
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.19 .. 0.36
-0.19
0.36
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
2
ASN
0.28
2
3
LEU
0.29
3
4
SER
0.30
4
5
LEU
0.30
5
6
ILE
0.29
6
7
LEU
0.28
7
8
GLU
0.26
8
9
LEU
0.25
9
10
VAL
0.23
10
11
ARG
0.23
11
12
GLN
0.23
12
13
GLU
0.23
13
14
ILE
0.17
14
15
LYS
0.16
15
16
ASN
0.16
16
17
ARG
0.15
17
18
TYR
0.07
18
19
ALA
0.04
19
20
ASP
0.02
20
21
THR
0.00
21
22
VAL
-0.01
22
23
LEU
-0.01
23
24
GLY
-0.01
24
25
ILE
0.00
25
26
TRP
0.02
26
27
TRP
0.03
27
28
ALA
0.05
28
29
PHE
0.07
29
30
LEU
0.08
30
31
TRP
0.08
31
32
PRO
0.09
32
33
ILE
0.16
3D View
Download PDB file DAQ[Total]
Render Map
Sequence of
2    ​N​​L​​S​​L​​I​​L​​E​​L​​V​​R​12   ​Q​​E​​I​​K​​N​​R​​Y​​A​​D​​T​22   ​V​​L​​G​​I​​W​​W​​A​​F​​L​​W​32   ​P​​I​​L​​L​​V​​L​​I​​Y​​T​​L​42   ​I​​F​​S​​H​​L​​I​​G​​A​​K​​L​52   ​G​​H​​E​​N​​T​​V​​Y​​A​​Y​​S​62   ​I​​Y​​L​​S​​S​​G​​I​​F​​P​​W​72   ​F​​F​​F​​S​​N​​S​​L​​S​​R​​I​82   ​T​​G​​I​​F​​T​​E​​K​​K​​F​​L​92   ​F​​T​​K​​I​​P​​I​​R​​L​​E​​V​102  ​F​​P​​V​​V​​V​​I​​I​​S​​E​​L​112  ​I​​N​​Y​​L​​I​​G​​I​​S​​L​​V​122  ​T​​L​​I​​S​​F​​I​​T​​L​​G​​F​132  ​E​​G​​I​​K​​Y​​F​​Y​​L​​F​​P​142  ​V​​A​​L​​Y​​L​​M​​I​​V​​Y​​S​152  ​F​​S​​I​​G​​M​​V​​L​​G​​T​​L​162  ​N​​V​​F​​F​​R​​D​​I​​K​​E​​I​172  ​I​​G​​V​​F​​L​​Q​​I​​F​​F​​W​182  ​F​​T​​P​​I​​V​​Y​​T​​L​​D​​I​192  ​L​​P​​P​​F​​V​​K​​K​​L​​I​​Y​202  ​Y​​N​​P​​M​​Y​​P​​V​​V​​S​​I​212  ​H​​H​​L​​V​​F​​V​​N​​Y​​L​​D​222  ​L​​H​​L​​Y​​S​​L​​L​​G​​F​​L​232  ​L​​A​​S​​P​​L​​V​​F​​F​​V​​S​242  ​Y​​Y​​F​​F​​K​​K​​L​​E​​K​​D​252  ​I​​K​​D​​F​​A​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.58 .. 2.64
0.58
2.64
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
2
ASN
2.19
2
3
LEU
2.05
3
4
SER
2.16
4
5
LEU
2.26
5
6
ILE
2.35
6
7
LEU
2.21
7
8
GLU
2.14
8
9
LEU
2.12
9
10
VAL
1.99
10
11
ARG
1.98
11
12
GLN
1.98
12
13
GLU
1.99
13
14
ILE
1.80
14
15
LYS
1.91
15
16
ASN
1.89
16
17
ARG
1.86
17
18
TYR
1.76
18
19
ALA
1.48
19
20
ASP
1.35
20
21
THR
1.20
21
22
VAL
1.34
22
23
LEU
1.19
23
24
GLY
1.04
24
25
ILE
0.90
25
26
TRP
1.07
26
27
TRP
1.20
27
28
ALA
1.21
28
29
PHE
1.35
29
30
LEU
1.41
30
31
TRP
1.45
31
32
PRO
1.52
32
33
ILE
1.75