39918 8ZC0 A v1-1
Structure title SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer (6P) in complex with 3 D1F6 Fabs (2 RBD up)
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 4.17 Å
Source organism Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

Sequence of
27   ​S​​Y​​T​​N​​S​​F​​T​​R​​G​​V​37   ​Y​​Y​​P​​D​​K​​V​​F​​R​​S​​S​47   ​V​​L​​H​​S​​T​​Q​​D​​L​​F​​L​57   ​P​​F​​F​​S​​N​​V​​T​​W​​F​​H​67   ​A​​I​​P​​V​​L​​P​​F​​N​​D​​G​90   ​V​​Y​​F​​A​​S​​T​​E​​N​​I​​I​102  ​R​​G​​W​​I​​F​​G​​T​​T​​L​​D​112  ​S​​K​​T​​Q​​S​​L​​L​​I​​V​​N​122  ​N​​A​​T​​N​​V​​V​​I​​K​​V​​C​132  ​E​​F​​Q​​F​​C​​N​​D​​P​​F​​L​142  ​D​​S​​E​​F​​R​​V​​Y​​F​​E​​Y​171  ​V​​S​​Q​​P​​F​​L​​K​​N​​L​​R​191  ​E​​F​​V​​F​​K​​N​​I​​D​​G​​Y​201  ​F​​K​​I​​Y​​S​​K​​H​​T​​P​​I​216  ​L​​P​​Q​​G​​F​​S​​A​​L​​E​​P​226  ​L​​V​​D​​L​​P​​I​​G​​I​​N​​I​236  ​T​​R​​F​​Q​​T​​L​​L​​A​​L​​H​246  ​R​​S​​A​​A​​Y​​Y​​V​​G​​Y​​L​271  ​Q​​P​​R​​T​​F​​L​​L​​K​​Y​​N​281  ​E​​N​​G​​T​​I​​T​​D​​A​​V​​D​291  ​C​​A​​L​​D​​P​​L​​S​​E​​T​​K​301  ​C​​T​​L​​K​​S​​F​​T​​V​​E​​K​311  ​G​​I​​Y​​Q​​T​​S​​N​​F​​R​​V​321  ​Q​​P​​T​​E​​S​​I​​V​​R​​F​​P​331  ​N​​I​​T​​N​​L​​C​​P​​F​​D​​E​341  ​V​​F​​N​​A​​T​​R​​F​​A​​S​​V​351  ​Y​​A​​W​​N​​R​​K​​R​​I​​S​​N​361  ​C​​V​​A​​D​​Y​​S​​V​​L​​Y​​N​371  ​F​​A​​P​​F​​F​​A​​F​​K​​C​​Y​381  ​G​​V​​S​​P​​T​​K​​L​​N​​D​​L​391  ​C​​F​​T​​N​​V​​Y​​A​​D​​S​​F​401  ​V​​I​​R​​G​​N​​E​​V​​S​​Q​​I​411  ​A​​P​​G​​Q​​T​​G​​N​​I​​A​​D​421  ​Y​​N​​Y​​K​​L​​P​​D​​D​​F​​T​431  ​G​​C​​V​​I​​A​​W​​N​​S​​N​​K​441  ​L​​D​​S​​K​​V​​G​​G​​N​​Y​​N​451  ​Y​​L​​Y​​R​​L​​F​​R​​K​​S​​N​461  ​L​​K​​P​​F​​E​​R​​D​​I​​S​​T​471  ​E​​I​​Y​​Q​​A​​G​​N​​K​​P​​C​481  ​N​​G​​V​​A​​G​​F​​N​​C​​Y​​F​491  ​P​​L​​R​​S​​Y​​G​​F​​R​​P​​T​501  ​Y​​G​​V​​G​​H​​Q​​P​​Y​​R​​V​511  ​V​​V​​L​​S​​F​​E​​L​​L​​H​​A​521  ​P​​A​​T​​V​​C​​G​​P​​K​​K​​S​531  ​T​​N​​L​​V​​K​​N​​K​​C​​V​​N​541  ​F​​N​​F​​N​​G​​L​​T​​G​​T​​G​551  ​V​​L​​T​​E​​S​​N​​K​​K​​F​​L​561  ​P​​F​​Q​​Q​​F​​G​​R​​D​​I​​A​571  ​D​​T​​T​​D​​A​​V​​R​​D​​P​​Q​581  ​T​​L​​E​​I​​L​​D​​I​​T​​P​​C​591  ​S​​F​​G​​G​​V​​S​​V​​I​​T​​P​601  ​G​​T​​N​​T​​S​​N​​Q​​V​​A​​V​611  ​L​​Y​​Q​​G​​V​​N​​C​​T​​E​​V​641  ​N​​V​​F​​Q​​T​​R​​A​​G​​C​​L​651  ​I​​G​​A​​E​​Y​​V​​N​​N​​S​​Y​661  ​E​​C​​D​​I​​P​​I​​G​​A​​G​​I​671  ​C​​A​​S​​Y​​Q​​S​​I​​I​​A​​Y​696  ​T​​M​​S​​L​​G​​A​​E​​N​​S​​V​706  ​A​​Y​​S​​N​​N​​S​​I​​A​​I​​P​716  ​T​​N​​F​​T​​I​​S​​V​​T​​T​​E​726  ​I​​L​​P​​V​​S​​M​​T​​K​​T​​S​736  ​V​​D​​C​​T​​M​​Y​​I​​C​​G​​D​746  ​S​​T​​E​​C​​S​​N​​L​​L​​L​​Q​756  ​Y​​G​​S​​F​​C​​T​​Q​​L​​K​​R​766  ​A​​L​​T​​G​​I​​A​​V​​E​​Q​​D​776  ​K​​N​​T​​Q​​E​​V​​F​​A​​Q​​V​786  ​K​​Q​​I​​Y​​K​​T​​P​​P​​I​​K​796  ​Y​​F​​G​​G​​F​​N​​F​​S​​Q​​I​806  ​L​​P​​D​​P​​S​​K​​P​​S​​K​​R​816  ​S​​P​​I​​E​​D​​L​​L​​F​​N​​K​826  ​V​​T​​N​​G​​L​​T​​V​​L​​P​​P​864  ​L​​L​​T​​D​​E​​M​​I​​A​​Q​​Y​874  ​T​​S​​A​​L​​L​​A​​G​​T​​I​​T​884  ​S​​G​​W​​T​​F​​G​​A​​G​​P​​A​894  ​L​​Q​​I​​P​​F​​P​​M​​Q​​M​​A​904  ​Y​​R​​F​​N​​G​​I​​G​​V​​T​​Q​914  ​N​​V​​L​​Y​​E​​N​​Q​​K​​L​​I​924  ​A​​N​​Q​​F​​N​​S​​A​​I​​G​​K​934  ​I​​Q​​D​​S​​L​​S​​S​​T​​P​​S​944  ​A​​L​​G​​K​​L​​Q​​D​​V​​V​​N​954  ​H​​N​​A​​Q​​A​​L​​N​​T​​L​​V​964  ​K​​Q​​L​​S​​S​​K​​F​​G​​A​​I​974  ​S​​S​​V​​L​​N​​D​​I​​L​​S​​R​984  ​L​​D​​P​​P​​E​​A​​E​​V​​Q​​I​994  ​D​​R​​L​​I​​T​​G​​R​​L​​Q​​S​1004 ​L​​Q​​T​​Y​​V​​T​​Q​​Q​​L​​I​1014 ​R​​A​​A​​E​​I​​R​​A​​S​​A​​N​1024 ​L​​A​​A​​T​​K​​M​​S​​E​​C​​V​1034 ​L​​G​​Q​​S​​K​​R​​V​​D​​F​​C​1044 ​G​​K​​G​​Y​​H​​L​​M​​S​​F​​P​1054 ​Q​​S​​A​​P​​H​​G​​V​​V​​F​​L​1064 ​H​​V​​T​​Y​​V​​P​​A​​Q​​E​​K​1074 ​N​​F​​T​​T​​A​​P​​A​​I​​C​​H​1084 ​D​​G​​K​​A​​H​​F​​P​​R​​E​​G​1094 ​V​​F​​V​​S​​N​​G​​T​​H​​W​​F​1104 ​V​​T​​Q​​R​​N​​F​​Y​​E​​P​​Q​1114 ​I​​I​​T​​T​​D​​N​​T​​F​​V​​S​1124 ​G​​N​​C​​D​​V​​V​​I​​G​​I​​V​1134 ​N​​N​​T​​V​​Y​​D​​P​​L​​Q​​P​1144 ​E​​L​​D​​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.22 .. 1.60
-0.22
1.60
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
27
SER
0.04
2
28
TYR
0.14
3
29
THR
0.25
4
30
ASN
0.39
5
31
SER
0.43
6
32
PHE
0.48
7
33
THR
0.50
8
34
ARG
0.51
9
35
GLY
0.51
10
36
VAL
0.55
11
37
TYR
0.53
12
38
TYR
0.51
13
39
PRO
0.59
14
40
ASP
0.59
15
41
LYS
0.66
16
42
VAL
0.65
17
43
PHE
0.80
18
44
ARG
0.82
19
45
SER
0.83
20
46
SER
0.83
21
47
VAL
0.84
22
48
LEU
0.74
23
49
HIS
0.68
24
50
SER
0.65
25
51
THR
0.65
26
52
GLN
0.58
27
53
ASP
0.60
28
54
LEU
0.55
29
55
PHE
0.60
30
56
LEU
0.68
31
57
PRO
0.75
32
58
PHE
0.74
Sequence of
27   ​S​​Y​​T​​N​​S​​F​​T​​R​​G​​V​37   ​Y​​Y​​P​​D​​K​​V​​F​​R​​S​​S​47   ​V​​L​​H​​S​​T​​Q​​D​​L​​F​​L​57   ​P​​F​​F​​S​​N​​V​​T​​W​​F​​H​67   ​A​​I​​P​​V​​L​​P​​F​​N​​D​​G​90   ​V​​Y​​F​​A​​S​​T​​E​​N​​I​​I​102  ​R​​G​​W​​I​​F​​G​​T​​T​​L​​D​112  ​S​​K​​T​​Q​​S​​L​​L​​I​​V​​N​122  ​N​​A​​T​​N​​V​​V​​I​​K​​V​​C​132  ​E​​F​​Q​​F​​C​​N​​D​​P​​F​​L​142  ​D​​S​​E​​F​​R​​V​​Y​​F​​E​​Y​171  ​V​​S​​Q​​P​​F​​L​​K​​N​​L​​R​191  ​E​​F​​V​​F​​K​​N​​I​​D​​G​​Y​201  ​F​​K​​I​​Y​​S​​K​​H​​T​​P​​I​216  ​L​​P​​Q​​G​​F​​S​​A​​L​​E​​P​226  ​L​​V​​D​​L​​P​​I​​G​​I​​N​​I​236  ​T​​R​​F​​Q​​T​​L​​L​​A​​L​​H​246  ​R​​S​​A​​A​​Y​​Y​​V​​G​​Y​​L​271  ​Q​​P​​R​​T​​F​​L​​L​​K​​Y​​N​281  ​E​​N​​G​​T​​I​​T​​D​​A​​V​​D​291  ​C​​A​​L​​D​​P​​L​​S​​E​​T​​K​301  ​C​​T​​L​​K​​S​​F​​T​​V​​E​​K​311  ​G​​I​​Y​​Q​​T​​S​​N​​F​​R​​V​321  ​Q​​P​​T​​E​​S​​I​​V​​R​​F​​P​331  ​N​​I​​T​​N​​L​​C​​P​​F​​D​​E​341  ​V​​F​​N​​A​​T​​R​​F​​A​​S​​V​351  ​Y​​A​​W​​N​​R​​K​​R​​I​​S​​N​361  ​C​​V​​A​​D​​Y​​S​​V​​L​​Y​​N​371  ​F​​A​​P​​F​​F​​A​​F​​K​​C​​Y​381  ​G​​V​​S​​P​​T​​K​​L​​N​​D​​L​391  ​C​​F​​T​​N​​V​​Y​​A​​D​​S​​F​401  ​V​​I​​R​​G​​N​​E​​V​​S​​Q​​I​411  ​A​​P​​G​​Q​​T​​G​​N​​I​​A​​D​421  ​Y​​N​​Y​​K​​L​​P​​D​​D​​F​​T​431  ​G​​C​​V​​I​​A​​W​​N​​S​​N​​K​441  ​L​​D​​S​​K​​V​​G​​G​​N​​Y​​N​451  ​Y​​L​​Y​​R​​L​​F​​R​​K​​S​​N​461  ​L​​K​​P​​F​​E​​R​​D​​I​​S​​T​471  ​E​​I​​Y​​Q​​A​​G​​N​​K​​P​​C​481  ​N​​G​​V​​A​​G​​F​​N​​C​​Y​​F​491  ​P​​L​​R​​S​​Y​​G​​F​​R​​P​​T​501  ​Y​​G​​V​​G​​H​​Q​​P​​Y​​R​​V​511  ​V​​V​​L​​S​​F​​E​​L​​L​​H​​A​521  ​P​​A​​T​​V​​C​​G​​P​​K​​K​​S​531  ​T​​N​​L​​V​​K​​N​​K​​C​​V​​N​541  ​F​​N​​F​​N​​G​​L​​T​​G​​T​​G​551  ​V​​L​​T​​E​​S​​N​​K​​K​​F​​L​561  ​P​​F​​Q​​Q​​F​​G​​R​​D​​I​​A​571  ​D​​T​​T​​D​​A​​V​​R​​D​​P​​Q​581  ​T​​L​​E​​I​​L​​D​​I​​T​​P​​C​591  ​S​​F​​G​​G​​V​​S​​V​​I​​T​​P​601  ​G​​T​​N​​T​​S​​N​​Q​​V​​A​​V​611  ​L​​Y​​Q​​G​​V​​N​​C​​T​​E​​V​641  ​N​​V​​F​​Q​​T​​R​​A​​G​​C​​L​651  ​I​​G​​A​​E​​Y​​V​​N​​N​​S​​Y​661  ​E​​C​​D​​I​​P​​I​​G​​A​​G​​I​671  ​C​​A​​S​​Y​​Q​​S​​I​​I​​A​​Y​696  ​T​​M​​S​​L​​G​​A​​E​​N​​S​​V​706  ​A​​Y​​S​​N​​N​​S​​I​​A​​I​​P​716  ​T​​N​​F​​T​​I​​S​​V​​T​​T​​E​726  ​I​​L​​P​​V​​S​​M​​T​​K​​T​​S​736  ​V​​D​​C​​T​​M​​Y​​I​​C​​G​​D​746  ​S​​T​​E​​C​​S​​N​​L​​L​​L​​Q​756  ​Y​​G​​S​​F​​C​​T​​Q​​L​​K​​R​766  ​A​​L​​T​​G​​I​​A​​V​​E​​Q​​D​776  ​K​​N​​T​​Q​​E​​V​​F​​A​​Q​​V​786  ​K​​Q​​I​​Y​​K​​T​​P​​P​​I​​K​796  ​Y​​F​​G​​G​​F​​N​​F​​S​​Q​​I​806  ​L​​P​​D​​P​​S​​K​​P​​S​​K​​R​816  ​S​​P​​I​​E​​D​​L​​L​​F​​N​​K​826  ​V​​T​​N​​G​​L​​T​​V​​L​​P​​P​864  ​L​​L​​T​​D​​E​​M​​I​​A​​Q​​Y​874  ​T​​S​​A​​L​​L​​A​​G​​T​​I​​T​884  ​S​​G​​W​​T​​F​​G​​A​​G​​P​​A​894  ​L​​Q​​I​​P​​F​​P​​M​​Q​​M​​A​904  ​Y​​R​​F​​N​​G​​I​​G​​V​​T​​Q​914  ​N​​V​​L​​Y​​E​​N​​Q​​K​​L​​I​924  ​A​​N​​Q​​F​​N​​S​​A​​I​​G​​K​934  ​I​​Q​​D​​S​​L​​S​​S​​T​​P​​S​944  ​A​​L​​G​​K​​L​​Q​​D​​V​​V​​N​954  ​H​​N​​A​​Q​​A​​L​​N​​T​​L​​V​964  ​K​​Q​​L​​S​​S​​K​​F​​G​​A​​I​974  ​S​​S​​V​​L​​N​​D​​I​​L​​S​​R​984  ​L​​D​​P​​P​​E​​A​​E​​V​​Q​​I​994  ​D​​R​​L​​I​​T​​G​​R​​L​​Q​​S​1004 ​L​​Q​​T​​Y​​V​​T​​Q​​Q​​L​​I​1014 ​R​​A​​A​​E​​I​​R​​A​​S​​A​​N​1024 ​L​​A​​A​​T​​K​​M​​S​​E​​C​​V​1034 ​L​​G​​Q​​S​​K​​R​​V​​D​​F​​C​1044 ​G​​K​​G​​Y​​H​​L​​M​​S​​F​​P​1054 ​Q​​S​​A​​P​​H​​G​​V​​V​​F​​L​1064 ​H​​V​​T​​Y​​V​​P​​A​​Q​​E​​K​1074 ​N​​F​​T​​T​​A​​P​​A​​I​​C​​H​1084 ​D​​G​​K​​A​​H​​F​​P​​R​​E​​G​1094 ​V​​F​​V​​S​​N​​G​​T​​H​​W​​F​1104 ​V​​T​​Q​​R​​N​​F​​Y​​E​​P​​Q​1114 ​I​​I​​T​​T​​D​​N​​T​​F​​V​​S​1124 ​G​​N​​C​​D​​V​​V​​I​​G​​I​​V​1134 ​N​​N​​T​​V​​Y​​D​​P​​L​​Q​​P​1144 ​E​​L​​D​​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.31 .. 1.34
-0.31
1.34
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
27
SER
0.79
2
28
TYR
0.77
3
29
THR
0.81
4
30
ASN
0.83
5
31
SER
0.76
6
32
PHE
0.82
7
33
THR
0.85
8
34
ARG
0.83
9
35
GLY
0.85
10
36
VAL
0.87
11
37
TYR
0.91
12
38
TYR
0.89
13
39
PRO
0.99
14
40
ASP
0.94
15
41
LYS
0.82
16
42
VAL
0.85
17
43
PHE
0.83
18
44
ARG
0.80
19
45
SER
0.76
20
46
SER
0.72
21
47
VAL
0.71
22
48
LEU
0.70
23
49
HIS
0.70
24
50
SER
0.76
25
51
THR
0.75
26
52
GLN
0.75
27
53
ASP
0.75
28
54
LEU
0.65
29
55
PHE
0.65
30
56
LEU
0.61
31
57
PRO
0.61
32
58
PHE
0.59
Converting to mmCIF
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.33 .. 1.33
-1.33
1.33
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
27
SER
-0.05
2
28
TYR
-0.04
3
29
THR
-0.05
4
30
ASN
-0.04
5
31
SER
-0.04
6
32
PHE
-0.09
7
33
THR
-0.09
8
34
ARG
-0.07
9
35
GLY
-0.10
10
36
VAL
-0.10
11
37
TYR
-0.16
12
38
TYR
-0.21
13
39
PRO
-0.26
14
40
ASP
-0.29
15
41
LYS
-0.31
16
42
VAL
-0.32
17
43
PHE
-0.36
18
44
ARG
-0.37
19
45
SER
-0.35
20
46
SER
-0.38
21
47
VAL
-0.38
22
48
LEU
-0.40
23
49
HIS
-0.41
24
50
SER
-0.42
25
51
THR
-0.38
26
52
GLN
-0.38
27
53
ASP
-0.38
28
54
LEU
-0.32
29
55
PHE
-0.26
30
56
LEU
-0.18
31
57
PRO
-0.13
32
58
PHE
-0.04
Processing file... [631321/631321]
SequenceNo structure available
colorbar

DAQ Score Table