39918 8ZC0 H v1-1
Structure title SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer (6P) in complex with 3 D1F6 Fabs (2 RBD up)
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 4.17 Å
Source organism Homo sapiens

Sequence of
2    ​V​​Q​​L​​V​​Q​​S​​G​​A​​E​​V​12   ​K​​K​​P​​G​​A​​S​​V​​K​​V​​S​22   ​C​​K​​A​​S​​G​​Y​​I​​F​​S​​D​32   ​Y​​N​​I​​H​​W​​V​​R​​Q​​A​​P​42   ​G​​Q​​G​​L​​E​​W​​M​​G​​W​​I​52   ​S​​P​​D​​S​​D​​D​​T​​N​​Y​​A​62   ​Q​​S​​F​​Q​​G​​R​​V​​T​​M​​T​72   ​R​​D​​T​​S​​I​​T​​T​​V​​Y​​M​82   ​E​​L​​S​​S​​L​​R​​S​​D​​D​​T​92   ​A​​V​​Y​​F​​C​​A​​R​​S​​V​​G​102  ​Y​​C​​S​​L​​N​​S​​C​​Q​​R​​W​112  ​M​​W​​F​​D​​T​​W​​G​​Q​​G​​A​122  ​L​​V​​T​​V​​S​​S​​A​​S​​T​​K​132  ​G​​P​​S​​V​​F​​P​​L​​A​​P​​S​149  ​T​​A​​A​​L​​G​​C​​L​​V​​K​​D​159  ​Y​​F​​P​​E​​P​​V​​T​​V​​S​​W​169  ​N​​S​​G​​A​​L​​T​​S​​G​​V​​H​179  ​T​​F​​P​​A​​V​​L​​Q​​S​​S​​G​189  ​L​​Y​​S​​L​​S​​S​​V​​V​​T​​V​199  ​P​​S​​S​​S​​L​​G​​T​​Q​​T​​Y​209  ​I​​C​​N​​V​​N​​H​​K​​P​​S​​N​219  ​T​​K​​V​​D​​K​​K​​V​​E​​P​​K​229  ​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.38 .. 0.17
-0.38
0.17
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
2
VAL
-0.24
2
3
GLN
-0.26
3
4
LEU
-0.24
4
5
VAL
-0.25
5
6
GLN
-0.22
6
7
SER
-0.20
7
8
GLY
-0.19
8
9
ALA
-0.21
9
10
GLU
-0.20
10
11
VAL
-0.21
11
12
LYS
-0.18
12
13
LYS
-0.15
13
14
PRO
-0.12
14
15
GLY
-0.14
15
16
ALA
-0.12
16
17
SER
-0.21
17
18
VAL
-0.21
18
19
LYS
-0.19
19
20
VAL
-0.23
20
21
SER
-0.20
21
22
CYS
-0.17
22
23
LYS
-0.15
23
24
ALA
-0.14
24
25
SER
-0.15
25
26
GLY
-0.15
26
27
TYR
-0.11
27
28
ILE
-0.07
28
29
PHE
-0.08
29
30
SER
-0.07
30
31
ASP
-0.09
31
32
TYR
-0.23
32
33
ASN
-0.25
Sequence of
2    ​V​​Q​​L​​V​​Q​​S​​G​​A​​E​​V​12   ​K​​K​​P​​G​​A​​S​​V​​K​​V​​S​22   ​C​​K​​A​​S​​G​​Y​​I​​F​​S​​D​32   ​Y​​N​​I​​H​​W​​V​​R​​Q​​A​​P​42   ​G​​Q​​G​​L​​E​​W​​M​​G​​W​​I​52   ​S​​P​​D​​S​​D​​D​​T​​N​​Y​​A​62   ​Q​​S​​F​​Q​​G​​R​​V​​T​​M​​T​72   ​R​​D​​T​​S​​I​​T​​T​​V​​Y​​M​82   ​E​​L​​S​​S​​L​​R​​S​​D​​D​​T​92   ​A​​V​​Y​​F​​C​​A​​R​​S​​V​​G​102  ​Y​​C​​S​​L​​N​​S​​C​​Q​​R​​W​112  ​M​​W​​F​​D​​T​​W​​G​​Q​​G​​A​122  ​L​​V​​T​​V​​S​​S​​A​​S​​T​​K​132  ​G​​P​​S​​V​​F​​P​​L​​A​​P​​S​149  ​T​​A​​A​​L​​G​​C​​L​​V​​K​​D​159  ​Y​​F​​P​​E​​P​​V​​T​​V​​S​​W​169  ​N​​S​​G​​A​​L​​T​​S​​G​​V​​H​179  ​T​​F​​P​​A​​V​​L​​Q​​S​​S​​G​189  ​L​​Y​​S​​L​​S​​S​​V​​V​​T​​V​199  ​P​​S​​S​​S​​L​​G​​T​​Q​​T​​Y​209  ​I​​C​​N​​V​​N​​H​​K​​P​​S​​N​219  ​T​​K​​V​​D​​K​​K​​V​​E​​P​​K​229  ​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.80 .. 0.29
-0.80
0.29
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
2
VAL
-0.80
2
3
GLN
-0.76
3
4
LEU
-0.69
4
5
VAL
-0.60
5
6
GLN
-0.55
6
7
SER
-0.52
7
8
GLY
-0.53
8
9
ALA
-0.49
9
10
GLU
-0.45
10
11
VAL
-0.44
11
12
LYS
-0.44
12
13
LYS
-0.43
13
14
PRO
-0.34
14
15
GLY
-0.20
15
16
ALA
-0.19
16
17
SER
-0.33
17
18
VAL
-0.41
18
19
LYS
-0.38
19
20
VAL
-0.36
20
21
SER
-0.33
21
22
CYS
-0.33
22
23
LYS
-0.34
23
24
ALA
-0.37
24
25
SER
-0.38
25
26
GLY
-0.38
26
27
TYR
-0.32
27
28
ILE
-0.32
28
29
PHE
-0.33
29
30
SER
-0.34
30
31
ASP
-0.30
31
32
TYR
-0.37
32
33
ASN
-0.44
Sequence of
2    ​V​​Q​​L​​V​​Q​​S​​G​​A​​E​​V​12   ​K​​K​​P​​G​​A​​S​​V​​K​​V​​S​22   ​C​​K​​A​​S​​G​​Y​​I​​F​​S​​D​32   ​Y​​N​​I​​H​​W​​V​​R​​Q​​A​​P​42   ​G​​Q​​G​​L​​E​​W​​M​​G​​W​​I​52   ​S​​P​​D​​S​​D​​D​​T​​N​​Y​​A​62   ​Q​​S​​F​​Q​​G​​R​​V​​T​​M​​T​72   ​R​​D​​T​​S​​I​​T​​T​​V​​Y​​M​82   ​E​​L​​S​​S​​L​​R​​S​​D​​D​​T​92   ​A​​V​​Y​​F​​C​​A​​R​​S​​V​​G​102  ​Y​​C​​S​​L​​N​​S​​C​​Q​​R​​W​112  ​M​​W​​F​​D​​T​​W​​G​​Q​​G​​A​122  ​L​​V​​T​​V​​S​​S​​A​​S​​T​​K​132  ​G​​P​​S​​V​​F​​P​​L​​A​​P​​S​149  ​T​​A​​A​​L​​G​​C​​L​​V​​K​​D​159  ​Y​​F​​P​​E​​P​​V​​T​​V​​S​​W​169  ​N​​S​​G​​A​​L​​T​​S​​G​​V​​H​179  ​T​​F​​P​​A​​V​​L​​Q​​S​​S​​G​189  ​L​​Y​​S​​L​​S​​S​​V​​V​​T​​V​199  ​P​​S​​S​​S​​L​​G​​T​​Q​​T​​Y​209  ​I​​C​​N​​V​​N​​H​​K​​P​​S​​N​219  ​T​​K​​V​​D​​K​​K​​V​​E​​P​​K​229  ​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.78 .. 0.39
-0.78
0.39
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
2
VAL
-0.08
2
3
GLN
-0.06
3
4
LEU
-0.03
4
5
VAL
-0.01
5
6
GLN
0.01
6
7
SER
0.01
7
8
GLY
-0.01
8
9
ALA
-0.04
9
10
GLU
-0.04
10
11
VAL
-0.08
11
12
LYS
-0.13
12
13
LYS
-0.10
13
14
PRO
-0.11
14
15
GLY
-0.11
15
16
ALA
-0.08
16
17
SER
-0.08
17
18
VAL
-0.07
18
19
LYS
-0.07
19
20
VAL
-0.06
20
21
SER
-0.01
21
22
CYS
-0.01
22
23
LYS
-0.01
23
24
ALA
0.00
24
25
SER
0.04
25
26
GLY
0.06
26
27
TYR
0.14
27
28
ILE
0.17
28
29
PHE
0.20
29
30
SER
0.28
30
31
ASP
0.33
31
32
TYR
0.30
32
33
ASN
0.27
Sequence of
2    ​V​​Q​​L​​V​​Q​​S​​G​​A​​E​​V​12   ​K​​K​​P​​G​​A​​S​​V​​K​​V​​S​22   ​C​​K​​A​​S​​G​​Y​​I​​F​​S​​D​32   ​Y​​N​​I​​H​​W​​V​​R​​Q​​A​​P​42   ​G​​Q​​G​​L​​E​​W​​M​​G​​W​​I​52   ​S​​P​​D​​S​​D​​D​​T​​N​​Y​​A​62   ​Q​​S​​F​​Q​​G​​R​​V​​T​​M​​T​72   ​R​​D​​T​​S​​I​​T​​T​​V​​Y​​M​82   ​E​​L​​S​​S​​L​​R​​S​​D​​D​​T​92   ​A​​V​​Y​​F​​C​​A​​R​​S​​V​​G​102  ​Y​​C​​S​​L​​N​​S​​C​​Q​​R​​W​112  ​M​​W​​F​​D​​T​​W​​G​​Q​​G​​A​122  ​L​​V​​T​​V​​S​​S​​A​​S​​T​​K​132  ​G​​P​​S​​V​​F​​P​​L​​A​​P​​S​149  ​T​​A​​A​​L​​G​​C​​L​​V​​K​​D​159  ​Y​​F​​P​​E​​P​​V​​T​​V​​S​​W​169  ​N​​S​​G​​A​​L​​T​​S​​G​​V​​H​179  ​T​​F​​P​​A​​V​​L​​Q​​S​​S​​G​189  ​L​​Y​​S​​L​​S​​S​​V​​V​​T​​V​199  ​P​​S​​S​​S​​L​​G​​T​​Q​​T​​Y​209  ​I​​C​​N​​V​​N​​H​​K​​P​​S​​N​219  ​T​​K​​V​​D​​K​​K​​V​​E​​P​​K​229  ​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.13 .. 0.11
-1.13
0.11
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
2
VAL
-1.13
2
3
GLN
-1.08
3
4
LEU
-0.97
4
5
VAL
-0.86
5
6
GLN
-0.76
6
7
SER
-0.71
7
8
GLY
-0.74
8
9
ALA
-0.74
9
10
GLU
-0.69
10
11
VAL
-0.73
11
12
LYS
-0.75
12
13
LYS
-0.67
13
14
PRO
-0.56
14
15
GLY
-0.46
15
16
ALA
-0.40
16
17
SER
-0.63
17
18
VAL
-0.69
18
19
LYS
-0.64
19
20
VAL
-0.65
20
21
SER
-0.54
21
22
CYS
-0.51
22
23
LYS
-0.51
23
24
ALA
-0.52
24
25
SER
-0.49
25
26
GLY
-0.47
26
27
TYR
-0.29
27
28
ILE
-0.22
28
29
PHE
-0.22
29
30
SER
-0.13
30
31
ASP
-0.07
31
32
TYR
-0.30
32
33
ASN
-0.42