4810 6RD9 X v1-4
4810_6rd9_X_v1-4
Sharing Feedback
RCSB PDB: 6RD9
EMDB: 4810
Structure title CryoEM structure of Polytomella F-ATP synthase, Primary rotary state 1, composite map
Method ELECTRON MICROSCOPY
Resolution 3.0 Å
Source organism Polytomella sp. Pringsheim 198.80
3D View
Download PDB file DAQ[AA]
Render Map
Sequence of
33   ​P​​A​​I​​D​​A​​G​​Y​​V​​S​​Q​43   ​V​​I​​G​​P​​V​​V​​D​​V​​R​​F​53   ​D​​G​​E​​L​​P​​S​​I​​L​​S​​S​63   ​L​​E​​V​​E​​G​​H​​S​​V​​R​​L​73   ​V​​L​​E​​V​​A​​Q​​H​​M​​G​​D​83   ​N​​T​​V​​R​​C​​I​​A​​M​​D​​S​93   ​T​​D​​G​​L​​V​​R​​G​​Q​​K​​V​103  ​V​​D​​T​​G​​S​​P​​I​​K​​V​​P​113  ​V​​G​​R​​G​​T​​L​​G​​R​​I​​M​123  ​N​​V​​I​​G​​E​​P​​V​​D​​E​​Q​133  ​G​​P​​I​​D​​A​​A​​D​​I​​W​​S​143  ​I​​H​​R​​E​​A​​P​​E​​F​​T​​E​153  ​Q​​S​​T​​E​​Q​​E​​I​​L​​V​​T​163  ​G​​I​​K​​V​​V​​D​​L​​L​​A​​P​173  ​Y​​Q​​R​​G​​G​​K​​I​​G​​L​​F​183  ​G​​G​​A​​G​​V​​G​​K​​T​​V​​L​193  ​I​​M​​E​​L​​I​​N​​N​​V​​A​​K​203  ​A​​H​​G​​G​​F​​S​​V​​F​​A​​G​213  ​V​​G​​E​​R​​T​​R​​E​​G​​N​​D​223  ​L​​Y​​R​​E​​M​​I​​E​​S​​G​​V​233  ​I​​K​​L​​G​​A​​E​​R​​G​​N​​S​243  ​K​​C​​T​​L​​V​​Y​​G​​Q​​M​​N​253  ​E​​P​​P​​G​​A​​R​​A​​R​​V​​A​263  ​L​​T​​G​​L​​T​​V​​A​​E​​Y​​F​273  ​R​​D​​I​​E​​G​​Q​​D​​V​​L​​L​283  ​F​​V​​D​​N​​I​​F​​R​​F​​T​​Q​293  ​A​​N​​S​​E​​V​​S​​A​​L​​L​​G​303  ​R​​I​​P​​S​​A​​V​​G​​Y​​Q​​P​313  ​T​​L​​A​​T​​D​​L​​G​​G​​L​​Q​323  ​E​​R​​I​​T​​T​​T​​T​​K​​G​​S​333  ​I​​T​​S​​V​​Q​​A​​V​​Y​​V​​P​343  ​A​​D​​D​​L​​T​​D​​P​​A​​P​​A​353  ​T​​T​​F​​A​​H​​L​​D​​A​​T​​T​363  ​V​​L​​S​​R​​S​​I​​A​​E​​L​​G​373  ​I​​Y​​P​​A​​V​​D​​P​​L​​D​​S​383  ​T​​S​​R​​M​​L​​N​​P​​N​​V​​I​393  ​G​​A​​E​​H​​Y​​N​​V​​A​​R​​G​403  ​V​​Q​​K​​V​​L​​Q​​D​​Y​​K​​N​413  ​L​​Q​​D​​I​​I​​A​​I​​L​​G​​M​423  ​D​​E​​L​​S​​E​​E​​D​​K​​L​​T​433  ​V​​A​​R​​A​​R​​K​​I​​Q​​R​​F​443  ​L​​S​​Q​​P​​F​​Q​​V​​A​​E​​V​453  ​F​​T​​G​​T​​P​​G​​K​​Y​​V​​D​463  ​L​​A​​D​​T​​I​​S​​G​​F​​Q​​G​473  ​V​​L​​T​​G​​K​​Y​​D​​D​​L​​P​483  ​E​​M​​A​​F​​Y​​M​​V​​G​​D​​I​493  ​K​​E​​V​​K​​E​​K​​A​​D​​K​​M​503  ​A​​K​​D​​I​​A​​S​​R​​K​​E​​A​513  ​D​​N​​K​​K​​V​​S​​E​​E​​L​​K​523  ​D​​I​​P​​S​​L​​D​​K​​L​​V​​S​533  ​E​​I​​K​​E​​V​​V​​I​​E​​E​​D​543  ​D​​G​​L​​E​​E​​D​​F​​K​​A​​E​553  ​A​​L​​S​​S​​E​​T​​V​​V​​L​​N​563  ​E​​E​​G​​K​​S​​V​​P​​L​​P​​K​573  ​K​​N​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.01 .. 1.46
-0.01
1.46
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[AA]
1
33
PRO
-0.01
2
34
ALA
0.18
3
35
ILE
0.30
4
36
ASP
0.37
5
37
ALA
0.44
6
38
GLY
0.53
7
39
TYR
0.65
8
40
VAL
0.65
9
41
SER
0.74
10
42
GLN
0.79
11
43
VAL
0.87
12
44
ILE
0.92
13
45
GLY
1.11
14
46
PRO
1.18
15
47
VAL
1.29
16
48
VAL
1.42
17
49
ASP
1.46
18
50
VAL
1.41
19
51
ARG
1.29
20
52
PHE
1.35
21
53
ASP
1.31
22
54
GLY
1.27
23
55
GLU
1.27
24
56
LEU
1.32
25
57
PRO
1.28
26
58
SER
1.25
27
59
ILE
1.17
28
60
LEU
1.11
29
61
SER
1.05
30
62
SER
1.05
31
63
LEU
1.09
32
64
GLU
1.05
3D View
Download PDB file DAQ[Cα]
Render Map
Sequence of
33   ​P​​A​​I​​D​​A​​G​​Y​​V​​S​​Q​43   ​V​​I​​G​​P​​V​​V​​D​​V​​R​​F​53   ​D​​G​​E​​L​​P​​S​​I​​L​​S​​S​63   ​L​​E​​V​​E​​G​​H​​S​​V​​R​​L​73   ​V​​L​​E​​V​​A​​Q​​H​​M​​G​​D​83   ​N​​T​​V​​R​​C​​I​​A​​M​​D​​S​93   ​T​​D​​G​​L​​V​​R​​G​​Q​​K​​V​103  ​V​​D​​T​​G​​S​​P​​I​​K​​V​​P​113  ​V​​G​​R​​G​​T​​L​​G​​R​​I​​M​123  ​N​​V​​I​​G​​E​​P​​V​​D​​E​​Q​133  ​G​​P​​I​​D​​A​​A​​D​​I​​W​​S​143  ​I​​H​​R​​E​​A​​P​​E​​F​​T​​E​153  ​Q​​S​​T​​E​​Q​​E​​I​​L​​V​​T​163  ​G​​I​​K​​V​​V​​D​​L​​L​​A​​P​173  ​Y​​Q​​R​​G​​G​​K​​I​​G​​L​​F​183  ​G​​G​​A​​G​​V​​G​​K​​T​​V​​L​193  ​I​​M​​E​​L​​I​​N​​N​​V​​A​​K​203  ​A​​H​​G​​G​​F​​S​​V​​F​​A​​G​213  ​V​​G​​E​​R​​T​​R​​E​​G​​N​​D​223  ​L​​Y​​R​​E​​M​​I​​E​​S​​G​​V​233  ​I​​K​​L​​G​​A​​E​​R​​G​​N​​S​243  ​K​​C​​T​​L​​V​​Y​​G​​Q​​M​​N​253  ​E​​P​​P​​G​​A​​R​​A​​R​​V​​A​263  ​L​​T​​G​​L​​T​​V​​A​​E​​Y​​F​273  ​R​​D​​I​​E​​G​​Q​​D​​V​​L​​L​283  ​F​​V​​D​​N​​I​​F​​R​​F​​T​​Q​293  ​A​​N​​S​​E​​V​​S​​A​​L​​L​​G​303  ​R​​I​​P​​S​​A​​V​​G​​Y​​Q​​P​313  ​T​​L​​A​​T​​D​​L​​G​​G​​L​​Q​323  ​E​​R​​I​​T​​T​​T​​T​​K​​G​​S​333  ​I​​T​​S​​V​​Q​​A​​V​​Y​​V​​P​343  ​A​​D​​D​​L​​T​​D​​P​​A​​P​​A​353  ​T​​T​​F​​A​​H​​L​​D​​A​​T​​T​363  ​V​​L​​S​​R​​S​​I​​A​​E​​L​​G​373  ​I​​Y​​P​​A​​V​​D​​P​​L​​D​​S​383  ​T​​S​​R​​M​​L​​N​​P​​N​​V​​I​393  ​G​​A​​E​​H​​Y​​N​​V​​A​​R​​G​403  ​V​​Q​​K​​V​​L​​Q​​D​​Y​​K​​N​413  ​L​​Q​​D​​I​​I​​A​​I​​L​​G​​M​423  ​D​​E​​L​​S​​E​​E​​D​​K​​L​​T​433  ​V​​A​​R​​A​​R​​K​​I​​Q​​R​​F​443  ​L​​S​​Q​​P​​F​​Q​​V​​A​​E​​V​453  ​F​​T​​G​​T​​P​​G​​K​​Y​​V​​D​463  ​L​​A​​D​​T​​I​​S​​G​​F​​Q​​G​473  ​V​​L​​T​​G​​K​​Y​​D​​D​​L​​P​483  ​E​​M​​A​​F​​Y​​M​​V​​G​​D​​I​493  ​K​​E​​V​​K​​E​​K​​A​​D​​K​​M​503  ​A​​K​​D​​I​​A​​S​​R​​K​​E​​A​513  ​D​​N​​K​​K​​V​​S​​E​​E​​L​​K​523  ​D​​I​​P​​S​​L​​D​​K​​L​​V​​S​533  ​E​​I​​K​​E​​V​​V​​I​​E​​E​​D​543  ​D​​G​​L​​E​​E​​D​​F​​K​​A​​E​553  ​A​​L​​S​​S​​E​​T​​V​​V​​L​​N​563  ​E​​E​​G​​K​​S​​V​​P​​L​​P​​K​573  ​K​​N​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.12 .. 1.11
-0.12
1.11
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[ATOM]
1
33
PRO
-0.12
2
34
ALA
0.04
3
35
ILE
0.16
4
36
ASP
0.16
5
37
ALA
0.22
6
38
GLY
0.29
7
39
TYR
0.37
8
40
VAL
0.42
9
41
SER
0.47
10
42
GLN
0.47
11
43
VAL
0.53
12
44
ILE
0.55
13
45
GLY
0.57
14
46
PRO
0.67
15
47
VAL
0.77
16
48
VAL
0.84
17
49
ASP
0.82
18
50
VAL
0.83
19
51
ARG
0.84
20
52
PHE
0.84
21
53
ASP
0.81
22
54
GLY
0.63
23
55
GLU
0.71
24
56
LEU
0.68
25
57
PRO
0.70
26
58
SER
0.66
27
59
ILE
0.62
28
60
LEU
0.62
29
61
SER
0.67
30
62
SER
0.70
31
63
LEU
0.74
32
64
GLU
0.78
3D View
Download PDB file DAQ[SS]
Download Secondary Structure Prediction file
Render Map
Sequence of
33   ​P​​A​​I​​D​​A​​G​​Y​​V​​S​​Q​43   ​V​​I​​G​​P​​V​​V​​D​​V​​R​​F​53   ​D​​G​​E​​L​​P​​S​​I​​L​​S​​S​63   ​L​​E​​V​​E​​G​​H​​S​​V​​R​​L​73   ​V​​L​​E​​V​​A​​Q​​H​​M​​G​​D​83   ​N​​T​​V​​R​​C​​I​​A​​M​​D​​S​93   ​T​​D​​G​​L​​V​​R​​G​​Q​​K​​V​103  ​V​​D​​T​​G​​S​​P​​I​​K​​V​​P​113  ​V​​G​​R​​G​​T​​L​​G​​R​​I​​M​123  ​N​​V​​I​​G​​E​​P​​V​​D​​E​​Q​133  ​G​​P​​I​​D​​A​​A​​D​​I​​W​​S​143  ​I​​H​​R​​E​​A​​P​​E​​F​​T​​E​153  ​Q​​S​​T​​E​​Q​​E​​I​​L​​V​​T​163  ​G​​I​​K​​V​​V​​D​​L​​L​​A​​P​173  ​Y​​Q​​R​​G​​G​​K​​I​​G​​L​​F​183  ​G​​G​​A​​G​​V​​G​​K​​T​​V​​L​193  ​I​​M​​E​​L​​I​​N​​N​​V​​A​​K​203  ​A​​H​​G​​G​​F​​S​​V​​F​​A​​G​213  ​V​​G​​E​​R​​T​​R​​E​​G​​N​​D​223  ​L​​Y​​R​​E​​M​​I​​E​​S​​G​​V​233  ​I​​K​​L​​G​​A​​E​​R​​G​​N​​S​243  ​K​​C​​T​​L​​V​​Y​​G​​Q​​M​​N​253  ​E​​P​​P​​G​​A​​R​​A​​R​​V​​A​263  ​L​​T​​G​​L​​T​​V​​A​​E​​Y​​F​273  ​R​​D​​I​​E​​G​​Q​​D​​V​​L​​L​283  ​F​​V​​D​​N​​I​​F​​R​​F​​T​​Q​293  ​A​​N​​S​​E​​V​​S​​A​​L​​L​​G​303  ​R​​I​​P​​S​​A​​V​​G​​Y​​Q​​P​313  ​T​​L​​A​​T​​D​​L​​G​​G​​L​​Q​323  ​E​​R​​I​​T​​T​​T​​T​​K​​G​​S​333  ​I​​T​​S​​V​​Q​​A​​V​​Y​​V​​P​343  ​A​​D​​D​​L​​T​​D​​P​​A​​P​​A​353  ​T​​T​​F​​A​​H​​L​​D​​A​​T​​T​363  ​V​​L​​S​​R​​S​​I​​A​​E​​L​​G​373  ​I​​Y​​P​​A​​V​​D​​P​​L​​D​​S​383  ​T​​S​​R​​M​​L​​N​​P​​N​​V​​I​393  ​G​​A​​E​​H​​Y​​N​​V​​A​​R​​G​403  ​V​​Q​​K​​V​​L​​Q​​D​​Y​​K​​N​413  ​L​​Q​​D​​I​​I​​A​​I​​L​​G​​M​423  ​D​​E​​L​​S​​E​​E​​D​​K​​L​​T​433  ​V​​A​​R​​A​​R​​K​​I​​Q​​R​​F​443  ​L​​S​​Q​​P​​F​​Q​​V​​A​​E​​V​453  ​F​​T​​G​​T​​P​​G​​K​​Y​​V​​D​463  ​L​​A​​D​​T​​I​​S​​G​​F​​Q​​G​473  ​V​​L​​T​​G​​K​​Y​​D​​D​​L​​P​483  ​E​​M​​A​​F​​Y​​M​​V​​G​​D​​I​493  ​K​​E​​V​​K​​E​​K​​A​​D​​K​​M​503  ​A​​K​​D​​I​​A​​S​​R​​K​​E​​A​513  ​D​​N​​K​​K​​V​​S​​E​​E​​L​​K​523  ​D​​I​​P​​S​​L​​D​​K​​L​​V​​S​533  ​E​​I​​K​​E​​V​​V​​I​​E​​E​​D​543  ​D​​G​​L​​E​​E​​D​​F​​K​​A​​E​553  ​A​​L​​S​​S​​E​​T​​V​​V​​L​​N​563  ​E​​E​​G​​K​​S​​V​​P​​L​​P​​K​573  ​K​​N​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -1.39 .. 1.05
-1.39
1.05
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[SS]
1
33
PRO
0.45
2
34
ALA
0.55
3
35
ILE
0.60
4
36
ASP
0.59
5
37
ALA
0.58
6
38
GLY
0.64
7
39
TYR
0.70
8
40
VAL
0.75
9
41
SER
0.79
10
42
GLN
0.82
11
43
VAL
0.82
12
44
ILE
0.85
13
45
GLY
0.90
14
46
PRO
0.93
15
47
VAL
0.95
16
48
VAL
0.98
17
49
ASP
0.93
18
50
VAL
0.86
19
51
ARG
0.76
20
52
PHE
0.65
21
53
ASP
0.60
22
54
GLY
0.62
23
55
GLU
0.67
24
56
LEU
0.70
25
57
PRO
0.59
26
58
SER
0.49
27
59
ILE
0.44
28
60
LEU
0.38
29
61
SER
0.31
30
62
SER
0.18
31
63
LEU
0.22
32
64
GLU
0.27
3D View
Download PDB file DAQ[Total]
Render Map
Sequence of
33   ​P​​A​​I​​D​​A​​G​​Y​​V​​S​​Q​43   ​V​​I​​G​​P​​V​​V​​D​​V​​R​​F​53   ​D​​G​​E​​L​​P​​S​​I​​L​​S​​S​63   ​L​​E​​V​​E​​G​​H​​S​​V​​R​​L​73   ​V​​L​​E​​V​​A​​Q​​H​​M​​G​​D​83   ​N​​T​​V​​R​​C​​I​​A​​M​​D​​S​93   ​T​​D​​G​​L​​V​​R​​G​​Q​​K​​V​103  ​V​​D​​T​​G​​S​​P​​I​​K​​V​​P​113  ​V​​G​​R​​G​​T​​L​​G​​R​​I​​M​123  ​N​​V​​I​​G​​E​​P​​V​​D​​E​​Q​133  ​G​​P​​I​​D​​A​​A​​D​​I​​W​​S​143  ​I​​H​​R​​E​​A​​P​​E​​F​​T​​E​153  ​Q​​S​​T​​E​​Q​​E​​I​​L​​V​​T​163  ​G​​I​​K​​V​​V​​D​​L​​L​​A​​P​173  ​Y​​Q​​R​​G​​G​​K​​I​​G​​L​​F​183  ​G​​G​​A​​G​​V​​G​​K​​T​​V​​L​193  ​I​​M​​E​​L​​I​​N​​N​​V​​A​​K​203  ​A​​H​​G​​G​​F​​S​​V​​F​​A​​G​213  ​V​​G​​E​​R​​T​​R​​E​​G​​N​​D​223  ​L​​Y​​R​​E​​M​​I​​E​​S​​G​​V​233  ​I​​K​​L​​G​​A​​E​​R​​G​​N​​S​243  ​K​​C​​T​​L​​V​​Y​​G​​Q​​M​​N​253  ​E​​P​​P​​G​​A​​R​​A​​R​​V​​A​263  ​L​​T​​G​​L​​T​​V​​A​​E​​Y​​F​273  ​R​​D​​I​​E​​G​​Q​​D​​V​​L​​L​283  ​F​​V​​D​​N​​I​​F​​R​​F​​T​​Q​293  ​A​​N​​S​​E​​V​​S​​A​​L​​L​​G​303  ​R​​I​​P​​S​​A​​V​​G​​Y​​Q​​P​313  ​T​​L​​A​​T​​D​​L​​G​​G​​L​​Q​323  ​E​​R​​I​​T​​T​​T​​T​​K​​G​​S​333  ​I​​T​​S​​V​​Q​​A​​V​​Y​​V​​P​343  ​A​​D​​D​​L​​T​​D​​P​​A​​P​​A​353  ​T​​T​​F​​A​​H​​L​​D​​A​​T​​T​363  ​V​​L​​S​​R​​S​​I​​A​​E​​L​​G​373  ​I​​Y​​P​​A​​V​​D​​P​​L​​D​​S​383  ​T​​S​​R​​M​​L​​N​​P​​N​​V​​I​393  ​G​​A​​E​​H​​Y​​N​​V​​A​​R​​G​403  ​V​​Q​​K​​V​​L​​Q​​D​​Y​​K​​N​413  ​L​​Q​​D​​I​​I​​A​​I​​L​​G​​M​423  ​D​​E​​L​​S​​E​​E​​D​​K​​L​​T​433  ​V​​A​​R​​A​​R​​K​​I​​Q​​R​​F​443  ​L​​S​​Q​​P​​F​​Q​​V​​A​​E​​V​453  ​F​​T​​G​​T​​P​​G​​K​​Y​​V​​D​463  ​L​​A​​D​​T​​I​​S​​G​​F​​Q​​G​473  ​V​​L​​T​​G​​K​​Y​​D​​D​​L​​P​483  ​E​​M​​A​​F​​Y​​M​​V​​G​​D​​I​493  ​K​​E​​V​​K​​E​​K​​A​​D​​K​​M​503  ​A​​K​​D​​I​​A​​S​​R​​K​​E​​A​513  ​D​​N​​K​​K​​V​​S​​E​​E​​L​​K​523  ​D​​I​​P​​S​​L​​D​​K​​L​​V​​S​533  ​E​​I​​K​​E​​V​​V​​I​​E​​E​​D​543  ​D​​G​​L​​E​​E​​D​​F​​K​​A​​E​553  ​A​​L​​S​​S​​E​​T​​V​​V​​L​​N​563  ​E​​E​​G​​K​​S​​V​​P​​L​​P​​K​573  ​K​​N​
colorbar

DAQ Score Table

Score range in the table: -0.66 .. 3.43
-0.66
3.43
#
Residue identifier
Residue name
DAQscore[Total]
1
33
PRO
0.32
2
34
ALA
0.77
3
35
ILE
1.05
4
36
ASP
1.11
5
37
ALA
1.24
6
38
GLY
1.46
7
39
TYR
1.72
8
40
VAL
1.82
9
41
SER
2.00
10
42
GLN
2.07
11
43
VAL
2.21
12
44
ILE
2.32
13
45
GLY
2.58
14
46
PRO
2.78
15
47
VAL
3.02
16
48
VAL
3.23
17
49
ASP
3.21
18
50
VAL
3.10
19
51
ARG
2.89
20
52
PHE
2.83
21
53
ASP
2.73
22
54
GLY
2.53
23
55
GLU
2.65
24
56
LEU
2.70
25
57
PRO
2.57
26
58
SER
2.41
27
59
ILE
2.23
28
60
LEU
2.11
29
61
SER
2.03
30
62
SER
1.93
31
63
LEU
2.05
32
64
GLU
2.09