30599 7D72 A v1-1
30599_7d72_A_v1-1
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RCSB PDB: 7D72
EMDB: 30599
Structure title Cryo-EM structures of human GMPPA/GMPPB complex bound to GDP-Mannose
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.4 Å
Source organism Homo sapiens
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Download PDB file DAQ[AA]
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Sequence of
1    ​M​​L​​K​​A​​V​​I​​L​​I​​G​​G​11   ​P​​Q​​K​​G​​T​​R​​F​​R​​P​​L​21   ​S​​F​​E​​V​​P​​K​​P​​L​​F​​P​31   ​V​​A​​G​​V​​P​​M​​I​​Q​​H​​H​41   ​I​​E​​A​​C​​A​​Q​​V​​P​​G​​M​51   ​Q​​E​​I​​L​​L​​I​​G​​F​​Y​​Q​61   ​P​​D​​E​​P​​L​​T​​Q​​F​​L​​E​71   ​A​​A​​Q​​Q​​E​​F​​N​​L​​P​​V​81   ​R​​Y​​L​​Q​​E​​F​​A​​P​​L​​G​91   ​T​​G​​G​​G​​L​​Y​​H​​F​​R​​D​101  ​Q​​I​​L​​A​​G​​S​​P​​E​​A​​F​111  ​F​​V​​L​​N​​A​​D​​V​​C​​S​​D​121  ​F​​P​​L​​S​​A​​M​​L​​E​​A​​H​131  ​R​​R​​Q​​R​​H​​P​​F​​L​​L​​L​141  ​G​​T​​T​​A​​N​​R​​T​​Q​​S​​L​151  ​N​​Y​​G​​C​​I​​V​​E​​N​​P​​Q​161  ​T​​H​​E​​V​​L​​H​​Y​​V​​E​​K​171  ​P​​S​​T​​F​​I​​S​​D​​I​​I​​N​181  ​C​​G​​I​​Y​​L​​F​​S​​P​​E​​A​191  ​L​​K​​P​​L​​R​​D​​V​​F​​Q​​R​201  ​N​​Q​​Q​​A​​G​​T​​I​​R​​L​​E​224  ​Q​​D​​V​​F​​S​​A​​L​​A​​G​​Q​234  ​G​​Q​​I​​Y​​V​​H​​L​​T​​D​​G​244  ​I​​W​​S​​Q​​I​​K​​S​​A​​G​​S​254  ​A​​L​​Y​​A​​S​​R​​L​​Y​​L​​S​264  ​R​​Y​​Q​​D​​T​​H​​P​​E​​R​​L​274  ​A​​K​​H​​T​​P​​G​​G​​P​​W​​I​284  ​R​​G​​N​​V​​Y​​I​​H​​P​​T​​A​294  ​K​​V​​A​​P​​S​​A​​V​​L​​G​​P​304  ​N​​V​​S​​I​​G​​K​​G​​V​​T​​V​314  ​G​​E​​G​​V​​R​​L​​R​​E​​S​​I​324  ​V​​L​​H​​G​​A​​T​​L​​Q​​E​​H​334  ​T​​C​​V​​L​​H​​S​​I​​V​​G​​W​344  ​G​​S​​T​​V​​G​​R​​W​​A​​R​​V​354  ​E​​G​​T​​P​​S​​D​​P​​N​​P​​N​364  ​D​​P​​R​​A​​R​​M​​D​​S​​E​​S​374  ​L​​F​​K​​D​​G​​K​​L​​L​​P​​A​384  ​I​​T​​I​​L​​G​​C​​R​​V​​R​​I​394  ​P​​A​​E​​V​​L​​I​​L​​N​​S​​I​404  ​V​​L​​P​​H​​K​​E​​L​​S​​R​​S​414  ​F​​T​​N​​Q​​I​​I​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.36 .. 1.59
0.36
1.59
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
1
MET
1.36
2
2
LEU
1.42
3
3
LYS
1.37
4
4
ALA
1.27
5
5
VAL
1.17
6
6
ILE
1.11
7
7
LEU
1.04
8
8
ILE
0.97
9
9
GLY
0.89
10
10
GLY
0.93
11
11
PRO
1.03
12
12
GLN
1.05
13
13
LYS
1.05
14
14
GLY
0.94
15
15
THR
0.85
16
16
ARG
0.81
17
17
PHE
0.82
18
18
ARG
0.78
19
19
PRO
0.65
20
20
LEU
0.63
21
21
SER
0.61
22
22
PHE
0.54
23
23
GLU
0.49
24
24
VAL
0.52
25
25
PRO
0.51
26
26
LYS
0.53
27
27
PRO
0.61
28
28
LEU
0.72
29
29
PHE
0.65
30
30
PRO
0.69
31
31
VAL
0.68
32
32
ALA
0.72
3D View
Download PDB file DAQ[Cα]
Render Map
Sequence of
1    ​M​​L​​K​​A​​V​​I​​L​​I​​G​​G​11   ​P​​Q​​K​​G​​T​​R​​F​​R​​P​​L​21   ​S​​F​​E​​V​​P​​K​​P​​L​​F​​P​31   ​V​​A​​G​​V​​P​​M​​I​​Q​​H​​H​41   ​I​​E​​A​​C​​A​​Q​​V​​P​​G​​M​51   ​Q​​E​​I​​L​​L​​I​​G​​F​​Y​​Q​61   ​P​​D​​E​​P​​L​​T​​Q​​F​​L​​E​71   ​A​​A​​Q​​Q​​E​​F​​N​​L​​P​​V​81   ​R​​Y​​L​​Q​​E​​F​​A​​P​​L​​G​91   ​T​​G​​G​​G​​L​​Y​​H​​F​​R​​D​101  ​Q​​I​​L​​A​​G​​S​​P​​E​​A​​F​111  ​F​​V​​L​​N​​A​​D​​V​​C​​S​​D​121  ​F​​P​​L​​S​​A​​M​​L​​E​​A​​H​131  ​R​​R​​Q​​R​​H​​P​​F​​L​​L​​L​141  ​G​​T​​T​​A​​N​​R​​T​​Q​​S​​L​151  ​N​​Y​​G​​C​​I​​V​​E​​N​​P​​Q​161  ​T​​H​​E​​V​​L​​H​​Y​​V​​E​​K​171  ​P​​S​​T​​F​​I​​S​​D​​I​​I​​N​181  ​C​​G​​I​​Y​​L​​F​​S​​P​​E​​A​191  ​L​​K​​P​​L​​R​​D​​V​​F​​Q​​R​201  ​N​​Q​​Q​​A​​G​​T​​I​​R​​L​​E​224  ​Q​​D​​V​​F​​S​​A​​L​​A​​G​​Q​234  ​G​​Q​​I​​Y​​V​​H​​L​​T​​D​​G​244  ​I​​W​​S​​Q​​I​​K​​S​​A​​G​​S​254  ​A​​L​​Y​​A​​S​​R​​L​​Y​​L​​S​264  ​R​​Y​​Q​​D​​T​​H​​P​​E​​R​​L​274  ​A​​K​​H​​T​​P​​G​​G​​P​​W​​I​284  ​R​​G​​N​​V​​Y​​I​​H​​P​​T​​A​294  ​K​​V​​A​​P​​S​​A​​V​​L​​G​​P​304  ​N​​V​​S​​I​​G​​K​​G​​V​​T​​V​314  ​G​​E​​G​​V​​R​​L​​R​​E​​S​​I​324  ​V​​L​​H​​G​​A​​T​​L​​Q​​E​​H​334  ​T​​C​​V​​L​​H​​S​​I​​V​​G​​W​344  ​G​​S​​T​​V​​G​​R​​W​​A​​R​​V​354  ​E​​G​​T​​P​​S​​D​​P​​N​​P​​N​364  ​D​​P​​R​​A​​R​​M​​D​​S​​E​​S​374  ​L​​F​​K​​D​​G​​K​​L​​L​​P​​A​384  ​I​​T​​I​​L​​G​​C​​R​​V​​R​​I​394  ​P​​A​​E​​V​​L​​I​​L​​N​​S​​I​404  ​V​​L​​P​​H​​K​​E​​L​​S​​R​​S​414  ​F​​T​​N​​Q​​I​​I​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.08 .. 1.40
0.08
1.40
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
1
MET
1.03
2
2
LEU
1.04
3
3
LYS
0.98
4
4
ALA
0.86
5
5
VAL
0.71
6
6
ILE
0.58
7
7
LEU
0.54
8
8
ILE
0.57
9
9
GLY
0.50
10
10
GLY
0.52
11
11
PRO
0.47
12
12
GLN
0.44
13
13
LYS
0.33
14
14
GLY
0.30
15
15
THR
0.26
16
16
ARG
0.25
17
17
PHE
0.34
18
18
ARG
0.19
19
19
PRO
0.25
20
20
LEU
0.27
21
21
SER
0.25
22
22
PHE
0.31
23
23
GLU
0.42
24
24
VAL
0.51
25
25
PRO
0.64
26
26
LYS
0.71
27
27
PRO
0.70
28
28
LEU
0.82
29
29
PHE
0.65
30
30
PRO
0.70
31
31
VAL
0.62
32
32
ALA
0.74
3D View
Download PDB file DAQ[SS]
Download Secondary Structure Prediction file
Render Map
Sequence of
1    ​M​​L​​K​​A​​V​​I​​L​​I​​G​​G​11   ​P​​Q​​K​​G​​T​​R​​F​​R​​P​​L​21   ​S​​F​​E​​V​​P​​K​​P​​L​​F​​P​31   ​V​​A​​G​​V​​P​​M​​I​​Q​​H​​H​41   ​I​​E​​A​​C​​A​​Q​​V​​P​​G​​M​51   ​Q​​E​​I​​L​​L​​I​​G​​F​​Y​​Q​61   ​P​​D​​E​​P​​L​​T​​Q​​F​​L​​E​71   ​A​​A​​Q​​Q​​E​​F​​N​​L​​P​​V​81   ​R​​Y​​L​​Q​​E​​F​​A​​P​​L​​G​91   ​T​​G​​G​​G​​L​​Y​​H​​F​​R​​D​101  ​Q​​I​​L​​A​​G​​S​​P​​E​​A​​F​111  ​F​​V​​L​​N​​A​​D​​V​​C​​S​​D​121  ​F​​P​​L​​S​​A​​M​​L​​E​​A​​H​131  ​R​​R​​Q​​R​​H​​P​​F​​L​​L​​L​141  ​G​​T​​T​​A​​N​​R​​T​​Q​​S​​L​151  ​N​​Y​​G​​C​​I​​V​​E​​N​​P​​Q​161  ​T​​H​​E​​V​​L​​H​​Y​​V​​E​​K​171  ​P​​S​​T​​F​​I​​S​​D​​I​​I​​N​181  ​C​​G​​I​​Y​​L​​F​​S​​P​​E​​A​191  ​L​​K​​P​​L​​R​​D​​V​​F​​Q​​R​201  ​N​​Q​​Q​​A​​G​​T​​I​​R​​L​​E​224  ​Q​​D​​V​​F​​S​​A​​L​​A​​G​​Q​234  ​G​​Q​​I​​Y​​V​​H​​L​​T​​D​​G​244  ​I​​W​​S​​Q​​I​​K​​S​​A​​G​​S​254  ​A​​L​​Y​​A​​S​​R​​L​​Y​​L​​S​264  ​R​​Y​​Q​​D​​T​​H​​P​​E​​R​​L​274  ​A​​K​​H​​T​​P​​G​​G​​P​​W​​I​284  ​R​​G​​N​​V​​Y​​I​​H​​P​​T​​A​294  ​K​​V​​A​​P​​S​​A​​V​​L​​G​​P​304  ​N​​V​​S​​I​​G​​K​​G​​V​​T​​V​314  ​G​​E​​G​​V​​R​​L​​R​​E​​S​​I​324  ​V​​L​​H​​G​​A​​T​​L​​Q​​E​​H​334  ​T​​C​​V​​L​​H​​S​​I​​V​​G​​W​344  ​G​​S​​T​​V​​G​​R​​W​​A​​R​​V​354  ​E​​G​​T​​P​​S​​D​​P​​N​​P​​N​364  ​D​​P​​R​​A​​R​​M​​D​​S​​E​​S​374  ​L​​F​​K​​D​​G​​K​​L​​L​​P​​A​384  ​I​​T​​I​​L​​G​​C​​R​​V​​R​​I​394  ​P​​A​​E​​V​​L​​I​​L​​N​​S​​I​404  ​V​​L​​P​​H​​K​​E​​L​​S​​R​​S​414  ​F​​T​​N​​Q​​I​​I​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.57 .. 1.09
-0.57
1.09
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
1
MET
0.58
2
2
LEU
0.45
3
3
LYS
0.34
4
4
ALA
0.31
5
5
VAL
0.31
6
6
ILE
0.28
7
7
LEU
0.28
8
8
ILE
0.25
9
9
GLY
0.26
10
10
GLY
0.26
11
11
PRO
0.25
12
12
GLN
0.24
13
13
LYS
0.21
14
14
GLY
0.19
15
15
THR
0.16
16
16
ARG
0.12
17
17
PHE
0.09
18
18
ARG
0.10
19
19
PRO
0.09
20
20
LEU
0.05
21
21
SER
0.11
22
22
PHE
0.16
23
23
GLU
0.19
24
24
VAL
0.21
25
25
PRO
0.16
26
26
LYS
0.11
27
27
PRO
0.15
28
28
LEU
0.20
29
29
PHE
0.26
30
30
PRO
0.33
31
31
VAL
0.40
32
32
ALA
0.47
3D View
Download PDB file DAQ[Total]
Render Map
Sequence of
1    ​M​​L​​K​​A​​V​​I​​L​​I​​G​​G​11   ​P​​Q​​K​​G​​T​​R​​F​​R​​P​​L​21   ​S​​F​​E​​V​​P​​K​​P​​L​​F​​P​31   ​V​​A​​G​​V​​P​​M​​I​​Q​​H​​H​41   ​I​​E​​A​​C​​A​​Q​​V​​P​​G​​M​51   ​Q​​E​​I​​L​​L​​I​​G​​F​​Y​​Q​61   ​P​​D​​E​​P​​L​​T​​Q​​F​​L​​E​71   ​A​​A​​Q​​Q​​E​​F​​N​​L​​P​​V​81   ​R​​Y​​L​​Q​​E​​F​​A​​P​​L​​G​91   ​T​​G​​G​​G​​L​​Y​​H​​F​​R​​D​101  ​Q​​I​​L​​A​​G​​S​​P​​E​​A​​F​111  ​F​​V​​L​​N​​A​​D​​V​​C​​S​​D​121  ​F​​P​​L​​S​​A​​M​​L​​E​​A​​H​131  ​R​​R​​Q​​R​​H​​P​​F​​L​​L​​L​141  ​G​​T​​T​​A​​N​​R​​T​​Q​​S​​L​151  ​N​​Y​​G​​C​​I​​V​​E​​N​​P​​Q​161  ​T​​H​​E​​V​​L​​H​​Y​​V​​E​​K​171  ​P​​S​​T​​F​​I​​S​​D​​I​​I​​N​181  ​C​​G​​I​​Y​​L​​F​​S​​P​​E​​A​191  ​L​​K​​P​​L​​R​​D​​V​​F​​Q​​R​201  ​N​​Q​​Q​​A​​G​​T​​I​​R​​L​​E​224  ​Q​​D​​V​​F​​S​​A​​L​​A​​G​​Q​234  ​G​​Q​​I​​Y​​V​​H​​L​​T​​D​​G​244  ​I​​W​​S​​Q​​I​​K​​S​​A​​G​​S​254  ​A​​L​​Y​​A​​S​​R​​L​​Y​​L​​S​264  ​R​​Y​​Q​​D​​T​​H​​P​​E​​R​​L​274  ​A​​K​​H​​T​​P​​G​​G​​P​​W​​I​284  ​R​​G​​N​​V​​Y​​I​​H​​P​​T​​A​294  ​K​​V​​A​​P​​S​​A​​V​​L​​G​​P​304  ​N​​V​​S​​I​​G​​K​​G​​V​​T​​V​314  ​G​​E​​G​​V​​R​​L​​R​​E​​S​​I​324  ​V​​L​​H​​G​​A​​T​​L​​Q​​E​​H​334  ​T​​C​​V​​L​​H​​S​​I​​V​​G​​W​344  ​G​​S​​T​​V​​G​​R​​W​​A​​R​​V​354  ​E​​G​​T​​P​​S​​D​​P​​N​​P​​N​364  ​D​​P​​R​​A​​R​​M​​D​​S​​E​​S​374  ​L​​F​​K​​D​​G​​K​​L​​L​​P​​A​384  ​I​​T​​I​​L​​G​​C​​R​​V​​R​​I​394  ​P​​A​​E​​V​​L​​I​​L​​N​​S​​I​404  ​V​​L​​P​​H​​K​​E​​L​​S​​R​​S​414  ​F​​T​​N​​Q​​I​​I​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.28 .. 3.73
0.28
3.73
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
1
MET
2.97
2
2
LEU
2.91
3
3
LYS
2.69
4
4
ALA
2.44
5
5
VAL
2.19
6
6
ILE
1.97
7
7
LEU
1.86
8
8
ILE
1.80
9
9
GLY
1.65
10
10
GLY
1.71
11
11
PRO
1.75
12
12
GLN
1.73
13
13
LYS
1.59
14
14
GLY
1.42
15
15
THR
1.26
16
16
ARG
1.18
17
17
PHE
1.25
18
18
ARG
1.06
19
19
PRO
0.98
20
20
LEU
0.95
21
21
SER
0.97
22
22
PHE
1.00
23
23
GLU
1.11
24
24
VAL
1.24
25
25
PRO
1.31
26
26
LYS
1.35
27
27
PRO
1.46
28
28
LEU
1.74
29
29
PHE
1.56
30
30
PRO
1.72
31
31
VAL
1.70
32
32
ALA
1.93