34317 8GWN F v1-0
Structure title A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibitor of AT-527
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.38 Å
Source organism Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

Sequence of
2    ​V​​G​​A​​C​​V​​L​​C​​N​​S​​Q​12   ​T​​S​​L​​R​​C​​G​​A​​C​​I​​R​22   ​R​​P​​F​​L​​C​​C​​K​​C​​C​​Y​32   ​D​​H​​V​​I​​S​​T​​S​​H​​K​​L​42   ​V​​L​​S​​V​​N​​P​​Y​​V​​C​​N​52   ​A​​P​​G​​C​​D​​V​​T​​D​​V​​T​62   ​Q​​L​​Y​​L​​G​​G​​M​​S​​Y​​Y​72   ​C​​K​​S​​H​​K​​P​​P​​I​​S​​F​82   ​P​​L​​C​​A​​N​​G​​Q​​V​​F​​G​92   ​L​​Y​​K​​N​​T​​C​​V​​G​​S​​D​102  ​N​​V​​T​​D​​F​​N​​A​​I​​A​​T​112  ​C​​D​​W​​T​​N​​A​​G​​D​​Y​​I​122  ​L​​A​​N​​T​​C​​T​​E​​R​​L​​K​132  ​L​​F​​A​​A​​E​​T​​L​​K​​A​​T​142  ​E​​E​​T​​F​​K​​L​​S​​Y​​G​​I​152  ​A​​T​​V​​R​​E​​V​​L​​S​​D​​R​162  ​E​​L​​H​​L​​S​​W​​E​​V​​G​​K​172  ​P​​R​​P​​P​​L​​N​​R​​N​​Y​​V​182  ​F​​T​​G​​Y​​R​​V​​T​​K​​N​​S​192  ​K​​V​​Q​​I​​G​​E​​Y​​T​​F​​E​202  ​K​​G​​A​​V​​V​​Y​​R​​G​​T​​T​216  ​T​​Y​​K​​L​​N​​V​​G​​D​​Y​​F​226  ​V​​L​​T​​S​​H​​T​​V​​M​​P​​L​236  ​S​​A​​P​​T​​L​​V​​P​​Q​​E​​H​246  ​Y​​V​​R​​I​​T​​G​​L​​Y​​P​​T​256  ​L​​N​​I​​S​​D​​E​​F​​S​​S​​N​266  ​V​​A​​N​​Y​​Q​​K​​V​​G​​M​​Q​276  ​K​​Y​​S​​T​​L​​Q​​G​​P​​P​​G​286  ​T​​G​​K​​S​​H​​F​​A​​I​​G​​L​296  ​A​​L​​Y​​Y​​P​​S​​A​​R​​I​​V​306  ​Y​​T​​A​​C​​S​​H​​A​​A​​V​​D​316  ​A​​L​​C​​E​​K​​A​​L​​K​​Y​​L​326  ​P​​I​​D​​K​​C​​S​​R​​I​​I​​P​336  ​A​​V​​E​​C​​F​​D​​K​​F​​K​​V​349  ​N​​S​​T​​L​​E​​Q​​Y​​V​​F​​C​359  ​T​​V​​N​​A​​L​​P​​E​​T​​T​​A​369  ​D​​I​​V​​V​​F​​D​​E​​I​​S​​M​379  ​A​​T​​N​​Y​​D​​L​​S​​V​​V​​N​389  ​A​​R​​L​​R​​A​​K​​H​​Y​​V​​Y​399  ​I​​G​​D​​P​​A​​Q​​L​​P​​A​​P​409  ​R​​T​​L​​L​​T​​K​​G​​T​​L​​E​419  ​P​​E​​Y​​F​​N​​S​​V​​C​​R​​L​429  ​M​​K​​T​​I​​G​​P​​D​​M​​F​​L​439  ​G​​T​​C​​R​​R​​C​​P​​A​​E​​I​449  ​V​​D​​T​​V​​S​​A​​L​​V​​Y​​D​459  ​N​​K​​L​​K​​A​​H​​K​​D​​K​​S​469  ​A​​Q​​C​​F​​K​​M​​F​​Y​​K​​G​479  ​V​​I​​T​​H​​D​​V​​S​​S​​A​​I​489  ​N​​R​​P​​Q​​I​​G​​V​​V​​R​​E​499  ​F​​L​​T​​R​​N​​P​​A​​W​​R​​K​509  ​A​​V​​F​​I​​S​​P​​Y​​N​​S​​Q​519  ​N​​A​​V​​A​​S​​K​​I​​L​​G​​L​529  ​P​​T​​Q​​T​​V​​D​​S​​S​​Q​​G​539  ​S​​E​​Y​​D​​Y​​V​​I​​F​​T​​Q​549  ​T​​T​​E​​T​​A​​H​​S​​C​​N​​V​559  ​N​​R​​F​​N​​V​​A​​I​​T​​R​​A​569  ​K​​V​​G​​I​​L​​C​​I​​M​​S​​D​579  ​R​​D​​L​​Y​​D​​K​​L​​Q​​F​​T​589  ​S​​L​​E​​I​​P​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.42 .. 0.58
-0.42
0.58
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
2
VAL
-0.09
2
3
GLY
0.00
3
4
ALA
-0.12
4
5
CYS
0.01
5
6
VAL
0.15
6
7
LEU
0.20
7
8
CYS
0.21
8
9
ASN
0.19
9
10
SER
0.19
10
11
GLN
0.17
11
12
THR
0.16
12
13
SER
0.10
13
14
LEU
0.18
14
15
ARG
0.22
15
16
CYS
0.32
16
17
GLY
0.32
17
18
ALA
0.24
18
19
CYS
0.22
19
20
ILE
0.24
20
21
ARG
0.28
21
22
ARG
0.23
22
23
PRO
0.32
23
24
PHE
0.22
24
25
LEU
0.14
25
26
CYS
0.05
26
27
CYS
0.06
27
28
LYS
0.06
28
29
CYS
0.06
29
30
CYS
0.07
30
31
TYR
0.10
31
32
ASP
0.08
32
33
HIS
0.05
Sequence of
2    ​V​​G​​A​​C​​V​​L​​C​​N​​S​​Q​12   ​T​​S​​L​​R​​C​​G​​A​​C​​I​​R​22   ​R​​P​​F​​L​​C​​C​​K​​C​​C​​Y​32   ​D​​H​​V​​I​​S​​T​​S​​H​​K​​L​42   ​V​​L​​S​​V​​N​​P​​Y​​V​​C​​N​52   ​A​​P​​G​​C​​D​​V​​T​​D​​V​​T​62   ​Q​​L​​Y​​L​​G​​G​​M​​S​​Y​​Y​72   ​C​​K​​S​​H​​K​​P​​P​​I​​S​​F​82   ​P​​L​​C​​A​​N​​G​​Q​​V​​F​​G​92   ​L​​Y​​K​​N​​T​​C​​V​​G​​S​​D​102  ​N​​V​​T​​D​​F​​N​​A​​I​​A​​T​112  ​C​​D​​W​​T​​N​​A​​G​​D​​Y​​I​122  ​L​​A​​N​​T​​C​​T​​E​​R​​L​​K​132  ​L​​F​​A​​A​​E​​T​​L​​K​​A​​T​142  ​E​​E​​T​​F​​K​​L​​S​​Y​​G​​I​152  ​A​​T​​V​​R​​E​​V​​L​​S​​D​​R​162  ​E​​L​​H​​L​​S​​W​​E​​V​​G​​K​172  ​P​​R​​P​​P​​L​​N​​R​​N​​Y​​V​182  ​F​​T​​G​​Y​​R​​V​​T​​K​​N​​S​192  ​K​​V​​Q​​I​​G​​E​​Y​​T​​F​​E​202  ​K​​G​​A​​V​​V​​Y​​R​​G​​T​​T​216  ​T​​Y​​K​​L​​N​​V​​G​​D​​Y​​F​226  ​V​​L​​T​​S​​H​​T​​V​​M​​P​​L​236  ​S​​A​​P​​T​​L​​V​​P​​Q​​E​​H​246  ​Y​​V​​R​​I​​T​​G​​L​​Y​​P​​T​256  ​L​​N​​I​​S​​D​​E​​F​​S​​S​​N​266  ​V​​A​​N​​Y​​Q​​K​​V​​G​​M​​Q​276  ​K​​Y​​S​​T​​L​​Q​​G​​P​​P​​G​286  ​T​​G​​K​​S​​H​​F​​A​​I​​G​​L​296  ​A​​L​​Y​​Y​​P​​S​​A​​R​​I​​V​306  ​Y​​T​​A​​C​​S​​H​​A​​A​​V​​D​316  ​A​​L​​C​​E​​K​​A​​L​​K​​Y​​L​326  ​P​​I​​D​​K​​C​​S​​R​​I​​I​​P​336  ​A​​V​​E​​C​​F​​D​​K​​F​​K​​V​349  ​N​​S​​T​​L​​E​​Q​​Y​​V​​F​​C​359  ​T​​V​​N​​A​​L​​P​​E​​T​​T​​A​369  ​D​​I​​V​​V​​F​​D​​E​​I​​S​​M​379  ​A​​T​​N​​Y​​D​​L​​S​​V​​V​​N​389  ​A​​R​​L​​R​​A​​K​​H​​Y​​V​​Y​399  ​I​​G​​D​​P​​A​​Q​​L​​P​​A​​P​409  ​R​​T​​L​​L​​T​​K​​G​​T​​L​​E​419  ​P​​E​​Y​​F​​N​​S​​V​​C​​R​​L​429  ​M​​K​​T​​I​​G​​P​​D​​M​​F​​L​439  ​G​​T​​C​​R​​R​​C​​P​​A​​E​​I​449  ​V​​D​​T​​V​​S​​A​​L​​V​​Y​​D​459  ​N​​K​​L​​K​​A​​H​​K​​D​​K​​S​469  ​A​​Q​​C​​F​​K​​M​​F​​Y​​K​​G​479  ​V​​I​​T​​H​​D​​V​​S​​S​​A​​I​489  ​N​​R​​P​​Q​​I​​G​​V​​V​​R​​E​499  ​F​​L​​T​​R​​N​​P​​A​​W​​R​​K​509  ​A​​V​​F​​I​​S​​P​​Y​​N​​S​​Q​519  ​N​​A​​V​​A​​S​​K​​I​​L​​G​​L​529  ​P​​T​​Q​​T​​V​​D​​S​​S​​Q​​G​539  ​S​​E​​Y​​D​​Y​​V​​I​​F​​T​​Q​549  ​T​​T​​E​​T​​A​​H​​S​​C​​N​​V​559  ​N​​R​​F​​N​​V​​A​​I​​T​​R​​A​569  ​K​​V​​G​​I​​L​​C​​I​​M​​S​​D​579  ​R​​D​​L​​Y​​D​​K​​L​​Q​​F​​T​589  ​S​​L​​E​​I​​P​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.51 .. 0.57
-0.51
0.57
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
2
VAL
-0.01
2
3
GLY
0.10
3
4
ALA
0.17
4
5
CYS
0.13
5
6
VAL
0.22
6
7
LEU
0.20
7
8
CYS
0.19
8
9
ASN
0.19
9
10
SER
0.20
10
11
GLN
0.22
11
12
THR
0.21
12
13
SER
0.24
13
14
LEU
0.28
14
15
ARG
0.26
15
16
CYS
0.32
16
17
GLY
0.31
17
18
ALA
0.25
18
19
CYS
0.34
19
20
ILE
0.35
20
21
ARG
0.32
21
22
ARG
0.18
22
23
PRO
0.11
23
24
PHE
0.11
24
25
LEU
0.11
25
26
CYS
0.14
26
27
CYS
0.10
27
28
LYS
0.09
28
29
CYS
0.05
29
30
CYS
0.01
30
31
TYR
0.03
31
32
ASP
-0.03
32
33
HIS
0.00
Converting to mmCIF
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.96 .. 0.56
-0.96
0.56
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
2
VAL
-0.18
2
3
GLY
-0.21
3
4
ALA
-0.21
4
5
CYS
-0.26
5
6
VAL
-0.26
6
7
LEU
-0.25
7
8
CYS
-0.22
8
9
ASN
-0.20
9
10
SER
-0.18
10
11
GLN
-0.17
11
12
THR
-0.18
12
13
SER
-0.18
13
14
LEU
-0.20
14
15
ARG
-0.28
15
16
CYS
-0.30
16
17
GLY
-0.15
17
18
ALA
-0.15
18
19
CYS
-0.15
19
20
ILE
-0.19
20
21
ARG
-0.19
21
22
ARG
-0.18
22
23
PRO
-0.16
23
24
PHE
-0.10
24
25
LEU
-0.09
25
26
CYS
-0.09
26
27
CYS
-0.11
27
28
LYS
-0.11
28
29
CYS
-0.10
29
30
CYS
-0.10
30
31
TYR
-0.08
31
32
ASP
-0.06
32
33
HIS
0.00
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.94 .. 1.43
-0.94
1.43
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
2
VAL
-0.28
2
3
GLY
-0.11
3
4
ALA
-0.16
4
5
CYS
-0.11
5
6
VAL
0.10
6
7
LEU
0.15
7
8
CYS
0.18
8
9
ASN
0.18
9
10
SER
0.21
10
11
GLN
0.23
11
12
THR
0.19
12
13
SER
0.16
13
14
LEU
0.25
14
15
ARG
0.20
15
16
CYS
0.34
16
17
GLY
0.48
17
18
ALA
0.34
18
19
CYS
0.41
19
20
ILE
0.40
20
21
ARG
0.40
21
22
ARG
0.23
22
23
PRO
0.26
23
24
PHE
0.22
24
25
LEU
0.16
25
26
CYS
0.10
26
27
CYS
0.06
27
28
LYS
0.04
28
29
CYS
0.00
29
30
CYS
-0.02
30
31
TYR
0.05
31
32
ASP
-0.01
32
33
HIS
0.05