34038 7YQX B v1-2
Structure title SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (state1)
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.72 Å
Source organism Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

Sequence of
25   ​T​​Q​​S​​Y​​T​​N​​S​​F​​T​​R​35   ​G​​V​​Y​​Y​​P​​D​​K​​V​​F​​R​45   ​S​​S​​V​​L​​H​​S​​T​​Q​​D​​L​55   ​F​​L​​P​​F​​F​​S​​N​​V​​T​​W​65   ​F​​H​​A​​I​​H​​V​​S​​G​​T​​N​75   ​G​​T​​K​​R​​F​​D​​N​​P​​V​​L​85   ​P​​F​​N​​D​​G​​V​​Y​​F​​A​​S​95   ​T​​E​​K​​S​​N​​I​​I​​R​​G​​W​105  ​I​​F​​G​​T​​T​​L​​D​​S​​K​​T​115  ​Q​​S​​L​​L​​I​​V​​N​​N​​A​​T​125  ​N​​V​​V​​I​​K​​V​​C​​E​​F​​Q​135  ​F​​C​​N​​D​​P​​F​​L​​D​​V​​Y​145  ​Y​​H​​E​​N​​N​​K​​S​​R​​M​​E​155  ​S​​E​​L​​R​​V​​Y​​S​​S​​A​​N​165  ​N​​C​​T​​F​​E​​Y​​V​​S​​Q​​P​175  ​F​​L​​M​​D​​L​​E​​G​​K​​Q​​G​185  ​N​​F​​K​​N​​L​​R​​E​​F​​V​​F​195  ​K​​N​​I​​D​​G​​Y​​F​​K​​I​​Y​205  ​S​​K​​H​​T​​P​​V​​N​​L​​G​​R​215  ​D​​L​​P​​Q​​G​​F​​S​​A​​L​​E​225  ​P​​L​​V​​D​​L​​P​​I​​G​​I​​N​235  ​I​​T​​R​​F​​Q​​T​​L​​L​​A​​L​245  ​H​​R​​S​​Y​​L​​T​​P​​G​​D​​S​255  ​S​​S​​S​​W​​T​​A​​G​​A​​A​​A​265  ​Y​​Y​​V​​G​​Y​​L​​Q​​P​​R​​T​275  ​F​​L​​L​​K​​Y​​N​​E​​N​​G​​T​285  ​I​​T​​D​​A​​V​​D​​C​​A​​L​​D​295  ​P​​L​​S​​E​​T​​K​​C​​T​​L​​K​305  ​S​​F​​T​​V​​E​​K​​G​​I​​Y​​Q​315  ​T​​S​​N​​F​​R​​V​​Q​​P​​T​​E​325  ​S​​I​​V​​R​​F​​P​​N​​I​​T​​N​335  ​L​​C​​P​​F​​H​​E​​V​​F​​N​​A​345  ​T​​R​​F​​A​​S​​V​​Y​​A​​W​​N​355  ​R​​K​​R​​I​​S​​N​​C​​V​​A​​D​365  ​Y​​S​​V​​L​​Y​​N​​F​​A​​P​​F​375  ​F​​A​​F​​K​​C​​Y​​G​​V​​S​​P​385  ​T​​K​​L​​N​​D​​L​​C​​F​​T​​N​395  ​V​​Y​​A​​D​​S​​F​​V​​I​​R​​G​405  ​N​​E​​V​​S​​Q​​I​​A​​P​​G​​Q​415  ​T​​G​​N​​I​​A​​D​​Y​​N​​Y​​K​425  ​L​​P​​D​​D​​F​​T​​G​​C​​V​​I​435  ​A​​W​​N​​S​​N​​K​​L​​D​​S​​K​445  ​V​​S​​G​​N​​Y​​N​​Y​​L​​Y​​R​455  ​L​​F​​R​​K​​S​​K​​L​​K​​P​​F​465  ​E​​R​​D​​I​​S​​T​​E​​I​​Y​​Q​475  ​A​​G​​N​​K​​P​​C​​N​​G​​V​​A​485  ​G​​F​​N​​C​​Y​​F​​P​​L​​Q​​S​495  ​Y​​G​​F​​R​​P​​T​​Y​​G​​V​​G​505  ​H​​Q​​P​​Y​​R​​V​​V​​V​​L​​S​515  ​F​​E​​L​​L​​H​​A​​P​​A​​T​​V​525  ​C​​G​​P​​K​​K​​S​​T​​N​​L​​V​535  ​K​​N​​K​​C​​V​​N​​F​​N​​F​​N​545  ​G​​L​​T​​G​​T​​G​​V​​L​​T​​E​555  ​S​​N​​K​​K​​F​​L​​P​​F​​Q​​Q​565  ​F​​G​​R​​D​​I​​A​​D​​T​​T​​D​575  ​A​​V​​R​​D​​P​​Q​​T​​L​​E​​I​585  ​L​​D​​I​​T​​P​​C​​S​​F​​G​​G​595  ​V​​S​​V​​I​​T​​P​​G​​T​​N​​T​605  ​S​​N​​Q​​V​​A​​V​​L​​Y​​Q​​G​615  ​V​​N​​C​​T​​E​​V​​P​​V​​A​​I​625  ​H​​A​​D​​Q​​L​​T​​P​​T​​W​​R​635  ​V​​Y​​S​​T​​G​​S​​N​​V​​F​​Q​645  ​T​​R​​A​​G​​C​​L​​I​​G​​A​​E​655  ​Y​​V​​N​​N​​S​​Y​​E​​C​​D​​I​665  ​P​​I​​G​​A​​G​​I​​C​​A​​S​​Y​675  ​Q​​T​​Q​​S​​Q​​S​​I​​I​​A​​Y​696  ​T​​M​​S​​L​​G​​A​​E​​N​​S​​V​706  ​A​​Y​​S​​N​​N​​S​​I​​A​​I​​P​716  ​T​​N​​F​​T​​I​​S​​V​​T​​T​​E​726  ​I​​L​​P​​V​​S​​M​​T​​K​​T​​S​736  ​V​​D​​C​​T​​M​​Y​​I​​C​​G​​D​746  ​S​​T​​E​​C​​S​​N​​L​​L​​L​​Q​756  ​Y​​G​​S​​F​​C​​T​​Q​​L​​K​​R​766  ​A​​L​​T​​G​​I​​A​​V​​E​​Q​​D​776  ​K​​N​​T​​Q​​E​​V​​F​​A​​Q​​V​786  ​K​​Q​​I​​Y​​K​​T​​P​​P​​I​​K​796  ​Y​​F​​G​​G​​F​​N​​F​​S​​Q​​I​806  ​L​​P​​D​​P​​S​​K​​P​​S​​K​​R​816  ​S​​P​​I​​E​​D​​L​​L​​F​​N​​K​826  ​V​​T​​L​​A​​D​​A​​G​​F​​I​​K​836  ​Q​​L​​I​​C​​A​​Q​​K​​F​​N​​G​858  ​L​​T​​V​​L​​P​​P​​L​​L​​T​​D​868  ​E​​M​​I​​A​​Q​​Y​​T​​S​​A​​L​878  ​L​​A​​G​​T​​I​​T​​S​​G​​W​​T​888  ​F​​G​​A​​G​​P​​A​​L​​Q​​I​​P​898  ​F​​P​​M​​Q​​M​​A​​Y​​R​​F​​N​908  ​G​​I​​G​​V​​T​​Q​​N​​V​​L​​Y​918  ​E​​N​​Q​​K​​L​​I​​A​​N​​Q​​F​928  ​N​​S​​A​​I​​G​​K​​I​​Q​​D​​S​938  ​L​​S​​S​​T​​P​​S​​A​​L​​G​​K​948  ​L​​Q​​D​​V​​V​​N​​H​​N​​A​​Q​958  ​A​​L​​N​​T​​L​​V​​K​​Q​​L​​S​968  ​S​​K​​F​​G​​A​​I​​S​​S​​V​​L​978  ​N​​D​​I​​L​​S​​R​​L​​D​​P​​P​988  ​E​​A​​E​​V​​Q​​I​​D​​R​​L​​I​998  ​T​​G​​R​​L​​Q​​S​​L​​Q​​T​​Y​1008 ​V​​T​​Q​​Q​​L​​I​​R​​A​​A​​E​1018 ​I​​R​​A​​S​​A​​N​​L​​A​​A​​T​1028 ​K​​M​​S​​E​​C​​V​​L​​G​​Q​​S​1038 ​K​​R​​V​​D​​F​​C​​G​​K​​G​​Y​1048 ​H​​L​​M​​S​​F​​P​​Q​​S​​A​​P​1058 ​H​​G​​V​​V​​F​​L​​H​​V​​T​​Y​1068 ​V​​P​​A​​Q​​E​​K​​N​​F​​T​​T​1078 ​A​​P​​A​​I​​C​​H​​D​​G​​K​​A​1088 ​H​​F​​P​​R​​E​​G​​V​​F​​V​​S​1098 ​N​​G​​T​​H​​W​​F​​V​​T​​Q​​R​1108 ​N​​F​​Y​​E​​P​​Q​​I​​I​​T​​T​1118 ​D​​N​​T​​F​​V​​S​​G​​N​​C​​D​1128 ​V​​V​​I​​G​​I​​V​​N​​N​​T​​V​1138 ​Y​​D​​P​​L​​Q​​P​​E​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.52 .. 1.48
-1.52
1.48
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
25
THR
-0.09
2
26
GLN
0.02
3
27
SER
0.07
4
28
TYR
0.16
5
29
THR
0.21
6
30
ASN
0.34
7
31
SER
0.39
8
32
PHE
0.45
9
33
THR
0.43
10
34
ARG
0.46
11
35
GLY
0.42
12
36
VAL
0.45
13
37
TYR
0.50
14
38
TYR
0.53
15
39
PRO
0.49
16
40
ASP
0.55
17
41
LYS
0.64
18
42
VAL
0.69
19
43
PHE
0.75
20
44
ARG
0.81
21
45
SER
0.73
22
46
SER
0.71
23
47
VAL
0.65
24
48
LEU
0.70
25
49
HIS
0.65
26
50
SER
0.57
27
51
THR
0.52
28
52
GLN
0.53
29
53
ASP
0.56
30
54
LEU
0.60
31
55
PHE
0.66
32
56
LEU
0.61
Sequence of
25   ​T​​Q​​S​​Y​​T​​N​​S​​F​​T​​R​35   ​G​​V​​Y​​Y​​P​​D​​K​​V​​F​​R​45   ​S​​S​​V​​L​​H​​S​​T​​Q​​D​​L​55   ​F​​L​​P​​F​​F​​S​​N​​V​​T​​W​65   ​F​​H​​A​​I​​H​​V​​S​​G​​T​​N​75   ​G​​T​​K​​R​​F​​D​​N​​P​​V​​L​85   ​P​​F​​N​​D​​G​​V​​Y​​F​​A​​S​95   ​T​​E​​K​​S​​N​​I​​I​​R​​G​​W​105  ​I​​F​​G​​T​​T​​L​​D​​S​​K​​T​115  ​Q​​S​​L​​L​​I​​V​​N​​N​​A​​T​125  ​N​​V​​V​​I​​K​​V​​C​​E​​F​​Q​135  ​F​​C​​N​​D​​P​​F​​L​​D​​V​​Y​145  ​Y​​H​​E​​N​​N​​K​​S​​R​​M​​E​155  ​S​​E​​L​​R​​V​​Y​​S​​S​​A​​N​165  ​N​​C​​T​​F​​E​​Y​​V​​S​​Q​​P​175  ​F​​L​​M​​D​​L​​E​​G​​K​​Q​​G​185  ​N​​F​​K​​N​​L​​R​​E​​F​​V​​F​195  ​K​​N​​I​​D​​G​​Y​​F​​K​​I​​Y​205  ​S​​K​​H​​T​​P​​V​​N​​L​​G​​R​215  ​D​​L​​P​​Q​​G​​F​​S​​A​​L​​E​225  ​P​​L​​V​​D​​L​​P​​I​​G​​I​​N​235  ​I​​T​​R​​F​​Q​​T​​L​​L​​A​​L​245  ​H​​R​​S​​Y​​L​​T​​P​​G​​D​​S​255  ​S​​S​​S​​W​​T​​A​​G​​A​​A​​A​265  ​Y​​Y​​V​​G​​Y​​L​​Q​​P​​R​​T​275  ​F​​L​​L​​K​​Y​​N​​E​​N​​G​​T​285  ​I​​T​​D​​A​​V​​D​​C​​A​​L​​D​295  ​P​​L​​S​​E​​T​​K​​C​​T​​L​​K​305  ​S​​F​​T​​V​​E​​K​​G​​I​​Y​​Q​315  ​T​​S​​N​​F​​R​​V​​Q​​P​​T​​E​325  ​S​​I​​V​​R​​F​​P​​N​​I​​T​​N​335  ​L​​C​​P​​F​​H​​E​​V​​F​​N​​A​345  ​T​​R​​F​​A​​S​​V​​Y​​A​​W​​N​355  ​R​​K​​R​​I​​S​​N​​C​​V​​A​​D​365  ​Y​​S​​V​​L​​Y​​N​​F​​A​​P​​F​375  ​F​​A​​F​​K​​C​​Y​​G​​V​​S​​P​385  ​T​​K​​L​​N​​D​​L​​C​​F​​T​​N​395  ​V​​Y​​A​​D​​S​​F​​V​​I​​R​​G​405  ​N​​E​​V​​S​​Q​​I​​A​​P​​G​​Q​415  ​T​​G​​N​​I​​A​​D​​Y​​N​​Y​​K​425  ​L​​P​​D​​D​​F​​T​​G​​C​​V​​I​435  ​A​​W​​N​​S​​N​​K​​L​​D​​S​​K​445  ​V​​S​​G​​N​​Y​​N​​Y​​L​​Y​​R​455  ​L​​F​​R​​K​​S​​K​​L​​K​​P​​F​465  ​E​​R​​D​​I​​S​​T​​E​​I​​Y​​Q​475  ​A​​G​​N​​K​​P​​C​​N​​G​​V​​A​485  ​G​​F​​N​​C​​Y​​F​​P​​L​​Q​​S​495  ​Y​​G​​F​​R​​P​​T​​Y​​G​​V​​G​505  ​H​​Q​​P​​Y​​R​​V​​V​​V​​L​​S​515  ​F​​E​​L​​L​​H​​A​​P​​A​​T​​V​525  ​C​​G​​P​​K​​K​​S​​T​​N​​L​​V​535  ​K​​N​​K​​C​​V​​N​​F​​N​​F​​N​545  ​G​​L​​T​​G​​T​​G​​V​​L​​T​​E​555  ​S​​N​​K​​K​​F​​L​​P​​F​​Q​​Q​565  ​F​​G​​R​​D​​I​​A​​D​​T​​T​​D​575  ​A​​V​​R​​D​​P​​Q​​T​​L​​E​​I​585  ​L​​D​​I​​T​​P​​C​​S​​F​​G​​G​595  ​V​​S​​V​​I​​T​​P​​G​​T​​N​​T​605  ​S​​N​​Q​​V​​A​​V​​L​​Y​​Q​​G​615  ​V​​N​​C​​T​​E​​V​​P​​V​​A​​I​625  ​H​​A​​D​​Q​​L​​T​​P​​T​​W​​R​635  ​V​​Y​​S​​T​​G​​S​​N​​V​​F​​Q​645  ​T​​R​​A​​G​​C​​L​​I​​G​​A​​E​655  ​Y​​V​​N​​N​​S​​Y​​E​​C​​D​​I​665  ​P​​I​​G​​A​​G​​I​​C​​A​​S​​Y​675  ​Q​​T​​Q​​S​​Q​​S​​I​​I​​A​​Y​696  ​T​​M​​S​​L​​G​​A​​E​​N​​S​​V​706  ​A​​Y​​S​​N​​N​​S​​I​​A​​I​​P​716  ​T​​N​​F​​T​​I​​S​​V​​T​​T​​E​726  ​I​​L​​P​​V​​S​​M​​T​​K​​T​​S​736  ​V​​D​​C​​T​​M​​Y​​I​​C​​G​​D​746  ​S​​T​​E​​C​​S​​N​​L​​L​​L​​Q​756  ​Y​​G​​S​​F​​C​​T​​Q​​L​​K​​R​766  ​A​​L​​T​​G​​I​​A​​V​​E​​Q​​D​776  ​K​​N​​T​​Q​​E​​V​​F​​A​​Q​​V​786  ​K​​Q​​I​​Y​​K​​T​​P​​P​​I​​K​796  ​Y​​F​​G​​G​​F​​N​​F​​S​​Q​​I​806  ​L​​P​​D​​P​​S​​K​​P​​S​​K​​R​816  ​S​​P​​I​​E​​D​​L​​L​​F​​N​​K​826  ​V​​T​​L​​A​​D​​A​​G​​F​​I​​K​836  ​Q​​L​​I​​C​​A​​Q​​K​​F​​N​​G​858  ​L​​T​​V​​L​​P​​P​​L​​L​​T​​D​868  ​E​​M​​I​​A​​Q​​Y​​T​​S​​A​​L​878  ​L​​A​​G​​T​​I​​T​​S​​G​​W​​T​888  ​F​​G​​A​​G​​P​​A​​L​​Q​​I​​P​898  ​F​​P​​M​​Q​​M​​A​​Y​​R​​F​​N​908  ​G​​I​​G​​V​​T​​Q​​N​​V​​L​​Y​918  ​E​​N​​Q​​K​​L​​I​​A​​N​​Q​​F​928  ​N​​S​​A​​I​​G​​K​​I​​Q​​D​​S​938  ​L​​S​​S​​T​​P​​S​​A​​L​​G​​K​948  ​L​​Q​​D​​V​​V​​N​​H​​N​​A​​Q​958  ​A​​L​​N​​T​​L​​V​​K​​Q​​L​​S​968  ​S​​K​​F​​G​​A​​I​​S​​S​​V​​L​978  ​N​​D​​I​​L​​S​​R​​L​​D​​P​​P​988  ​E​​A​​E​​V​​Q​​I​​D​​R​​L​​I​998  ​T​​G​​R​​L​​Q​​S​​L​​Q​​T​​Y​1008 ​V​​T​​Q​​Q​​L​​I​​R​​A​​A​​E​1018 ​I​​R​​A​​S​​A​​N​​L​​A​​A​​T​1028 ​K​​M​​S​​E​​C​​V​​L​​G​​Q​​S​1038 ​K​​R​​V​​D​​F​​C​​G​​K​​G​​Y​1048 ​H​​L​​M​​S​​F​​P​​Q​​S​​A​​P​1058 ​H​​G​​V​​V​​F​​L​​H​​V​​T​​Y​1068 ​V​​P​​A​​Q​​E​​K​​N​​F​​T​​T​1078 ​A​​P​​A​​I​​C​​H​​D​​G​​K​​A​1088 ​H​​F​​P​​R​​E​​G​​V​​F​​V​​S​1098 ​N​​G​​T​​H​​W​​F​​V​​T​​Q​​R​1108 ​N​​F​​Y​​E​​P​​Q​​I​​I​​T​​T​1118 ​D​​N​​T​​F​​V​​S​​G​​N​​C​​D​1128 ​V​​V​​I​​G​​I​​V​​N​​N​​T​​V​1138 ​Y​​D​​P​​L​​Q​​P​​E​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -2.98 .. 1.24
-2.98
1.24
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
25
THR
0.36
2
26
GLN
0.36
3
27
SER
0.43
4
28
TYR
0.34
5
29
THR
0.28
6
30
ASN
0.27
7
31
SER
0.30
8
32
PHE
0.31
9
33
THR
0.35
10
34
ARG
0.36
11
35
GLY
0.39
12
36
VAL
0.38
13
37
TYR
0.43
14
38
TYR
0.38
15
39
PRO
0.40
16
40
ASP
0.33
17
41
LYS
0.34
18
42
VAL
0.43
19
43
PHE
0.44
20
44
ARG
0.47
21
45
SER
0.48
22
46
SER
0.42
23
47
VAL
0.51
24
48
LEU
0.57
25
49
HIS
0.63
26
50
SER
0.59
27
51
THR
0.53
28
52
GLN
0.49
29
53
ASP
0.53
30
54
LEU
0.49
31
55
PHE
0.53
32
56
LEU
0.45
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.58 .. 1.23
-1.58
1.23
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
25
THR
-0.02
2
26
GLN
-0.07
3
27
SER
-0.05
4
28
TYR
-0.02
5
29
THR
-0.01
6
30
ASN
-0.01
7
31
SER
-0.01
8
32
PHE
-0.02
9
33
THR
-0.02
10
34
ARG
0.00
11
35
GLY
0.00
12
36
VAL
-0.04
13
37
TYR
-0.06
14
38
TYR
-0.08
15
39
PRO
-0.09
16
40
ASP
-0.08
17
41
LYS
-0.06
18
42
VAL
-0.07
19
43
PHE
-0.07
20
44
ARG
-0.09
21
45
SER
-0.05
22
46
SER
-0.05
23
47
VAL
-0.06
24
48
LEU
-0.09
25
49
HIS
-0.12
26
50
SER
-0.14
27
51
THR
-0.15
28
52
GLN
-0.15
29
53
ASP
-0.13
30
54
LEU
-0.09
31
55
PHE
-0.01
32
56
LEU
0.03
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -4.54 .. 3.63
-4.54
3.63
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
25
THR
0.25
2
26
GLN
0.32
3
27
SER
0.46
4
28
TYR
0.47
5
29
THR
0.48
6
30
ASN
0.60
7
31
SER
0.69
8
32
PHE
0.74
9
33
THR
0.76
10
34
ARG
0.82
11
35
GLY
0.81
12
36
VAL
0.79
13
37
TYR
0.87
14
38
TYR
0.83
15
39
PRO
0.81
16
40
ASP
0.79
17
41
LYS
0.92
18
42
VAL
1.05
19
43
PHE
1.11
20
44
ARG
1.20
21
45
SER
1.16
22
46
SER
1.08
23
47
VAL
1.10
24
48
LEU
1.18
25
49
HIS
1.16
26
50
SER
1.01
27
51
THR
0.91
28
52
GLN
0.87
29
53
ASP
0.96
30
54
LEU
1.00
31
55
PHE
1.17
32
56
LEU
1.09