37096 8KC7 B v1-2
Structure title Rpd3S histone deacetylase complex
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.46 Å
Source organism Saccharomyces cerevisiae S288C

Sequence of
661  ​S​​L​​N​​E​​E​​V​​T​​F​​F​​E​671  ​K​​A​​K​​R​​Y​​I​​G​​N​​K​​H​681  ​L​​Y​​T​​E​​F​​L​​K​​I​​L​​N​691  ​L​​Y​​S​​Q​​D​​I​​L​​D​​L​​D​701  ​D​​L​​V​​E​​K​​V​​D​​F​​Y​​L​711  ​G​​S​​N​​K​​E​​L​​F​​T​​W​​F​721  ​K​​N​​F​​V​​G​​Y​​Q​​A​​F​​G​753  ​P​​S​​Y​​K​​R​​L​​P​​K​​S​​D​763  ​T​​F​​M​​P​​C​​S​​G​​R​​D​​D​773  ​M​​C​​W​​E​​V​​L​​N​​D​​E​​W​783  ​V​​G​​H​​P​​V​​W​​A​​S​​E​​D​793  ​S​​G​​F​​I​​A​​H​​R​​K​​N​​Q​803  ​Y​​E​​E​​T​​L​​F​​K​​I​​E​​E​813  ​E​​R​​H​​E​​Y​​D​​F​​Y​​I​​E​823  ​S​​N​​L​​R​​T​​I​​Q​​C​​L​​E​833  ​T​​I​​V​​N​​K​​I​​E​​N​​M​​T​843  ​E​​N​​E​​K​​A​​N​​F​​K​​L​​P​853  ​P​​G​​L​​G​​H​​T​​S​​M​​T​​I​863  ​Y​​K​​K​​V​​I​​R​​K​​V​​Y​​D​873  ​K​​E​​R​​G​​F​​E​​I​​I​​D​​A​883  ​L​​H​​E​​H​​P​​A​​V​​T​​A​​P​893  ​V​​V​​L​​K​​R​​L​​K​​Q​​K​​D​903  ​E​​E​​W​​R​​R​​A​​Q​​R​​E​​W​913  ​N​​K​​V​​W​​R​​E​​L​​E​​Q​​K​923  ​V​​F​​F​​K​​S​​L​​D​​H​​L​​G​933  ​L​​T​​F​​K​​Q​​A​​D​​K​​K​​L​943  ​L​​T​​T​​K​​Q​​L​​I​​S​​E​​I​953  ​S​​S​​I​​K​​V​​D​​Q​​T​​N​​K​963  ​K​​I​​H​​W​​L​​T​​P​​K​​P​​K​973  ​S​​Q​​L​​D​​F​​D​​F​​P​​D​​K​983  ​N​​I​​F​​Y​​D​​I​​L​​C​​L​​A​993  ​D​​T​​F​​I​​T​​H​​T​​T​​A​​Y​1003 ​S​​N​​P​​D​​K​​E​​R​​L​​K​​D​1013 ​L​​L​​K​​Y​​F​​I​​S​​L​​F​​F​1023 ​S​​I​​S​​F​​E​​K​​I​​E​​E​​I​1136 ​F​​N​​L​​F​​A​​N​​T​​N​​I​​Y​1146 ​I​​F​​F​​R​​H​​W​​T​​T​​I​​Y​1156 ​E​​R​​L​​L​​E​​I​​K​​Q​​M​​N​1166 ​E​​R​​V​​T​​K​​E​​I​​N​​T​​R​1176 ​S​​T​​V​​T​​F​​A​​K​​D​​L​​D​1186 ​L​​L​​S​​S​​Q​​L​​S​​E​​M​​G​1196 ​L​​D​​F​​V​​G​​E​​D​​A​​Y​​K​1206 ​Q​​V​​L​​R​​L​​S​​R​​R​​L​​I​1216 ​N​​G​​D​​L​​E​​H​​Q​​W​​F​​E​1226 ​E​​S​​L​​R​​Q​​A​​Y​​N​​N​​K​1236 ​A​​F​​K​​L​​Y​​T​​I​​D​​K​​V​1246 ​T​​Q​​S​​L​​V​​K​​H​​A​​H​​T​1256 ​L​​M​​T​​D​​A​​K​​T​​A​​E​​I​1266 ​M​​A​​L​​F​​V​​K​​D​​R​​N​​A​1276 ​S​​T​​T​​S​​A​​K​​D​​Q​​I​​I​1286 ​Y​​R​​L​​Q​​V​​R​​S​​H​​M​​S​1296 ​N​​T​​E​​N​​M​​F​​R​​I​​E​​F​1306 ​D​​K​​R​​T​​L​​H​​V​​S​​I​​Q​1316 ​Y​​I​​A​​L​​D​​D​​L​​T​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.12 .. 1.06
-0.12
1.06
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
661
SER
0.61
2
662
LEU
0.70
3
663
ASN
0.84
4
664
GLU
0.83
5
665
GLU
0.76
6
666
VAL
0.66
7
667
THR
0.63
8
668
PHE
0.58
9
669
PHE
0.57
10
670
GLU
0.58
11
671
LYS
0.66
12
672
ALA
0.68
13
673
LYS
0.78
14
674
ARG
0.76
15
675
TYR
0.85
16
676
ILE
0.82
17
677
GLY
0.91
18
678
ASN
0.91
19
679
LYS
0.92
20
680
HIS
0.95
21
681
LEU
0.91
22
682
TYR
0.83
23
683
THR
0.87
24
684
GLU
0.82
25
685
PHE
0.82
26
686
LEU
0.87
27
687
LYS
0.86
28
688
ILE
0.88
29
689
LEU
0.91
30
690
ASN
0.85
31
691
LEU
0.85
32
692
TYR
0.83
Sequence of
661  ​S​​L​​N​​E​​E​​V​​T​​F​​F​​E​671  ​K​​A​​K​​R​​Y​​I​​G​​N​​K​​H​681  ​L​​Y​​T​​E​​F​​L​​K​​I​​L​​N​691  ​L​​Y​​S​​Q​​D​​I​​L​​D​​L​​D​701  ​D​​L​​V​​E​​K​​V​​D​​F​​Y​​L​711  ​G​​S​​N​​K​​E​​L​​F​​T​​W​​F​721  ​K​​N​​F​​V​​G​​Y​​Q​​A​​F​​G​753  ​P​​S​​Y​​K​​R​​L​​P​​K​​S​​D​763  ​T​​F​​M​​P​​C​​S​​G​​R​​D​​D​773  ​M​​C​​W​​E​​V​​L​​N​​D​​E​​W​783  ​V​​G​​H​​P​​V​​W​​A​​S​​E​​D​793  ​S​​G​​F​​I​​A​​H​​R​​K​​N​​Q​803  ​Y​​E​​E​​T​​L​​F​​K​​I​​E​​E​813  ​E​​R​​H​​E​​Y​​D​​F​​Y​​I​​E​823  ​S​​N​​L​​R​​T​​I​​Q​​C​​L​​E​833  ​T​​I​​V​​N​​K​​I​​E​​N​​M​​T​843  ​E​​N​​E​​K​​A​​N​​F​​K​​L​​P​853  ​P​​G​​L​​G​​H​​T​​S​​M​​T​​I​863  ​Y​​K​​K​​V​​I​​R​​K​​V​​Y​​D​873  ​K​​E​​R​​G​​F​​E​​I​​I​​D​​A​883  ​L​​H​​E​​H​​P​​A​​V​​T​​A​​P​893  ​V​​V​​L​​K​​R​​L​​K​​Q​​K​​D​903  ​E​​E​​W​​R​​R​​A​​Q​​R​​E​​W​913  ​N​​K​​V​​W​​R​​E​​L​​E​​Q​​K​923  ​V​​F​​F​​K​​S​​L​​D​​H​​L​​G​933  ​L​​T​​F​​K​​Q​​A​​D​​K​​K​​L​943  ​L​​T​​T​​K​​Q​​L​​I​​S​​E​​I​953  ​S​​S​​I​​K​​V​​D​​Q​​T​​N​​K​963  ​K​​I​​H​​W​​L​​T​​P​​K​​P​​K​973  ​S​​Q​​L​​D​​F​​D​​F​​P​​D​​K​983  ​N​​I​​F​​Y​​D​​I​​L​​C​​L​​A​993  ​D​​T​​F​​I​​T​​H​​T​​T​​A​​Y​1003 ​S​​N​​P​​D​​K​​E​​R​​L​​K​​D​1013 ​L​​L​​K​​Y​​F​​I​​S​​L​​F​​F​1023 ​S​​I​​S​​F​​E​​K​​I​​E​​E​​I​1136 ​F​​N​​L​​F​​A​​N​​T​​N​​I​​Y​1146 ​I​​F​​F​​R​​H​​W​​T​​T​​I​​Y​1156 ​E​​R​​L​​L​​E​​I​​K​​Q​​M​​N​1166 ​E​​R​​V​​T​​K​​E​​I​​N​​T​​R​1176 ​S​​T​​V​​T​​F​​A​​K​​D​​L​​D​1186 ​L​​L​​S​​S​​Q​​L​​S​​E​​M​​G​1196 ​L​​D​​F​​V​​G​​E​​D​​A​​Y​​K​1206 ​Q​​V​​L​​R​​L​​S​​R​​R​​L​​I​1216 ​N​​G​​D​​L​​E​​H​​Q​​W​​F​​E​1226 ​E​​S​​L​​R​​Q​​A​​Y​​N​​N​​K​1236 ​A​​F​​K​​L​​Y​​T​​I​​D​​K​​V​1246 ​T​​Q​​S​​L​​V​​K​​H​​A​​H​​T​1256 ​L​​M​​T​​D​​A​​K​​T​​A​​E​​I​1266 ​M​​A​​L​​F​​V​​K​​D​​R​​N​​A​1276 ​S​​T​​T​​S​​A​​K​​D​​Q​​I​​I​1286 ​Y​​R​​L​​Q​​V​​R​​S​​H​​M​​S​1296 ​N​​T​​E​​N​​M​​F​​R​​I​​E​​F​1306 ​D​​K​​R​​T​​L​​H​​V​​S​​I​​Q​1316 ​Y​​I​​A​​L​​D​​D​​L​​T​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.24 .. 1.12
-0.24
1.12
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
661
SER
0.69
2
662
LEU
0.51
3
663
ASN
0.58
4
664
GLU
0.61
5
665
GLU
0.61
6
666
VAL
0.56
7
667
THR
0.58
8
668
PHE
0.61
9
669
PHE
0.61
10
670
GLU
0.57
11
671
LYS
0.56
12
672
ALA
0.51
13
673
LYS
0.54
14
674
ARG
0.48
15
675
TYR
0.40
16
676
ILE
0.45
17
677
GLY
0.47
18
678
ASN
0.57
19
679
LYS
0.58
20
680
HIS
0.56
21
681
LEU
0.68
22
682
TYR
0.62
23
683
THR
0.57
24
684
GLU
0.57
25
685
PHE
0.65
26
686
LEU
0.61
27
687
LYS
0.55
28
688
ILE
0.56
29
689
LEU
0.61
30
690
ASN
0.61
31
691
LEU
0.73
32
692
TYR
0.73
Sequence of
661  ​S​​L​​N​​E​​E​​V​​T​​F​​F​​E​671  ​K​​A​​K​​R​​Y​​I​​G​​N​​K​​H​681  ​L​​Y​​T​​E​​F​​L​​K​​I​​L​​N​691  ​L​​Y​​S​​Q​​D​​I​​L​​D​​L​​D​701  ​D​​L​​V​​E​​K​​V​​D​​F​​Y​​L​711  ​G​​S​​N​​K​​E​​L​​F​​T​​W​​F​721  ​K​​N​​F​​V​​G​​Y​​Q​​A​​F​​G​753  ​P​​S​​Y​​K​​R​​L​​P​​K​​S​​D​763  ​T​​F​​M​​P​​C​​S​​G​​R​​D​​D​773  ​M​​C​​W​​E​​V​​L​​N​​D​​E​​W​783  ​V​​G​​H​​P​​V​​W​​A​​S​​E​​D​793  ​S​​G​​F​​I​​A​​H​​R​​K​​N​​Q​803  ​Y​​E​​E​​T​​L​​F​​K​​I​​E​​E​813  ​E​​R​​H​​E​​Y​​D​​F​​Y​​I​​E​823  ​S​​N​​L​​R​​T​​I​​Q​​C​​L​​E​833  ​T​​I​​V​​N​​K​​I​​E​​N​​M​​T​843  ​E​​N​​E​​K​​A​​N​​F​​K​​L​​P​853  ​P​​G​​L​​G​​H​​T​​S​​M​​T​​I​863  ​Y​​K​​K​​V​​I​​R​​K​​V​​Y​​D​873  ​K​​E​​R​​G​​F​​E​​I​​I​​D​​A​883  ​L​​H​​E​​H​​P​​A​​V​​T​​A​​P​893  ​V​​V​​L​​K​​R​​L​​K​​Q​​K​​D​903  ​E​​E​​W​​R​​R​​A​​Q​​R​​E​​W​913  ​N​​K​​V​​W​​R​​E​​L​​E​​Q​​K​923  ​V​​F​​F​​K​​S​​L​​D​​H​​L​​G​933  ​L​​T​​F​​K​​Q​​A​​D​​K​​K​​L​943  ​L​​T​​T​​K​​Q​​L​​I​​S​​E​​I​953  ​S​​S​​I​​K​​V​​D​​Q​​T​​N​​K​963  ​K​​I​​H​​W​​L​​T​​P​​K​​P​​K​973  ​S​​Q​​L​​D​​F​​D​​F​​P​​D​​K​983  ​N​​I​​F​​Y​​D​​I​​L​​C​​L​​A​993  ​D​​T​​F​​I​​T​​H​​T​​T​​A​​Y​1003 ​S​​N​​P​​D​​K​​E​​R​​L​​K​​D​1013 ​L​​L​​K​​Y​​F​​I​​S​​L​​F​​F​1023 ​S​​I​​S​​F​​E​​K​​I​​E​​E​​I​1136 ​F​​N​​L​​F​​A​​N​​T​​N​​I​​Y​1146 ​I​​F​​F​​R​​H​​W​​T​​T​​I​​Y​1156 ​E​​R​​L​​L​​E​​I​​K​​Q​​M​​N​1166 ​E​​R​​V​​T​​K​​E​​I​​N​​T​​R​1176 ​S​​T​​V​​T​​F​​A​​K​​D​​L​​D​1186 ​L​​L​​S​​S​​Q​​L​​S​​E​​M​​G​1196 ​L​​D​​F​​V​​G​​E​​D​​A​​Y​​K​1206 ​Q​​V​​L​​R​​L​​S​​R​​R​​L​​I​1216 ​N​​G​​D​​L​​E​​H​​Q​​W​​F​​E​1226 ​E​​S​​L​​R​​Q​​A​​Y​​N​​N​​K​1236 ​A​​F​​K​​L​​Y​​T​​I​​D​​K​​V​1246 ​T​​Q​​S​​L​​V​​K​​H​​A​​H​​T​1256 ​L​​M​​T​​D​​A​​K​​T​​A​​E​​I​1266 ​M​​A​​L​​F​​V​​K​​D​​R​​N​​A​1276 ​S​​T​​T​​S​​A​​K​​D​​Q​​I​​I​1286 ​Y​​R​​L​​Q​​V​​R​​S​​H​​M​​S​1296 ​N​​T​​E​​N​​M​​F​​R​​I​​E​​F​1306 ​D​​K​​R​​T​​L​​H​​V​​S​​I​​Q​1316 ​Y​​I​​A​​L​​D​​D​​L​​T​​L​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.80 .. 1.70
-0.80
1.70
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
661
SER
0.35
2
662
LEU
0.37
3
663
ASN
0.38
4
664
GLU
0.39
5
665
GLU
0.37
6
666
VAL
0.36
7
667
THR
0.33
8
668
PHE
0.36
9
669
PHE
0.38
10
670
GLU
0.37
11
671
LYS
0.39
12
672
ALA
0.42
13
673
LYS
0.44
14
674
ARG
0.45
15
675
TYR
0.46
16
676
ILE
0.47
17
677
GLY
0.47
18
678
ASN
0.47
19
679
LYS
0.47
20
680
HIS
0.47
21
681
LEU
0.47
22
682
TYR
0.47
23
683
THR
0.47
24
684
GLU
0.47
25
685
PHE
0.47
26
686
LEU
0.51
27
687
LYS
0.50
28
688
ILE
0.50
29
689
LEU
0.53
30
690
ASN
0.51
31
691
LEU
0.50
32
692
TYR
0.50
Sequence of
661  ​S​​L​​N​​E​​E​​V​​T​​F​​F​​E​671  ​K​​A​​K​​R​​Y​​I​​G​​N​​K​​H​681  ​L​​Y​​T​​E​​F​​L​​K​​I​​L​​N​691  ​L​​Y​​S​​Q​​D​​I​​L​​D​​L​​D​701  ​D​​L​​V​​E​​K​​V​​D​​F​​Y​​L​711  ​G​​S​​N​​K​​E​​L​​F​​T​​W​​F​721  ​K​​N​​F​​V​​G​​Y​​Q​​A​​F​​G​753  ​P​​S​​Y​​K​​R​​L​​P​​K​​S​​D​763  ​T​​F​​M​​P​​C​​S​​G​​R​​D​​D​773  ​M​​C​​W​​E​​V​​L​​N​​D​​E​​W​783  ​V​​G​​H​​P​​V​​W​​A​​S​​E​​D​793  ​S​​G​​F​​I​​A​​H​​R​​K​​N​​Q​803  ​Y​​E​​E​​T​​L​​F​​K​​I​​E​​E​813  ​E​​R​​H​​E​​Y​​D​​F​​Y​​I​​E​823  ​S​​N​​L​​R​​T​​I​​Q​​C​​L​​E​833  ​T​​I​​V​​N​​K​​I​​E​​N​​M​​T​843  ​E​​N​​E​​K​​A​​N​​F​​K​​L​​P​853  ​P​​G​​L​​G​​H​​T​​S​​M​​T​​I​863  ​Y​​K​​K​​V​​I​​R​​K​​V​​Y​​D​873  ​K​​E​​R​​G​​F​​E​​I​​I​​D​​A​883  ​L​​H​​E​​H​​P​​A​​V​​T​​A​​P​893  ​V​​V​​L​​K​​R​​L​​K​​Q​​K​​D​903  ​E​​E​​W​​R​​R​​A​​Q​​R​​E​​W​913  ​N​​K​​V​​W​​R​​E​​L​​E​​Q​​K​923  ​V​​F​​F​​K​​S​​L​​D​​H​​L​​G​933  ​L​​T​​F​​K​​Q​​A​​D​​K​​K​​L​943  ​L​​T​​T​​K​​Q​​L​​I​​S​​E​​I​953  ​S​​S​​I​​K​​V​​D​​Q​​T​​N​​K​963  ​K​​I​​H​​W​​L​​T​​P​​K​​P​​K​973  ​S​​Q​​L​​D​​F​​D​​F​​P​​D​​K​983  ​N​​I​​F​​Y​​D​​I​​L​​C​​L​​A​993  ​D​​T​​F​​I​​T​​H​​T​​T​​A​​Y​1003 ​S​​N​​P​​D​​K​​E​​R​​L​​K​​D​1013 ​L​​L​​K​​Y​​F​​I​​S​​L​​F​​F​1023 ​S​​I​​S​​F​​E​​K​​I​​E​​E​​I​1136 ​F​​N​​L​​F​​A​​N​​T​​N​​I​​Y​1146 ​I​​F​​F​​R​​H​​W​​T​​T​​I​​Y​1156 ​E​​R​​L​​L​​E​​I​​K​​Q​​M​​N​1166 ​E​​R​​V​​T​​K​​E​​I​​N​​T​​R​1176 ​S​​T​​V​​T​​F​​A​​K​​D​​L​​D​1186 ​L​​L​​S​​S​​Q​​L​​S​​E​​M​​G​1196 ​L​​D​​F​​V​​G​​E​​D​​A​​Y​​K​1206 ​Q​​V​​L​​R​​L​​S​​R​​R​​L​​I​1216 ​N​​G​​D​​L​​E​​H​​Q​​W​​F​​E​1226 ​E​​S​​L​​R​​Q​​A​​Y​​N​​N​​K​1236 ​A​​F​​K​​L​​Y​​T​​I​​D​​K​​V​1246 ​T​​Q​​S​​L​​V​​K​​H​​A​​H​​T​1256 ​L​​M​​T​​D​​A​​K​​T​​A​​E​​I​1266 ​M​​A​​L​​F​​V​​K​​D​​R​​N​​A​1276 ​S​​T​​T​​S​​A​​K​​D​​Q​​I​​I​1286 ​Y​​R​​L​​Q​​V​​R​​S​​H​​M​​S​1296 ​N​​T​​E​​N​​M​​F​​R​​I​​E​​F​1306 ​D​​K​​R​​T​​L​​H​​V​​S​​I​​Q​1316 ​Y​​I​​A​​L​​D​​D​​L​​T​​L​
colorbar

DAQ Score Table