41448 8TOE G v1-1
Structure title Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1c) at the lambda PR promoter
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 2.9 Å
Source organism Escherichia coli K-12

Sequence of
5    ​V​​T​​E​​F​​L​​K​​P​​R​​L​​V​15   ​D​​I​​E​​Q​​V​​S​​S​​T​​H​​A​25   ​K​​V​​T​​L​​E​​P​​L​​E​​R​​G​35   ​F​​G​​H​​T​​L​​G​​N​​A​​L​​R​45   ​R​​I​​L​​L​​S​​S​​M​​P​​G​​C​55   ​A​​V​​T​​E​​V​​E​​I​​D​​G​​V​65   ​L​​H​​E​​Y​​S​​T​​K​​E​​G​​V​75   ​Q​​E​​D​​I​​L​​E​​I​​L​​L​​N​85   ​L​​K​​G​​L​​A​​V​​R​​V​​Q​​G​95   ​K​​D​​E​​V​​I​​L​​T​​L​​N​​K​105  ​S​​G​​I​​G​​P​​V​​T​​A​​A​​D​115  ​I​​T​​H​​D​​G​​D​​V​​E​​I​​V​125  ​K​​P​​Q​​H​​V​​I​​C​​H​​L​​T​135  ​D​​E​​N​​A​​S​​I​​S​​M​​R​​I​145  ​K​​V​​Q​​R​​G​​R​​G​​Y​​V​​P​155  ​A​​S​​T​​R​​I​​H​​S​​E​​E​​D​165  ​E​​R​​P​​I​​G​​R​​L​​L​​V​​D​175  ​A​​C​​Y​​S​​P​​V​​E​​R​​I​​A​185  ​Y​​N​​V​​E​​A​​A​​R​​V​​E​​Q​195  ​R​​T​​D​​L​​D​​K​​L​​V​​I​​E​205  ​M​​E​​T​​N​​G​​T​​I​​D​​P​​E​215  ​E​​A​​I​​R​​R​​A​​A​​T​​I​​L​225  ​A​​E​​Q​​L​​E​​A​​F​​V​​D​​L​235  ​R​​D​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.38 .. 1.39
0.38
1.39
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
5
VAL
0.80
2
6
THR
0.83
3
7
GLU
0.87
4
8
PHE
0.92
5
9
LEU
0.92
6
10
LYS
0.87
7
11
PRO
0.86
8
12
ARG
0.87
9
13
LEU
0.84
10
14
VAL
0.81
11
15
ASP
0.96
12
16
ILE
0.98
13
17
GLU
1.01
14
18
GLN
1.00
15
19
VAL
1.02
16
20
SER
0.98
17
21
SER
1.00
18
22
THR
1.01
19
23
HIS
0.86
20
24
ALA
0.74
21
25
LYS
0.74
22
26
VAL
0.74
23
27
THR
0.76
24
28
LEU
0.74
25
29
GLU
0.75
26
30
PRO
0.75
27
31
LEU
0.68
28
32
GLU
0.63
29
33
ARG
0.63
30
34
GLY
0.57
31
35
PHE
0.53
32
36
GLY
0.49
Sequence of
5    ​V​​T​​E​​F​​L​​K​​P​​R​​L​​V​15   ​D​​I​​E​​Q​​V​​S​​S​​T​​H​​A​25   ​K​​V​​T​​L​​E​​P​​L​​E​​R​​G​35   ​F​​G​​H​​T​​L​​G​​N​​A​​L​​R​45   ​R​​I​​L​​L​​S​​S​​M​​P​​G​​C​55   ​A​​V​​T​​E​​V​​E​​I​​D​​G​​V​65   ​L​​H​​E​​Y​​S​​T​​K​​E​​G​​V​75   ​Q​​E​​D​​I​​L​​E​​I​​L​​L​​N​85   ​L​​K​​G​​L​​A​​V​​R​​V​​Q​​G​95   ​K​​D​​E​​V​​I​​L​​T​​L​​N​​K​105  ​S​​G​​I​​G​​P​​V​​T​​A​​A​​D​115  ​I​​T​​H​​D​​G​​D​​V​​E​​I​​V​125  ​K​​P​​Q​​H​​V​​I​​C​​H​​L​​T​135  ​D​​E​​N​​A​​S​​I​​S​​M​​R​​I​145  ​K​​V​​Q​​R​​G​​R​​G​​Y​​V​​P​155  ​A​​S​​T​​R​​I​​H​​S​​E​​E​​D​165  ​E​​R​​P​​I​​G​​R​​L​​L​​V​​D​175  ​A​​C​​Y​​S​​P​​V​​E​​R​​I​​A​185  ​Y​​N​​V​​E​​A​​A​​R​​V​​E​​Q​195  ​R​​T​​D​​L​​D​​K​​L​​V​​I​​E​205  ​M​​E​​T​​N​​G​​T​​I​​D​​P​​E​215  ​E​​A​​I​​R​​R​​A​​A​​T​​I​​L​225  ​A​​E​​Q​​L​​E​​A​​F​​V​​D​​L​235  ​R​​D​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.13 .. 1.07
0.13
1.07
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
5
VAL
0.48
2
6
THR
0.58
3
7
GLU
0.65
4
8
PHE
0.72
5
9
LEU
0.78
6
10
LYS
0.82
7
11
PRO
0.77
8
12
ARG
0.76
9
13
LEU
0.67
10
14
VAL
0.71
11
15
ASP
0.73
12
16
ILE
0.77
13
17
GLU
0.80
14
18
GLN
0.82
15
19
VAL
0.90
16
20
SER
0.84
17
21
SER
0.79
18
22
THR
0.78
19
23
HIS
0.74
20
24
ALA
0.86
21
25
LYS
0.85
22
26
VAL
0.72
23
27
THR
0.72
24
28
LEU
0.62
25
29
GLU
0.63
26
30
PRO
0.65
27
31
LEU
0.65
28
32
GLU
0.76
29
33
ARG
0.72
30
34
GLY
0.67
31
35
PHE
0.67
32
36
GLY
0.62
Sequence of
5    ​V​​T​​E​​F​​L​​K​​P​​R​​L​​V​15   ​D​​I​​E​​Q​​V​​S​​S​​T​​H​​A​25   ​K​​V​​T​​L​​E​​P​​L​​E​​R​​G​35   ​F​​G​​H​​T​​L​​G​​N​​A​​L​​R​45   ​R​​I​​L​​L​​S​​S​​M​​P​​G​​C​55   ​A​​V​​T​​E​​V​​E​​I​​D​​G​​V​65   ​L​​H​​E​​Y​​S​​T​​K​​E​​G​​V​75   ​Q​​E​​D​​I​​L​​E​​I​​L​​L​​N​85   ​L​​K​​G​​L​​A​​V​​R​​V​​Q​​G​95   ​K​​D​​E​​V​​I​​L​​T​​L​​N​​K​105  ​S​​G​​I​​G​​P​​V​​T​​A​​A​​D​115  ​I​​T​​H​​D​​G​​D​​V​​E​​I​​V​125  ​K​​P​​Q​​H​​V​​I​​C​​H​​L​​T​135  ​D​​E​​N​​A​​S​​I​​S​​M​​R​​I​145  ​K​​V​​Q​​R​​G​​R​​G​​Y​​V​​P​155  ​A​​S​​T​​R​​I​​H​​S​​E​​E​​D​165  ​E​​R​​P​​I​​G​​R​​L​​L​​V​​D​175  ​A​​C​​Y​​S​​P​​V​​E​​R​​I​​A​185  ​Y​​N​​V​​E​​A​​A​​R​​V​​E​​Q​195  ​R​​T​​D​​L​​D​​K​​L​​V​​I​​E​205  ​M​​E​​T​​N​​G​​T​​I​​D​​P​​E​215  ​E​​A​​I​​R​​R​​A​​A​​T​​I​​L​225  ​A​​E​​Q​​L​​E​​A​​F​​V​​D​​L​235  ​R​​D​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.35 .. 1.29
-0.35
1.29
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
5
VAL
-0.35
2
6
THR
-0.27
3
7
GLU
-0.20
4
8
PHE
-0.12
5
9
LEU
-0.07
6
10
LYS
-0.05
7
11
PRO
-0.04
8
12
ARG
-0.01
9
13
LEU
0.02
10
14
VAL
0.04
11
15
ASP
0.11
12
16
ILE
0.19
13
17
GLU
0.31
14
18
GLN
0.46
15
19
VAL
0.55
16
20
SER
0.54
17
21
SER
0.56
18
22
THR
0.56
19
23
HIS
0.46
20
24
ALA
0.39
21
25
LYS
0.36
22
26
VAL
0.33
23
27
THR
0.31
24
28
LEU
0.28
25
29
GLU
0.33
26
30
PRO
0.33
27
31
LEU
0.38
28
32
GLU
0.43
29
33
ARG
0.49
30
34
GLY
0.53
31
35
PHE
0.52
32
36
GLY
0.54
Sequence of
5    ​V​​T​​E​​F​​L​​K​​P​​R​​L​​V​15   ​D​​I​​E​​Q​​V​​S​​S​​T​​H​​A​25   ​K​​V​​T​​L​​E​​P​​L​​E​​R​​G​35   ​F​​G​​H​​T​​L​​G​​N​​A​​L​​R​45   ​R​​I​​L​​L​​S​​S​​M​​P​​G​​C​55   ​A​​V​​T​​E​​V​​E​​I​​D​​G​​V​65   ​L​​H​​E​​Y​​S​​T​​K​​E​​G​​V​75   ​Q​​E​​D​​I​​L​​E​​I​​L​​L​​N​85   ​L​​K​​G​​L​​A​​V​​R​​V​​Q​​G​95   ​K​​D​​E​​V​​I​​L​​T​​L​​N​​K​105  ​S​​G​​I​​G​​P​​V​​T​​A​​A​​D​115  ​I​​T​​H​​D​​G​​D​​V​​E​​I​​V​125  ​K​​P​​Q​​H​​V​​I​​C​​H​​L​​T​135  ​D​​E​​N​​A​​S​​I​​S​​M​​R​​I​145  ​K​​V​​Q​​R​​G​​R​​G​​Y​​V​​P​155  ​A​​S​​T​​R​​I​​H​​S​​E​​E​​D​165  ​E​​R​​P​​I​​G​​R​​L​​L​​V​​D​175  ​A​​C​​Y​​S​​P​​V​​E​​R​​I​​A​185  ​Y​​N​​V​​E​​A​​A​​R​​V​​E​​Q​195  ​R​​T​​D​​L​​D​​K​​L​​V​​I​​E​205  ​M​​E​​T​​N​​G​​T​​I​​D​​P​​E​215  ​E​​A​​I​​R​​R​​A​​A​​T​​I​​L​225  ​A​​E​​Q​​L​​E​​A​​F​​V​​D​​L​235  ​R​​D​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.59 .. 3.31
0.59
3.31
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
5
VAL
0.92
2
6
THR
1.13
3
7
GLU
1.33
4
8
PHE
1.52
5
9
LEU
1.63
6
10
LYS
1.63
7
11
PRO
1.58
8
12
ARG
1.62
9
13
LEU
1.53
10
14
VAL
1.56
11
15
ASP
1.81
12
16
ILE
1.94
13
17
GLU
2.13
14
18
GLN
2.29
15
19
VAL
2.47
16
20
SER
2.36
17
21
SER
2.34
18
22
THR
2.35
19
23
HIS
2.06
20
24
ALA
1.98
21
25
LYS
1.94
22
26
VAL
1.79
23
27
THR
1.78
24
28
LEU
1.64
25
29
GLU
1.71
26
30
PRO
1.73
27
31
LEU
1.71
28
32
GLU
1.82
29
33
ARG
1.83
30
34
GLY
1.77
31
35
PHE
1.73
32
36
GLY
1.64