34317 8GWN E v1-0
34317_8gwn_E_v1-0
Sharing Feedback
RCSB PDB: 8GWN
EMDB: 34317
Structure title A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibitor of AT-527
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.38 Å
Source organism Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
3D View
Download PDB file DAQ[AA]
Render Map
Sequence of
1    ​A​​V​​G​​A​​C​​V​​L​​C​​N​​S​11   ​Q​​T​​S​​L​​R​​C​​G​​A​​C​​I​21   ​R​​R​​P​​F​​L​​C​​C​​K​​C​​C​31   ​Y​​D​​H​​V​​I​​S​​T​​S​​H​​K​41   ​L​​V​​L​​S​​V​​N​​P​​Y​​V​​C​51   ​N​​A​​P​​G​​C​​D​​V​​T​​D​​V​61   ​T​​Q​​L​​Y​​L​​G​​G​​M​​S​​Y​71   ​Y​​C​​K​​S​​H​​K​​P​​P​​I​​S​81   ​F​​P​​L​​C​​A​​N​​G​​Q​​V​​F​91   ​G​​L​​Y​​K​​N​​T​​C​​V​​G​​S​101  ​D​​N​​V​​T​​D​​F​​N​​A​​I​​A​111  ​T​​C​​D​​W​​T​​N​​A​​G​​D​​Y​121  ​I​​L​​A​​N​​T​​C​​T​​E​​R​​L​131  ​K​​L​​F​​A​​A​​E​​T​​L​​K​​A​141  ​T​​E​​E​​T​​F​​K​​L​​S​​Y​​G​151  ​I​​A​​T​​V​​R​​E​​V​​L​​S​​D​161  ​R​​E​​L​​H​​L​​S​​W​​E​​V​​G​171  ​K​​P​​R​​P​​P​​L​​N​​R​​N​​Y​181  ​V​​F​​T​​G​​Y​​R​​V​​T​​K​​N​191  ​S​​K​​V​​Q​​I​​G​​E​​Y​​T​​F​201  ​E​​K​​G​​A​​V​​V​​Y​​R​​G​​T​215  ​T​​T​​Y​​K​​L​​N​​V​​G​​D​​Y​225  ​F​​V​​L​​T​​S​​H​​T​​V​​M​​P​235  ​L​​S​​A​​P​​T​​L​​V​​P​​Q​​E​245  ​H​​Y​​V​​R​​I​​T​​G​​L​​Y​​P​255  ​T​​L​​N​​I​​S​​D​​E​​F​​S​​S​265  ​N​​V​​A​​N​​Y​​Q​​K​​V​​G​​M​275  ​Q​​K​​Y​​S​​T​​L​​Q​​G​​P​​P​285  ​G​​T​​G​​K​​S​​H​​F​​A​​I​​G​295  ​L​​A​​L​​Y​​Y​​P​​S​​A​​R​​I​305  ​V​​Y​​T​​A​​C​​S​​H​​A​​A​​V​315  ​D​​A​​L​​C​​E​​K​​A​​L​​K​​Y​325  ​L​​P​​I​​D​​K​​C​​S​​R​​I​​I​335  ​P​​A​​V​​E​​C​​F​​D​​K​​F​​K​348  ​V​​N​​S​​T​​L​​E​​Q​​Y​​V​​F​358  ​C​​T​​V​​N​​A​​L​​P​​E​​T​​T​368  ​A​​D​​I​​V​​V​​F​​D​​E​​I​​S​378  ​M​​A​​T​​N​​Y​​D​​L​​S​​V​​V​388  ​N​​A​​R​​L​​R​​A​​K​​H​​Y​​V​398  ​Y​​I​​G​​D​​P​​A​​Q​​L​​P​​A​408  ​P​​R​​T​​L​​L​​T​​K​​G​​T​​L​418  ​E​​P​​E​​Y​​F​​N​​S​​V​​C​​R​428  ​L​​M​​K​​T​​I​​G​​P​​D​​M​​F​438  ​L​​G​​T​​C​​R​​R​​C​​P​​A​​E​448  ​I​​V​​D​​T​​V​​S​​A​​L​​V​​Y​458  ​D​​N​​K​​L​​K​​A​​H​​K​​D​​K​468  ​S​​A​​Q​​C​​F​​K​​M​​F​​Y​​K​478  ​G​​V​​I​​T​​H​​D​​V​​S​​S​​A​488  ​I​​N​​R​​P​​Q​​I​​G​​V​​V​​R​498  ​E​​F​​L​​T​​R​​N​​P​​A​​W​​R​508  ​K​​A​​V​​F​​I​​S​​P​​Y​​N​​S​518  ​Q​​N​​A​​V​​A​​S​​K​​I​​L​​G​528  ​L​​P​​T​​Q​​T​​V​​D​​S​​S​​Q​538  ​G​​S​​E​​Y​​D​​Y​​V​​I​​F​​T​548  ​Q​​T​​T​​E​​T​​A​​H​​S​​C​​N​558  ​V​​N​​R​​F​​N​​V​​A​​I​​T​​R​568  ​A​​K​​V​​G​​I​​L​​C​​I​​M​​S​578  ​D​​R​​D​​L​​Y​​D​​K​​L​​Q​​F​588  ​T​​S​​L​​E​​I​​P​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.54 .. 0.54
-0.54
0.54
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
1
ALA
0.31
2
2
VAL
0.29
3
3
GLY
0.28
4
4
ALA
0.25
5
5
CYS
0.29
6
6
VAL
0.35
7
7
LEU
0.37
8
8
CYS
0.39
9
9
ASN
0.36
10
10
SER
0.34
11
11
GLN
0.37
12
12
THR
0.36
13
13
SER
0.28
14
14
LEU
0.31
15
15
ARG
0.33
16
16
CYS
0.35
17
17
GLY
0.38
18
18
ALA
0.40
19
19
CYS
0.38
20
20
ILE
0.35
21
21
ARG
0.36
22
22
ARG
0.32
23
23
PRO
0.35
24
24
PHE
0.32
25
25
LEU
0.27
26
26
CYS
0.18
27
27
CYS
0.15
28
28
LYS
0.18
29
29
CYS
0.19
30
30
CYS
0.24
31
31
TYR
0.21
32
32
ASP
0.25
3D View
Download PDB file DAQ[Cα]
Render Map
Sequence of
1    ​A​​V​​G​​A​​C​​V​​L​​C​​N​​S​11   ​Q​​T​​S​​L​​R​​C​​G​​A​​C​​I​21   ​R​​R​​P​​F​​L​​C​​C​​K​​C​​C​31   ​Y​​D​​H​​V​​I​​S​​T​​S​​H​​K​41   ​L​​V​​L​​S​​V​​N​​P​​Y​​V​​C​51   ​N​​A​​P​​G​​C​​D​​V​​T​​D​​V​61   ​T​​Q​​L​​Y​​L​​G​​G​​M​​S​​Y​71   ​Y​​C​​K​​S​​H​​K​​P​​P​​I​​S​81   ​F​​P​​L​​C​​A​​N​​G​​Q​​V​​F​91   ​G​​L​​Y​​K​​N​​T​​C​​V​​G​​S​101  ​D​​N​​V​​T​​D​​F​​N​​A​​I​​A​111  ​T​​C​​D​​W​​T​​N​​A​​G​​D​​Y​121  ​I​​L​​A​​N​​T​​C​​T​​E​​R​​L​131  ​K​​L​​F​​A​​A​​E​​T​​L​​K​​A​141  ​T​​E​​E​​T​​F​​K​​L​​S​​Y​​G​151  ​I​​A​​T​​V​​R​​E​​V​​L​​S​​D​161  ​R​​E​​L​​H​​L​​S​​W​​E​​V​​G​171  ​K​​P​​R​​P​​P​​L​​N​​R​​N​​Y​181  ​V​​F​​T​​G​​Y​​R​​V​​T​​K​​N​191  ​S​​K​​V​​Q​​I​​G​​E​​Y​​T​​F​201  ​E​​K​​G​​A​​V​​V​​Y​​R​​G​​T​215  ​T​​T​​Y​​K​​L​​N​​V​​G​​D​​Y​225  ​F​​V​​L​​T​​S​​H​​T​​V​​M​​P​235  ​L​​S​​A​​P​​T​​L​​V​​P​​Q​​E​245  ​H​​Y​​V​​R​​I​​T​​G​​L​​Y​​P​255  ​T​​L​​N​​I​​S​​D​​E​​F​​S​​S​265  ​N​​V​​A​​N​​Y​​Q​​K​​V​​G​​M​275  ​Q​​K​​Y​​S​​T​​L​​Q​​G​​P​​P​285  ​G​​T​​G​​K​​S​​H​​F​​A​​I​​G​295  ​L​​A​​L​​Y​​Y​​P​​S​​A​​R​​I​305  ​V​​Y​​T​​A​​C​​S​​H​​A​​A​​V​315  ​D​​A​​L​​C​​E​​K​​A​​L​​K​​Y​325  ​L​​P​​I​​D​​K​​C​​S​​R​​I​​I​335  ​P​​A​​V​​E​​C​​F​​D​​K​​F​​K​348  ​V​​N​​S​​T​​L​​E​​Q​​Y​​V​​F​358  ​C​​T​​V​​N​​A​​L​​P​​E​​T​​T​368  ​A​​D​​I​​V​​V​​F​​D​​E​​I​​S​378  ​M​​A​​T​​N​​Y​​D​​L​​S​​V​​V​388  ​N​​A​​R​​L​​R​​A​​K​​H​​Y​​V​398  ​Y​​I​​G​​D​​P​​A​​Q​​L​​P​​A​408  ​P​​R​​T​​L​​L​​T​​K​​G​​T​​L​418  ​E​​P​​E​​Y​​F​​N​​S​​V​​C​​R​428  ​L​​M​​K​​T​​I​​G​​P​​D​​M​​F​438  ​L​​G​​T​​C​​R​​R​​C​​P​​A​​E​448  ​I​​V​​D​​T​​V​​S​​A​​L​​V​​Y​458  ​D​​N​​K​​L​​K​​A​​H​​K​​D​​K​468  ​S​​A​​Q​​C​​F​​K​​M​​F​​Y​​K​478  ​G​​V​​I​​T​​H​​D​​V​​S​​S​​A​488  ​I​​N​​R​​P​​Q​​I​​G​​V​​V​​R​498  ​E​​F​​L​​T​​R​​N​​P​​A​​W​​R​508  ​K​​A​​V​​F​​I​​S​​P​​Y​​N​​S​518  ​Q​​N​​A​​V​​A​​S​​K​​I​​L​​G​528  ​L​​P​​T​​Q​​T​​V​​D​​S​​S​​Q​538  ​G​​S​​E​​Y​​D​​Y​​V​​I​​F​​T​548  ​Q​​T​​T​​E​​T​​A​​H​​S​​C​​N​558  ​V​​N​​R​​F​​N​​V​​A​​I​​T​​R​568  ​A​​K​​V​​G​​I​​L​​C​​I​​M​​S​578  ​D​​R​​D​​L​​Y​​D​​K​​L​​Q​​F​588  ​T​​S​​L​​E​​I​​P​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.51 .. 0.66
-0.51
0.66
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
1
ALA
0.45
2
2
VAL
0.42
3
3
GLY
0.45
4
4
ALA
0.48
5
5
CYS
0.53
6
6
VAL
0.57
7
7
LEU
0.55
8
8
CYS
0.48
9
9
ASN
0.49
10
10
SER
0.47
11
11
GLN
0.48
12
12
THR
0.43
13
13
SER
0.44
14
14
LEU
0.40
15
15
ARG
0.35
16
16
CYS
0.44
17
17
GLY
0.39
18
18
ALA
0.34
19
19
CYS
0.33
20
20
ILE
0.31
21
21
ARG
0.29
22
22
ARG
0.25
23
23
PRO
0.24
24
24
PHE
0.23
25
25
LEU
0.17
26
26
CYS
0.15
27
27
CYS
0.17
28
28
LYS
0.16
29
29
CYS
0.18
30
30
CYS
0.15
31
31
TYR
0.21
32
32
ASP
0.22
3D View
Download PDB file DAQ[SS]
Download Secondary Structure Prediction file
Render Map
Sequence of
1    ​A​​V​​G​​A​​C​​V​​L​​C​​N​​S​11   ​Q​​T​​S​​L​​R​​C​​G​​A​​C​​I​21   ​R​​R​​P​​F​​L​​C​​C​​K​​C​​C​31   ​Y​​D​​H​​V​​I​​S​​T​​S​​H​​K​41   ​L​​V​​L​​S​​V​​N​​P​​Y​​V​​C​51   ​N​​A​​P​​G​​C​​D​​V​​T​​D​​V​61   ​T​​Q​​L​​Y​​L​​G​​G​​M​​S​​Y​71   ​Y​​C​​K​​S​​H​​K​​P​​P​​I​​S​81   ​F​​P​​L​​C​​A​​N​​G​​Q​​V​​F​91   ​G​​L​​Y​​K​​N​​T​​C​​V​​G​​S​101  ​D​​N​​V​​T​​D​​F​​N​​A​​I​​A​111  ​T​​C​​D​​W​​T​​N​​A​​G​​D​​Y​121  ​I​​L​​A​​N​​T​​C​​T​​E​​R​​L​131  ​K​​L​​F​​A​​A​​E​​T​​L​​K​​A​141  ​T​​E​​E​​T​​F​​K​​L​​S​​Y​​G​151  ​I​​A​​T​​V​​R​​E​​V​​L​​S​​D​161  ​R​​E​​L​​H​​L​​S​​W​​E​​V​​G​171  ​K​​P​​R​​P​​P​​L​​N​​R​​N​​Y​181  ​V​​F​​T​​G​​Y​​R​​V​​T​​K​​N​191  ​S​​K​​V​​Q​​I​​G​​E​​Y​​T​​F​201  ​E​​K​​G​​A​​V​​V​​Y​​R​​G​​T​215  ​T​​T​​Y​​K​​L​​N​​V​​G​​D​​Y​225  ​F​​V​​L​​T​​S​​H​​T​​V​​M​​P​235  ​L​​S​​A​​P​​T​​L​​V​​P​​Q​​E​245  ​H​​Y​​V​​R​​I​​T​​G​​L​​Y​​P​255  ​T​​L​​N​​I​​S​​D​​E​​F​​S​​S​265  ​N​​V​​A​​N​​Y​​Q​​K​​V​​G​​M​275  ​Q​​K​​Y​​S​​T​​L​​Q​​G​​P​​P​285  ​G​​T​​G​​K​​S​​H​​F​​A​​I​​G​295  ​L​​A​​L​​Y​​Y​​P​​S​​A​​R​​I​305  ​V​​Y​​T​​A​​C​​S​​H​​A​​A​​V​315  ​D​​A​​L​​C​​E​​K​​A​​L​​K​​Y​325  ​L​​P​​I​​D​​K​​C​​S​​R​​I​​I​335  ​P​​A​​V​​E​​C​​F​​D​​K​​F​​K​348  ​V​​N​​S​​T​​L​​E​​Q​​Y​​V​​F​358  ​C​​T​​V​​N​​A​​L​​P​​E​​T​​T​368  ​A​​D​​I​​V​​V​​F​​D​​E​​I​​S​378  ​M​​A​​T​​N​​Y​​D​​L​​S​​V​​V​388  ​N​​A​​R​​L​​R​​A​​K​​H​​Y​​V​398  ​Y​​I​​G​​D​​P​​A​​Q​​L​​P​​A​408  ​P​​R​​T​​L​​L​​T​​K​​G​​T​​L​418  ​E​​P​​E​​Y​​F​​N​​S​​V​​C​​R​428  ​L​​M​​K​​T​​I​​G​​P​​D​​M​​F​438  ​L​​G​​T​​C​​R​​R​​C​​P​​A​​E​448  ​I​​V​​D​​T​​V​​S​​A​​L​​V​​Y​458  ​D​​N​​K​​L​​K​​A​​H​​K​​D​​K​468  ​S​​A​​Q​​C​​F​​K​​M​​F​​Y​​K​478  ​G​​V​​I​​T​​H​​D​​V​​S​​S​​A​488  ​I​​N​​R​​P​​Q​​I​​G​​V​​V​​R​498  ​E​​F​​L​​T​​R​​N​​P​​A​​W​​R​508  ​K​​A​​V​​F​​I​​S​​P​​Y​​N​​S​518  ​Q​​N​​A​​V​​A​​S​​K​​I​​L​​G​528  ​L​​P​​T​​Q​​T​​V​​D​​S​​S​​Q​538  ​G​​S​​E​​Y​​D​​Y​​V​​I​​F​​T​548  ​Q​​T​​T​​E​​T​​A​​H​​S​​C​​N​558  ​V​​N​​R​​F​​N​​V​​A​​I​​T​​R​568  ​A​​K​​V​​G​​I​​L​​C​​I​​M​​S​578  ​D​​R​​D​​L​​Y​​D​​K​​L​​Q​​F​588  ​T​​S​​L​​E​​I​​P​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.93 .. 0.46
-0.93
0.46
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
1
ALA
0.34
2
2
VAL
0.31
3
3
GLY
0.25
4
4
ALA
0.19
5
5
CYS
0.14
6
6
VAL
0.10
7
7
LEU
0.11
8
8
CYS
0.11
9
9
ASN
0.11
10
10
SER
0.09
11
11
GLN
0.07
12
12
THR
0.07
13
13
SER
0.06
14
14
LEU
-0.01
15
15
ARG
-0.11
16
16
CYS
-0.18
17
17
GLY
-0.17
18
18
ALA
-0.20
19
19
CYS
-0.22
20
20
ILE
-0.25
21
21
ARG
-0.23
22
22
ARG
-0.21
23
23
PRO
-0.17
24
24
PHE
-0.14
25
25
LEU
-0.11
26
26
CYS
-0.13
27
27
CYS
-0.14
28
28
LYS
-0.14
29
29
CYS
-0.12
30
30
CYS
-0.13
31
31
TYR
-0.12
32
32
ASP
-0.10
3D View
Download PDB file DAQ[Total]
Render Map
Sequence of
1    ​A​​V​​G​​A​​C​​V​​L​​C​​N​​S​11   ​Q​​T​​S​​L​​R​​C​​G​​A​​C​​I​21   ​R​​R​​P​​F​​L​​C​​C​​K​​C​​C​31   ​Y​​D​​H​​V​​I​​S​​T​​S​​H​​K​41   ​L​​V​​L​​S​​V​​N​​P​​Y​​V​​C​51   ​N​​A​​P​​G​​C​​D​​V​​T​​D​​V​61   ​T​​Q​​L​​Y​​L​​G​​G​​M​​S​​Y​71   ​Y​​C​​K​​S​​H​​K​​P​​P​​I​​S​81   ​F​​P​​L​​C​​A​​N​​G​​Q​​V​​F​91   ​G​​L​​Y​​K​​N​​T​​C​​V​​G​​S​101  ​D​​N​​V​​T​​D​​F​​N​​A​​I​​A​111  ​T​​C​​D​​W​​T​​N​​A​​G​​D​​Y​121  ​I​​L​​A​​N​​T​​C​​T​​E​​R​​L​131  ​K​​L​​F​​A​​A​​E​​T​​L​​K​​A​141  ​T​​E​​E​​T​​F​​K​​L​​S​​Y​​G​151  ​I​​A​​T​​V​​R​​E​​V​​L​​S​​D​161  ​R​​E​​L​​H​​L​​S​​W​​E​​V​​G​171  ​K​​P​​R​​P​​P​​L​​N​​R​​N​​Y​181  ​V​​F​​T​​G​​Y​​R​​V​​T​​K​​N​191  ​S​​K​​V​​Q​​I​​G​​E​​Y​​T​​F​201  ​E​​K​​G​​A​​V​​V​​Y​​R​​G​​T​215  ​T​​T​​Y​​K​​L​​N​​V​​G​​D​​Y​225  ​F​​V​​L​​T​​S​​H​​T​​V​​M​​P​235  ​L​​S​​A​​P​​T​​L​​V​​P​​Q​​E​245  ​H​​Y​​V​​R​​I​​T​​G​​L​​Y​​P​255  ​T​​L​​N​​I​​S​​D​​E​​F​​S​​S​265  ​N​​V​​A​​N​​Y​​Q​​K​​V​​G​​M​275  ​Q​​K​​Y​​S​​T​​L​​Q​​G​​P​​P​285  ​G​​T​​G​​K​​S​​H​​F​​A​​I​​G​295  ​L​​A​​L​​Y​​Y​​P​​S​​A​​R​​I​305  ​V​​Y​​T​​A​​C​​S​​H​​A​​A​​V​315  ​D​​A​​L​​C​​E​​K​​A​​L​​K​​Y​325  ​L​​P​​I​​D​​K​​C​​S​​R​​I​​I​335  ​P​​A​​V​​E​​C​​F​​D​​K​​F​​K​348  ​V​​N​​S​​T​​L​​E​​Q​​Y​​V​​F​358  ​C​​T​​V​​N​​A​​L​​P​​E​​T​​T​368  ​A​​D​​I​​V​​V​​F​​D​​E​​I​​S​378  ​M​​A​​T​​N​​Y​​D​​L​​S​​V​​V​388  ​N​​A​​R​​L​​R​​A​​K​​H​​Y​​V​398  ​Y​​I​​G​​D​​P​​A​​Q​​L​​P​​A​408  ​P​​R​​T​​L​​L​​T​​K​​G​​T​​L​418  ​E​​P​​E​​Y​​F​​N​​S​​V​​C​​R​428  ​L​​M​​K​​T​​I​​G​​P​​D​​M​​F​438  ​L​​G​​T​​C​​R​​R​​C​​P​​A​​E​448  ​I​​V​​D​​T​​V​​S​​A​​L​​V​​Y​458  ​D​​N​​K​​L​​K​​A​​H​​K​​D​​K​468  ​S​​A​​Q​​C​​F​​K​​M​​F​​Y​​K​478  ​G​​V​​I​​T​​H​​D​​V​​S​​S​​A​488  ​I​​N​​R​​P​​Q​​I​​G​​V​​V​​R​498  ​E​​F​​L​​T​​R​​N​​P​​A​​W​​R​508  ​K​​A​​V​​F​​I​​S​​P​​Y​​N​​S​518  ​Q​​N​​A​​V​​A​​S​​K​​I​​L​​G​528  ​L​​P​​T​​Q​​T​​V​​D​​S​​S​​Q​538  ​G​​S​​E​​Y​​D​​Y​​V​​I​​F​​T​548  ​Q​​T​​T​​E​​T​​A​​H​​S​​C​​N​558  ​V​​N​​R​​F​​N​​V​​A​​I​​T​​R​568  ​A​​K​​V​​G​​I​​L​​C​​I​​M​​S​578  ​D​​R​​D​​L​​Y​​D​​K​​L​​Q​​F​588  ​T​​S​​L​​E​​I​​P​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.28 .. 1.29
-1.28
1.29
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
1
ALA
1.10
2
2
VAL
1.02
3
3
GLY
0.98
4
4
ALA
0.92
5
5
CYS
0.96
6
6
VAL
1.02
7
7
LEU
1.02
8
8
CYS
0.98
9
9
ASN
0.95
10
10
SER
0.90
11
11
GLN
0.92
12
12
THR
0.85
13
13
SER
0.78
14
14
LEU
0.70
15
15
ARG
0.57
16
16
CYS
0.62
17
17
GLY
0.61
18
18
ALA
0.54
19
19
CYS
0.50
20
20
ILE
0.41
21
21
ARG
0.42
22
22
ARG
0.36
23
23
PRO
0.42
24
24
PHE
0.41
25
25
LEU
0.33
26
26
CYS
0.20
27
27
CYS
0.18
28
28
LYS
0.20
29
29
CYS
0.25
30
30
CYS
0.26
31
31
TYR
0.31
32
32
ASP
0.37