4810 6RD9 S v1-4
4810_6rd9_S_v1-4
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RCSB PDB: 6RD9
EMDB: 4810
Structure title CryoEM structure of Polytomella F-ATP synthase, Primary rotary state 1, composite map
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.0 Å
Source organism Polytomella sp. Pringsheim 198.80
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39   ​S​​N​​Q​​A​​V​​K​​Q​​R​​I​​R​49   ​A​​I​​K​​N​​I​​G​​K​​I​​T​​K​59   ​A​​M​​K​​M​​V​​A​​A​​S​​K​​M​69   ​K​​N​​A​​Q​​I​​A​​V​​E​​Q​​S​79   ​R​​G​​L​​V​​D​​P​​F​​V​​R​​L​89   ​F​​G​​D​​F​​P​​A​​V​​N​​S​​N​99   ​K​​S​​V​​V​​V​​A​​V​​T​​S​​D​109  ​K​​G​​L​​C​​G​​G​​L​​N​​S​​N​119  ​I​​T​​K​​Y​​T​​R​​A​​T​​L​​A​129  ​T​​T​​E​​S​​E​​G​​K​​D​​V​​V​139  ​V​​V​​S​​I​​G​​D​​K​​G​​R​​S​149  ​Q​​L​​T​​R​​I​​E​​S​​Q​​R​​Y​159  ​Q​​L​​A​​I​​A​​D​​T​​Y​​K​​V​169  ​R​​V​​T​​F​​G​​Q​​A​​S​​L​​I​179  ​V​​E​​E​​L​​I​​K​​H​​N​​P​​Q​189  ​S​​Y​​Q​​I​​L​​F​​N​​K​​F​​R​199  ​S​​A​​I​​S​​F​​K​​P​​T​​V​​A​209  ​T​​I​​L​​S​​P​​D​​L​​L​​E​​K​219  ​Q​​L​​E​​D​​V​​T​​G​​N​​S​​L​229  ​D​​A​​Y​​D​​I​​E​​A​​S​​H​​E​239  ​R​​S​​D​​V​​L​​R​​D​​L​​T​​E​249  ​F​​H​​L​​G​​V​​T​​L​​Y​​N​​A​259  ​M​​L​​E​​N​​N​​C​​S​​E​​H​​A​269  ​S​​R​​M​​S​​A​​M​​E​​N​​S​​T​279  ​K​​S​​A​​G​​E​​M​​L​​G​​K​​L​289  ​T​​L​​D​​Y​​N​​R​​K​​R​​Q​​A​299  ​T​​I​​T​​T​​E​​L​​I​​E​​I​​I​309  ​A​​G​​A​​S​​A​​L​​M​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.11 .. 1.37
0.11
1.37
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
39
SER
0.75
2
40
ASN
0.83
3
41
GLN
0.89
4
42
ALA
0.87
5
43
VAL
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6
44
LYS
0.74
7
45
GLN
0.61
8
46
ARG
0.59
9
47
ILE
0.54
10
48
ARG
0.56
11
49
ALA
0.69
12
50
ILE
0.78
13
51
LYS
0.83
14
52
ASN
0.85
15
53
ILE
0.76
16
54
GLY
0.79
17
55
LYS
0.86
18
56
ILE
0.87
19
57
THR
0.80
20
58
LYS
0.84
21
59
ALA
0.82
22
60
MET
0.76
23
61
LYS
0.77
24
62
MET
0.81
25
63
VAL
0.88
26
64
ALA
0.89
27
65
ALA
0.86
28
66
SER
0.92
29
67
LYS
0.93
30
68
MET
0.79
31
69
LYS
0.68
32
70
ASN
0.68
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Download PDB file DAQ[Cα]
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Sequence of
39   ​S​​N​​Q​​A​​V​​K​​Q​​R​​I​​R​49   ​A​​I​​K​​N​​I​​G​​K​​I​​T​​K​59   ​A​​M​​K​​M​​V​​A​​A​​S​​K​​M​69   ​K​​N​​A​​Q​​I​​A​​V​​E​​Q​​S​79   ​R​​G​​L​​V​​D​​P​​F​​V​​R​​L​89   ​F​​G​​D​​F​​P​​A​​V​​N​​S​​N​99   ​K​​S​​V​​V​​V​​A​​V​​T​​S​​D​109  ​K​​G​​L​​C​​G​​G​​L​​N​​S​​N​119  ​I​​T​​K​​Y​​T​​R​​A​​T​​L​​A​129  ​T​​T​​E​​S​​E​​G​​K​​D​​V​​V​139  ​V​​V​​S​​I​​G​​D​​K​​G​​R​​S​149  ​Q​​L​​T​​R​​I​​E​​S​​Q​​R​​Y​159  ​Q​​L​​A​​I​​A​​D​​T​​Y​​K​​V​169  ​R​​V​​T​​F​​G​​Q​​A​​S​​L​​I​179  ​V​​E​​E​​L​​I​​K​​H​​N​​P​​Q​189  ​S​​Y​​Q​​I​​L​​F​​N​​K​​F​​R​199  ​S​​A​​I​​S​​F​​K​​P​​T​​V​​A​209  ​T​​I​​L​​S​​P​​D​​L​​L​​E​​K​219  ​Q​​L​​E​​D​​V​​T​​G​​N​​S​​L​229  ​D​​A​​Y​​D​​I​​E​​A​​S​​H​​E​239  ​R​​S​​D​​V​​L​​R​​D​​L​​T​​E​249  ​F​​H​​L​​G​​V​​T​​L​​Y​​N​​A​259  ​M​​L​​E​​N​​N​​C​​S​​E​​H​​A​269  ​S​​R​​M​​S​​A​​M​​E​​N​​S​​T​279  ​K​​S​​A​​G​​E​​M​​L​​G​​K​​L​289  ​T​​L​​D​​Y​​N​​R​​K​​R​​Q​​A​299  ​T​​I​​T​​T​​E​​L​​I​​E​​I​​I​309  ​A​​G​​A​​S​​A​​L​​M​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.12 .. 1.37
0.12
1.37
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
39
SER
0.43
2
40
ASN
0.49
3
41
GLN
0.48
4
42
ALA
0.46
5
43
VAL
0.54
6
44
LYS
0.41
7
45
GLN
0.44
8
46
ARG
0.48
9
47
ILE
0.53
10
48
ARG
0.59
11
49
ALA
0.77
12
50
ILE
0.81
13
51
LYS
0.80
14
52
ASN
0.75
15
53
ILE
0.71
16
54
GLY
0.80
17
55
LYS
0.92
18
56
ILE
0.89
19
57
THR
0.93
20
58
LYS
0.91
21
59
ALA
0.93
22
60
MET
0.94
23
61
LYS
0.99
24
62
MET
0.99
25
63
VAL
1.02
26
64
ALA
0.99
27
65
ALA
0.79
28
66
SER
0.79
29
67
LYS
0.76
30
68
MET
0.67
31
69
LYS
0.64
32
70
ASN
0.68
3D View
Download PDB file DAQ[SS]
Download Secondary Structure Prediction file
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Sequence of
39   ​S​​N​​Q​​A​​V​​K​​Q​​R​​I​​R​49   ​A​​I​​K​​N​​I​​G​​K​​I​​T​​K​59   ​A​​M​​K​​M​​V​​A​​A​​S​​K​​M​69   ​K​​N​​A​​Q​​I​​A​​V​​E​​Q​​S​79   ​R​​G​​L​​V​​D​​P​​F​​V​​R​​L​89   ​F​​G​​D​​F​​P​​A​​V​​N​​S​​N​99   ​K​​S​​V​​V​​V​​A​​V​​T​​S​​D​109  ​K​​G​​L​​C​​G​​G​​L​​N​​S​​N​119  ​I​​T​​K​​Y​​T​​R​​A​​T​​L​​A​129  ​T​​T​​E​​S​​E​​G​​K​​D​​V​​V​139  ​V​​V​​S​​I​​G​​D​​K​​G​​R​​S​149  ​Q​​L​​T​​R​​I​​E​​S​​Q​​R​​Y​159  ​Q​​L​​A​​I​​A​​D​​T​​Y​​K​​V​169  ​R​​V​​T​​F​​G​​Q​​A​​S​​L​​I​179  ​V​​E​​E​​L​​I​​K​​H​​N​​P​​Q​189  ​S​​Y​​Q​​I​​L​​F​​N​​K​​F​​R​199  ​S​​A​​I​​S​​F​​K​​P​​T​​V​​A​209  ​T​​I​​L​​S​​P​​D​​L​​L​​E​​K​219  ​Q​​L​​E​​D​​V​​T​​G​​N​​S​​L​229  ​D​​A​​Y​​D​​I​​E​​A​​S​​H​​E​239  ​R​​S​​D​​V​​L​​R​​D​​L​​T​​E​249  ​F​​H​​L​​G​​V​​T​​L​​Y​​N​​A​259  ​M​​L​​E​​N​​N​​C​​S​​E​​H​​A​269  ​S​​R​​M​​S​​A​​M​​E​​N​​S​​T​279  ​K​​S​​A​​G​​E​​M​​L​​G​​K​​L​289  ​T​​L​​D​​Y​​N​​R​​K​​R​​Q​​A​299  ​T​​I​​T​​T​​E​​L​​I​​E​​I​​I​309  ​A​​G​​A​​S​​A​​L​​M​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.25 .. 1.07
-0.25
1.07
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
39
SER
0.29
2
40
ASN
0.32
3
41
GLN
0.34
4
42
ALA
0.35
5
43
VAL
0.35
6
44
LYS
0.36
7
45
GLN
0.38
8
46
ARG
0.37
9
47
ILE
0.38
10
48
ARG
0.39
11
49
ALA
0.42
12
50
ILE
0.49
13
51
LYS
0.51
14
52
ASN
0.55
15
53
ILE
0.56
16
54
GLY
0.57
17
55
LYS
0.58
18
56
ILE
0.58
19
57
THR
0.58
20
58
LYS
0.58
21
59
ALA
0.58
22
60
MET
0.58
23
61
LYS
0.57
24
62
MET
0.59
25
63
VAL
0.59
26
64
ALA
0.59
27
65
ALA
0.58
28
66
SER
0.58
29
67
LYS
0.58
30
68
MET
0.48
31
69
LYS
0.44
32
70
ASN
0.42
3D View
Download PDB file DAQ[Total]
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Sequence of
39   ​S​​N​​Q​​A​​V​​K​​Q​​R​​I​​R​49   ​A​​I​​K​​N​​I​​G​​K​​I​​T​​K​59   ​A​​M​​K​​M​​V​​A​​A​​S​​K​​M​69   ​K​​N​​A​​Q​​I​​A​​V​​E​​Q​​S​79   ​R​​G​​L​​V​​D​​P​​F​​V​​R​​L​89   ​F​​G​​D​​F​​P​​A​​V​​N​​S​​N​99   ​K​​S​​V​​V​​V​​A​​V​​T​​S​​D​109  ​K​​G​​L​​C​​G​​G​​L​​N​​S​​N​119  ​I​​T​​K​​Y​​T​​R​​A​​T​​L​​A​129  ​T​​T​​E​​S​​E​​G​​K​​D​​V​​V​139  ​V​​V​​S​​I​​G​​D​​K​​G​​R​​S​149  ​Q​​L​​T​​R​​I​​E​​S​​Q​​R​​Y​159  ​Q​​L​​A​​I​​A​​D​​T​​Y​​K​​V​169  ​R​​V​​T​​F​​G​​Q​​A​​S​​L​​I​179  ​V​​E​​E​​L​​I​​K​​H​​N​​P​​Q​189  ​S​​Y​​Q​​I​​L​​F​​N​​K​​F​​R​199  ​S​​A​​I​​S​​F​​K​​P​​T​​V​​A​209  ​T​​I​​L​​S​​P​​D​​L​​L​​E​​K​219  ​Q​​L​​E​​D​​V​​T​​G​​N​​S​​L​229  ​D​​A​​Y​​D​​I​​E​​A​​S​​H​​E​239  ​R​​S​​D​​V​​L​​R​​D​​L​​T​​E​249  ​F​​H​​L​​G​​V​​T​​L​​Y​​N​​A​259  ​M​​L​​E​​N​​N​​C​​S​​E​​H​​A​269  ​S​​R​​M​​S​​A​​M​​E​​N​​S​​T​279  ​K​​S​​A​​G​​E​​M​​L​​G​​K​​L​289  ​T​​L​​D​​Y​​N​​R​​K​​R​​Q​​A​299  ​T​​I​​T​​T​​E​​L​​I​​E​​I​​I​309  ​A​​G​​A​​S​​A​​L​​M​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: 0.39 .. 3.23
0.39
3.23
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
39
SER
1.46
2
40
ASN
1.64
3
41
GLN
1.71
4
42
ALA
1.68
5
43
VAL
1.70
6
44
LYS
1.52
7
45
GLN
1.43
8
46
ARG
1.44
9
47
ILE
1.46
10
48
ARG
1.54
11
49
ALA
1.88
12
50
ILE
2.08
13
51
LYS
2.14
14
52
ASN
2.15
15
53
ILE
2.03
16
54
GLY
2.16
17
55
LYS
2.35
18
56
ILE
2.35
19
57
THR
2.32
20
58
LYS
2.33
21
59
ALA
2.33
22
60
MET
2.27
23
61
LYS
2.33
24
62
MET
2.39
25
63
VAL
2.50
26
64
ALA
2.47
27
65
ALA
2.23
28
66
SER
2.29
29
67
LYS
2.27
30
68
MET
1.94
31
69
LYS
1.76
32
70
ASN
1.77