39918 8ZC0 R v1-1
Structure title SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer (6P) in complex with 3 D1F6 Fabs (2 RBD up)
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 4.17 Å
Source organism Homo sapiens

Sequence of
2    ​V​​Q​​L​​V​​Q​​S​​G​​A​​E​​V​12   ​K​​K​​P​​G​​A​​S​​V​​K​​V​​S​22   ​C​​K​​A​​S​​G​​Y​​I​​F​​S​​D​32   ​Y​​N​​I​​H​​W​​V​​R​​Q​​A​​P​42   ​G​​Q​​G​​L​​E​​W​​M​​G​​W​​I​52   ​S​​P​​D​​S​​D​​D​​T​​N​​Y​​A​62   ​Q​​S​​F​​Q​​G​​R​​V​​T​​M​​T​72   ​R​​D​​T​​S​​I​​T​​T​​V​​Y​​M​82   ​E​​L​​S​​S​​L​​R​​S​​D​​D​​T​92   ​A​​V​​Y​​F​​C​​A​​R​​S​​V​​G​102  ​Y​​C​​S​​L​​N​​S​​C​​Q​​R​​W​112  ​M​​W​​F​​D​​T​​W​​G​​Q​​G​​A​122  ​L​​V​​T​​V​​S​​S​​A​​S​​T​​K​132  ​G​​P​​S​​V​​F​​P​​L​​A​​P​​S​149  ​T​​A​​A​​L​​G​​C​​L​​V​​K​​D​159  ​Y​​F​​P​​E​​P​​V​​T​​V​​S​​W​169  ​N​​S​​G​​A​​L​​T​​S​​G​​V​​H​179  ​T​​F​​P​​A​​V​​L​​Q​​S​​S​​G​189  ​L​​Y​​S​​L​​S​​S​​V​​V​​T​​V​199  ​P​​S​​S​​S​​L​​G​​T​​Q​​T​​Y​209  ​I​​C​​N​​V​​N​​H​​K​​P​​S​​N​219  ​T​​K​​V​​D​​K​​K​​V​​E​​P​​K​229  ​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.21 .. 0.81
-0.21
0.81
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
2
VAL
0.25
2
3
GLN
0.32
3
4
LEU
0.31
4
5
VAL
0.29
5
6
GLN
0.29
6
7
SER
0.31
7
8
GLY
0.30
8
9
ALA
0.34
9
10
GLU
0.29
10
11
VAL
0.35
11
12
LYS
0.45
12
13
LYS
0.52
13
14
PRO
0.55
14
15
GLY
0.65
15
16
ALA
0.69
16
17
SER
0.67
17
18
VAL
0.51
18
19
LYS
0.51
19
20
VAL
0.49
20
21
SER
0.53
21
22
CYS
0.44
22
23
LYS
0.50
23
24
ALA
0.55
24
25
SER
0.62
25
26
GLY
0.62
26
27
TYR
0.65
27
28
ILE
0.68
28
29
PHE
0.73
29
30
SER
0.68
30
31
ASP
0.63
31
32
TYR
0.61
32
33
ASN
0.58
Sequence of
2    ​V​​Q​​L​​V​​Q​​S​​G​​A​​E​​V​12   ​K​​K​​P​​G​​A​​S​​V​​K​​V​​S​22   ​C​​K​​A​​S​​G​​Y​​I​​F​​S​​D​32   ​Y​​N​​I​​H​​W​​V​​R​​Q​​A​​P​42   ​G​​Q​​G​​L​​E​​W​​M​​G​​W​​I​52   ​S​​P​​D​​S​​D​​D​​T​​N​​Y​​A​62   ​Q​​S​​F​​Q​​G​​R​​V​​T​​M​​T​72   ​R​​D​​T​​S​​I​​T​​T​​V​​Y​​M​82   ​E​​L​​S​​S​​L​​R​​S​​D​​D​​T​92   ​A​​V​​Y​​F​​C​​A​​R​​S​​V​​G​102  ​Y​​C​​S​​L​​N​​S​​C​​Q​​R​​W​112  ​M​​W​​F​​D​​T​​W​​G​​Q​​G​​A​122  ​L​​V​​T​​V​​S​​S​​A​​S​​T​​K​132  ​G​​P​​S​​V​​F​​P​​L​​A​​P​​S​149  ​T​​A​​A​​L​​G​​C​​L​​V​​K​​D​159  ​Y​​F​​P​​E​​P​​V​​T​​V​​S​​W​169  ​N​​S​​G​​A​​L​​T​​S​​G​​V​​H​179  ​T​​F​​P​​A​​V​​L​​Q​​S​​S​​G​189  ​L​​Y​​S​​L​​S​​S​​V​​V​​T​​V​199  ​P​​S​​S​​S​​L​​G​​T​​Q​​T​​Y​209  ​I​​C​​N​​V​​N​​H​​K​​P​​S​​N​219  ​T​​K​​V​​D​​K​​K​​V​​E​​P​​K​229  ​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.88 .. 0.88
-0.88
0.88
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
2
VAL
0.08
2
3
GLN
0.14
3
4
LEU
0.05
4
5
VAL
0.05
5
6
GLN
0.06
6
7
SER
0.08
7
8
GLY
0.02
8
9
ALA
0.09
9
10
GLU
0.13
10
11
VAL
0.10
11
12
LYS
0.05
12
13
LYS
0.08
13
14
PRO
0.22
14
15
GLY
0.24
15
16
ALA
0.25
16
17
SER
0.22
17
18
VAL
0.24
18
19
LYS
0.26
19
20
VAL
0.30
20
21
SER
0.36
21
22
CYS
0.33
22
23
LYS
0.44
23
24
ALA
0.50
24
25
SER
0.58
25
26
GLY
0.59
26
27
TYR
0.61
27
28
ILE
0.61
28
29
PHE
0.61
29
30
SER
0.65
30
31
ASP
0.71
31
32
TYR
0.67
32
33
ASN
0.57
Sequence of
2    ​V​​Q​​L​​V​​Q​​S​​G​​A​​E​​V​12   ​K​​K​​P​​G​​A​​S​​V​​K​​V​​S​22   ​C​​K​​A​​S​​G​​Y​​I​​F​​S​​D​32   ​Y​​N​​I​​H​​W​​V​​R​​Q​​A​​P​42   ​G​​Q​​G​​L​​E​​W​​M​​G​​W​​I​52   ​S​​P​​D​​S​​D​​D​​T​​N​​Y​​A​62   ​Q​​S​​F​​Q​​G​​R​​V​​T​​M​​T​72   ​R​​D​​T​​S​​I​​T​​T​​V​​Y​​M​82   ​E​​L​​S​​S​​L​​R​​S​​D​​D​​T​92   ​A​​V​​Y​​F​​C​​A​​R​​S​​V​​G​102  ​Y​​C​​S​​L​​N​​S​​C​​Q​​R​​W​112  ​M​​W​​F​​D​​T​​W​​G​​Q​​G​​A​122  ​L​​V​​T​​V​​S​​S​​A​​S​​T​​K​132  ​G​​P​​S​​V​​F​​P​​L​​A​​P​​S​149  ​T​​A​​A​​L​​G​​C​​L​​V​​K​​D​159  ​Y​​F​​P​​E​​P​​V​​T​​V​​S​​W​169  ​N​​S​​G​​A​​L​​T​​S​​G​​V​​H​179  ​T​​F​​P​​A​​V​​L​​Q​​S​​S​​G​189  ​L​​Y​​S​​L​​S​​S​​V​​V​​T​​V​199  ​P​​S​​S​​S​​L​​G​​T​​Q​​T​​Y​209  ​I​​C​​N​​V​​N​​H​​K​​P​​S​​N​219  ​T​​K​​V​​D​​K​​K​​V​​E​​P​​K​229  ​S​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.53 .. 0.69
-0.53
0.69
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
2
VAL
-0.30
2
3
GLN
-0.40
3
4
LEU
-0.35
4
5
VAL
-0.31
5
6
GLN
-0.27
6
7
SER
-0.23
7
8
GLY
-0.26
8
9
ALA
-0.22
9
10
GLU
-0.26
10
11
VAL
-0.23
11
12
LYS
-0.17
12
13
LYS
-0.12
13
14
PRO
-0.12
14
15
GLY
-0.11
15
16
ALA
-0.14
16
17
SER
-0.11
17
18
VAL
-0.09
18
19
LYS
-0.07
19
20
VAL
0.03
20
21
SER
0.08
21
22
CYS
0.14
22
23
LYS
0.14
23
24
ALA
0.17
24
25
SER
0.22
25
26
GLY
0.27
26
27
TYR
0.36
27
28
ILE
0.38
28
29
PHE
0.48
29
30
SER
0.50
30
31
ASP
0.48
31
32
TYR
0.47
32
33
ASN
0.44
Sequence of
2    ​V​​Q​​L​​V​​Q​​S​​G​​A​​E​​V​12   ​K​​K​​P​​G​​A​​S​​V​​K​​V​​S​22   ​C​​K​​A​​S​​G​​Y​​I​​F​​S​​D​32   ​Y​​N​​I​​H​​W​​V​​R​​Q​​A​​P​42   ​G​​Q​​G​​L​​E​​W​​M​​G​​W​​I​52   ​S​​P​​D​​S​​D​​D​​T​​N​​Y​​A​62   ​Q​​S​​F​​Q​​G​​R​​V​​T​​M​​T​72   ​R​​D​​T​​S​​I​​T​​T​​V​​Y​​M​82   ​E​​L​​S​​S​​L​​R​​S​​D​​D​​T​92   ​A​​V​​Y​​F​​C​​A​​R​​S​​V​​G​102  ​Y​​C​​S​​L​​N​​S​​C​​Q​​R​​W​112  ​M​​W​​F​​D​​T​​W​​G​​Q​​G​​A​122  ​L​​V​​T​​V​​S​​S​​A​​S​​T​​K​132  ​G​​P​​S​​V​​F​​P​​L​​A​​P​​S​149  ​T​​A​​A​​L​​G​​C​​L​​V​​K​​D​159  ​Y​​F​​P​​E​​P​​V​​T​​V​​S​​W​169  ​N​​S​​G​​A​​L​​T​​S​​G​​V​​H​179  ​T​​F​​P​​A​​V​​L​​Q​​S​​S​​G​189  ​L​​Y​​S​​L​​S​​S​​V​​V​​T​​V​199  ​P​​S​​S​​S​​L​​G​​T​​Q​​T​​Y​209  ​I​​C​​N​​V​​N​​H​​K​​P​​S​​N​219  ​T​​K​​V​​D​​K​​K​​V​​E​​P​​K​229  ​S​
colorbar

DAQ Score Table