39918 8ZC0 G v1-1
Structure title SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer (6P) in complex with 3 D1F6 Fabs (2 RBD up)
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 4.17 Å
Source organism Homo sapiens

Sequence of
2    ​P​​V​​L​​T​​Q​​P​​P​​S​​A​​S​12   ​G​​P​​P​​G​​Q​​S​​V​​S​​I​​S​22   ​C​​S​​G​​S​​R​​S​​N​​I​​G​​T​32   ​N​​F​​V​​Y​​W​​Y​​Q​​Q​​L​​P​42   ​G​​A​​A​​P​​K​​L​​L​​I​​Y​​K​52   ​N​​D​​Q​​R​​P​​S​​G​​V​​P​​E​62   ​R​​F​​F​​G​​S​​K​​S​​G​​T​​S​72   ​A​​S​​L​​A​​I​​S​​G​​L​​R​​S​82   ​E​​D​​E​​V​​D​​Y​​Y​​C​​A​​A​92   ​W​​D​​D​​S​​L​​S​​G​​H​​V​​F​102  ​G​​A​​G​​T​​K​​V​​T​​V​​L​​G​119  ​Q​​P​​K​​A​​A​​P​​S​​V​​T​​L​129  ​F​​P​​P​​S​​S​​E​​E​​L​​Q​​A​139  ​N​​K​​A​​T​​L​​V​​C​​L​​I​​S​149  ​D​​F​​Y​​P​​G​​A​​V​​T​​V​​A​159  ​W​​K​​A​​D​​S​​S​​P​​V​​K​​A​169  ​G​​V​​E​​T​​T​​T​​P​​S​​K​​Q​179  ​S​​N​​N​​K​​Y​​A​​A​​S​​S​​Y​189  ​L​​S​​L​​T​​P​​E​​Q​​W​​K​​S​199  ​H​​R​​S​​Y​​S​​C​​Q​​V​​T​​H​209  ​E​​G​​S​​T​​V​​E​​K​​T​​V​​A​219  ​P​​T​​E​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.52 .. 0.17
-0.52
0.17
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
2
PRO
-0.39
2
3
VAL
-0.42
3
4
LEU
-0.41
4
5
THR
-0.40
5
6
GLN
-0.35
6
7
PRO
-0.33
7
8
PRO
-0.31
8
9
SER
-0.29
9
10
ALA
-0.28
10
11
SER
-0.30
11
12
GLY
-0.31
12
13
PRO
-0.28
13
14
PRO
-0.22
14
15
GLY
-0.21
15
16
GLN
-0.18
16
17
SER
-0.13
17
18
VAL
-0.06
18
19
SER
-0.04
19
20
ILE
-0.01
20
21
SER
-0.01
21
22
CYS
0.02
22
23
SER
0.04
23
24
GLY
0.07
24
25
SER
0.07
25
26
ARG
0.09
26
27
SER
0.12
27
28
ASN
0.12
28
29
ILE
0.13
29
30
GLY
0.16
30
31
THR
0.08
31
32
ASN
0.02
32
33
PHE
-0.01
Sequence of
2    ​P​​V​​L​​T​​Q​​P​​P​​S​​A​​S​12   ​G​​P​​P​​G​​Q​​S​​V​​S​​I​​S​22   ​C​​S​​G​​S​​R​​S​​N​​I​​G​​T​32   ​N​​F​​V​​Y​​W​​Y​​Q​​Q​​L​​P​42   ​G​​A​​A​​P​​K​​L​​L​​I​​Y​​K​52   ​N​​D​​Q​​R​​P​​S​​G​​V​​P​​E​62   ​R​​F​​F​​G​​S​​K​​S​​G​​T​​S​72   ​A​​S​​L​​A​​I​​S​​G​​L​​R​​S​82   ​E​​D​​E​​V​​D​​Y​​Y​​C​​A​​A​92   ​W​​D​​D​​S​​L​​S​​G​​H​​V​​F​102  ​G​​A​​G​​T​​K​​V​​T​​V​​L​​G​119  ​Q​​P​​K​​A​​A​​P​​S​​V​​T​​L​129  ​F​​P​​P​​S​​S​​E​​E​​L​​Q​​A​139  ​N​​K​​A​​T​​L​​V​​C​​L​​I​​S​149  ​D​​F​​Y​​P​​G​​A​​V​​T​​V​​A​159  ​W​​K​​A​​D​​S​​S​​P​​V​​K​​A​169  ​G​​V​​E​​T​​T​​T​​P​​S​​K​​Q​179  ​S​​N​​N​​K​​Y​​A​​A​​S​​S​​Y​189  ​L​​S​​L​​T​​P​​E​​Q​​W​​K​​S​199  ​H​​R​​S​​Y​​S​​C​​Q​​V​​T​​H​209  ​E​​G​​S​​T​​V​​E​​K​​T​​V​​A​219  ​P​​T​​E​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.45 .. 0.29
-0.45
0.29
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
2
PRO
-0.45
2
3
VAL
-0.41
3
4
LEU
-0.34
4
5
THR
-0.29
5
6
GLN
-0.26
6
7
PRO
-0.22
7
8
PRO
-0.19
8
9
SER
-0.20
9
10
ALA
-0.20
10
11
SER
-0.23
11
12
GLY
-0.22
12
13
PRO
-0.27
13
14
PRO
-0.26
14
15
GLY
-0.21
15
16
GLN
-0.25
16
17
SER
-0.13
17
18
VAL
-0.05
18
19
SER
-0.04
19
20
ILE
-0.04
20
21
SER
-0.02
21
22
CYS
-0.01
22
23
SER
-0.05
23
24
GLY
-0.07
24
25
SER
-0.04
25
26
ARG
-0.03
26
27
SER
-0.04
27
28
ASN
0.00
28
29
ILE
0.02
29
30
GLY
0.08
30
31
THR
0.07
31
32
ASN
0.07
32
33
PHE
0.02
Sequence of
2    ​P​​V​​L​​T​​Q​​P​​P​​S​​A​​S​12   ​G​​P​​P​​G​​Q​​S​​V​​S​​I​​S​22   ​C​​S​​G​​S​​R​​S​​N​​I​​G​​T​32   ​N​​F​​V​​Y​​W​​Y​​Q​​Q​​L​​P​42   ​G​​A​​A​​P​​K​​L​​L​​I​​Y​​K​52   ​N​​D​​Q​​R​​P​​S​​G​​V​​P​​E​62   ​R​​F​​F​​G​​S​​K​​S​​G​​T​​S​72   ​A​​S​​L​​A​​I​​S​​G​​L​​R​​S​82   ​E​​D​​E​​V​​D​​Y​​Y​​C​​A​​A​92   ​W​​D​​D​​S​​L​​S​​G​​H​​V​​F​102  ​G​​A​​G​​T​​K​​V​​T​​V​​L​​G​119  ​Q​​P​​K​​A​​A​​P​​S​​V​​T​​L​129  ​F​​P​​P​​S​​S​​E​​E​​L​​Q​​A​139  ​N​​K​​A​​T​​L​​V​​C​​L​​I​​S​149  ​D​​F​​Y​​P​​G​​A​​V​​T​​V​​A​159  ​W​​K​​A​​D​​S​​S​​P​​V​​K​​A​169  ​G​​V​​E​​T​​T​​T​​P​​S​​K​​Q​179  ​S​​N​​N​​K​​Y​​A​​A​​S​​S​​Y​189  ​L​​S​​L​​T​​P​​E​​Q​​W​​K​​S​199  ​H​​R​​S​​Y​​S​​C​​Q​​V​​T​​H​209  ​E​​G​​S​​T​​V​​E​​K​​T​​V​​A​219  ​P​​T​​E​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.26 .. 0.40
-1.26
0.40
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
2
PRO
0.08
2
3
VAL
0.09
3
4
LEU
0.05
4
5
THR
0.04
5
6
GLN
0.06
6
7
PRO
0.06
7
8
PRO
0.05
8
9
SER
0.09
9
10
ALA
0.06
10
11
SER
0.10
11
12
GLY
0.11
12
13
PRO
0.12
13
14
PRO
0.17
14
15
GLY
0.14
15
16
GLN
0.13
16
17
SER
0.16
17
18
VAL
0.14
18
19
SER
0.14
19
20
ILE
0.14
20
21
SER
0.12
21
22
CYS
0.10
22
23
SER
0.13
23
24
GLY
0.15
24
25
SER
0.18
25
26
ARG
0.23
26
27
SER
0.27
27
28
ASN
0.29
28
29
ILE
0.33
29
30
GLY
0.30
30
31
THR
0.28
31
32
ASN
0.25
32
33
PHE
0.23
Sequence of
2    ​P​​V​​L​​T​​Q​​P​​P​​S​​A​​S​12   ​G​​P​​P​​G​​Q​​S​​V​​S​​I​​S​22   ​C​​S​​G​​S​​R​​S​​N​​I​​G​​T​32   ​N​​F​​V​​Y​​W​​Y​​Q​​Q​​L​​P​42   ​G​​A​​A​​P​​K​​L​​L​​I​​Y​​K​52   ​N​​D​​Q​​R​​P​​S​​G​​V​​P​​E​62   ​R​​F​​F​​G​​S​​K​​S​​G​​T​​S​72   ​A​​S​​L​​A​​I​​S​​G​​L​​R​​S​82   ​E​​D​​E​​V​​D​​Y​​Y​​C​​A​​A​92   ​W​​D​​D​​S​​L​​S​​G​​H​​V​​F​102  ​G​​A​​G​​T​​K​​V​​T​​V​​L​​G​119  ​Q​​P​​K​​A​​A​​P​​S​​V​​T​​L​129  ​F​​P​​P​​S​​S​​E​​E​​L​​Q​​A​139  ​N​​K​​A​​T​​L​​V​​C​​L​​I​​S​149  ​D​​F​​Y​​P​​G​​A​​V​​T​​V​​A​159  ​W​​K​​A​​D​​S​​S​​P​​V​​K​​A​169  ​G​​V​​E​​T​​T​​T​​P​​S​​K​​Q​179  ​S​​N​​N​​K​​Y​​A​​A​​S​​S​​Y​189  ​L​​S​​L​​T​​P​​E​​Q​​W​​K​​S​199  ​H​​R​​S​​Y​​S​​C​​Q​​V​​T​​H​209  ​E​​G​​S​​T​​V​​E​​K​​T​​V​​A​219  ​P​​T​​E​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.52 .. 0.55
-1.52
0.55
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
2
PRO
-0.77
2
3
VAL
-0.74
3
4
LEU
-0.70
4
5
THR
-0.64
5
6
GLN
-0.55
6
7
PRO
-0.49
7
8
PRO
-0.45
8
9
SER
-0.40
9
10
ALA
-0.42
10
11
SER
-0.43
11
12
GLY
-0.42
12
13
PRO
-0.43
13
14
PRO
-0.31
14
15
GLY
-0.28
15
16
GLN
-0.30
16
17
SER
-0.10
17
18
VAL
0.03
18
19
SER
0.06
19
20
ILE
0.09
20
21
SER
0.09
21
22
CYS
0.12
22
23
SER
0.11
23
24
GLY
0.16
24
25
SER
0.21
25
26
ARG
0.29
26
27
SER
0.36
27
28
ASN
0.41
28
29
ILE
0.48
29
30
GLY
0.55
30
31
THR
0.43
31
32
ASN
0.34
32
33
PHE
0.24