31074 7EH5 M v1-1
Structure title Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-D614G variant in complex with neutralizing antibodies, RBD-chAb15 and RBD-chAb45
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 4.0 Å
Source organism Homo sapiens

Sequence of
1    ​D​​I​​V​​M​​T​​Q​​S​​Q​​K​​F​11   ​M​​S​​T​​S​​V​​G​​D​​R​​V​​S​21   ​V​​T​​C​​K​​S​​S​​Q​​N​​V​​G​31   ​T​​N​​V​​A​​W​​Y​​Q​​Q​​K​​P​41   ​G​​Q​​S​​P​​K​​A​​L​​I​​Y​​S​51   ​A​​S​​Y​​R​​Y​​S​​G​​V​​P​​D​61   ​H​​F​​T​​G​​S​​G​​S​​G​​T​​D​71   ​F​​T​​L​​T​​I​​S​​N​​V​​Q​​S​81   ​A​​D​​L​​A​​E​​Y​​F​​C​​Q​​Q​91   ​Y​​N​​N​​Y​​P​​W​​T​​F​​G​​G​101  ​G​​T​​K​​L​​E​​I​​K​​R​​T​​V​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.29 .. 0.17
-0.29
0.17
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
1
ASP
0.01
2
2
ILE
-0.07
3
3
VAL
-0.11
4
4
MET
-0.10
5
5
THR
-0.14
6
6
GLN
-0.14
7
7
SER
-0.10
8
8
GLN
-0.06
9
9
LYS
-0.06
10
10
PHE
-0.07
11
11
MET
-0.12
12
12
SER
-0.10
13
13
THR
-0.06
14
14
SER
-0.03
15
15
VAL
-0.02
16
16
GLY
-0.01
17
17
ASP
0.02
18
18
ARG
0.04
19
19
VAL
0.03
20
20
SER
0.01
21
21
VAL
0.05
22
22
THR
0.08
23
23
CYS
0.09
24
24
LYS
0.12
25
25
SER
0.11
26
26
SER
0.03
27
27
GLN
0.02
28
28
ASN
0.02
29
29
VAL
0.03
30
30
GLY
0.06
31
31
THR
0.07
32
32
ASN
0.09
Sequence of
1    ​D​​I​​V​​M​​T​​Q​​S​​Q​​K​​F​11   ​M​​S​​T​​S​​V​​G​​D​​R​​V​​S​21   ​V​​T​​C​​K​​S​​S​​Q​​N​​V​​G​31   ​T​​N​​V​​A​​W​​Y​​Q​​Q​​K​​P​41   ​G​​Q​​S​​P​​K​​A​​L​​I​​Y​​S​51   ​A​​S​​Y​​R​​Y​​S​​G​​V​​P​​D​61   ​H​​F​​T​​G​​S​​G​​S​​G​​T​​D​71   ​F​​T​​L​​T​​I​​S​​N​​V​​Q​​S​81   ​A​​D​​L​​A​​E​​Y​​F​​C​​Q​​Q​91   ​Y​​N​​N​​Y​​P​​W​​T​​F​​G​​G​101  ​G​​T​​K​​L​​E​​I​​K​​R​​T​​V​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.13 .. 0.19
-0.13
0.19
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
1
ASP
0.09
2
2
ILE
0.08
3
3
VAL
0.04
4
4
MET
0.01
5
5
THR
-0.02
6
6
GLN
-0.03
7
7
SER
-0.02
8
8
GLN
-0.12
9
9
LYS
-0.10
10
10
PHE
-0.09
11
11
MET
-0.10
12
12
SER
-0.10
13
13
THR
-0.08
14
14
SER
-0.09
15
15
VAL
-0.09
16
16
GLY
-0.09
17
17
ASP
-0.07
18
18
ARG
-0.05
19
19
VAL
-0.06
20
20
SER
-0.06
21
21
VAL
-0.05
22
22
THR
-0.01
23
23
CYS
0.02
24
24
LYS
0.05
25
25
SER
0.06
26
26
SER
0.07
27
27
GLN
0.17
28
28
ASN
0.17
29
29
VAL
0.17
30
30
GLY
0.19
31
31
THR
0.17
32
32
ASN
0.16
Sequence of
1    ​D​​I​​V​​M​​T​​Q​​S​​Q​​K​​F​11   ​M​​S​​T​​S​​V​​G​​D​​R​​V​​S​21   ​V​​T​​C​​K​​S​​S​​Q​​N​​V​​G​31   ​T​​N​​V​​A​​W​​Y​​Q​​Q​​K​​P​41   ​G​​Q​​S​​P​​K​​A​​L​​I​​Y​​S​51   ​A​​S​​Y​​R​​Y​​S​​G​​V​​P​​D​61   ​H​​F​​T​​G​​S​​G​​S​​G​​T​​D​71   ​F​​T​​L​​T​​I​​S​​N​​V​​Q​​S​81   ​A​​D​​L​​A​​E​​Y​​F​​C​​Q​​Q​91   ​Y​​N​​N​​Y​​P​​W​​T​​F​​G​​G​101  ​G​​T​​K​​L​​E​​I​​K​​R​​T​​V​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.82 .. 0.53
-0.82
0.53
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
1
ASP
-0.37
2
2
ILE
-0.48
3
3
VAL
-0.58
4
4
MET
-0.65
5
5
THR
-0.61
6
6
GLN
-0.55
7
7
SER
-0.50
8
8
GLN
-0.49
9
9
LYS
-0.46
10
10
PHE
-0.45
11
11
MET
-0.52
12
12
SER
-0.48
13
13
THR
-0.38
14
14
SER
-0.39
15
15
VAL
-0.38
16
16
GLY
-0.38
17
17
ASP
-0.37
18
18
ARG
-0.35
19
19
VAL
-0.34
20
20
SER
-0.32
21
21
VAL
-0.23
22
22
THR
-0.14
23
23
CYS
-0.05
24
24
LYS
-0.03
25
25
SER
0.01
26
26
SER
0.11
27
27
GLN
0.19
28
28
ASN
0.22
29
29
VAL
0.24
30
30
GLY
0.30
31
31
THR
0.31
32
32
ASN
0.31
Sequence of
1    ​D​​I​​V​​M​​T​​Q​​S​​Q​​K​​F​11   ​M​​S​​T​​S​​V​​G​​D​​R​​V​​S​21   ​V​​T​​C​​K​​S​​S​​Q​​N​​V​​G​31   ​T​​N​​V​​A​​W​​Y​​Q​​Q​​K​​P​41   ​G​​Q​​S​​P​​K​​A​​L​​I​​Y​​S​51   ​A​​S​​Y​​R​​Y​​S​​G​​V​​P​​D​61   ​H​​F​​T​​G​​S​​G​​S​​G​​T​​D​71   ​F​​T​​L​​T​​I​​S​​N​​V​​Q​​S​81   ​A​​D​​L​​A​​E​​Y​​F​​C​​Q​​Q​91   ​Y​​N​​N​​Y​​P​​W​​T​​F​​G​​G​101  ​G​​T​​K​​L​​E​​I​​K​​R​​T​​V​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.19 .. 0.61
-1.19
0.61
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
1
ASP
-0.27
2
2
ILE
-0.47
3
3
VAL
-0.65
4
4
MET
-0.74
5
5
THR
-0.77
6
6
GLN
-0.71
7
7
SER
-0.62
8
8
GLN
-0.68
9
9
LYS
-0.62
10
10
PHE
-0.61
11
11
MET
-0.73
12
12
SER
-0.68
13
13
THR
-0.52
14
14
SER
-0.51
15
15
VAL
-0.49
16
16
GLY
-0.48
17
17
ASP
-0.42
18
18
ARG
-0.36
19
19
VAL
-0.37
20
20
SER
-0.37
21
21
VAL
-0.22
22
22
THR
-0.07
23
23
CYS
0.06
24
24
LYS
0.14
25
25
SER
0.18
26
26
SER
0.20
27
27
GLN
0.38
28
28
ASN
0.41
29
29
VAL
0.45
30
30
GLY
0.55
31
31
THR
0.54
32
32
ASN
0.56